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Une femme se réveille, sans aucun souvenir. Elle parvient à s'échapper du lieu où elle est retenue et découvre un vaste hangar avec des machines dernier cri, capables de recréer un corps humain. Deux ans plus tard, Lucy vit en autosuffisance à la campagne, dans une caravane sur un terrain que lui loue Jack, le père de Charlie. Elle est parfois assaillie par des images qu'elle ne s'explique pas.

Lucy a enlevé Jules, persuadée qu'elles ont été conçues de la même façon. Elle demande l'aide de Craig pour en apprendre davantage sur l'adolescente, qui se montre dubitative. De son côté, Kira reçoit la visite de son oncle Felix. Le millionnaire Paul Darros charge ses équipes de prendre les mesures qui s'imposent pour empêcher Lucy de nuire.

Jack et Lucy se rendent dans l'hôpital où Jules avait été prise en charge après son prétendu accident, à la recherche d'une piste qui pourrait expliquer son origine. Ils obtiennent le nom de la psychologue qui avait suivi l'adolescente. De son côté, Kira interroge Josh Tartakovich à propos du processus. Jules commence à se poser des questions sur son passé.

Jack et Lucy expliquent à Charlie la raison pour laquelle Lucy était poursuivie. Ils sont rejoints par Jules, qui propose une méthode peu conventionnelle pour dénicher dans les rêves qui les tourmentent un élément qui leur permettrait d'en savoir plus sur leur passé. A la fondation Darros, Kira découvre une alliée en Emily.

30 ans plus tôt, à Boston, les recherches de Kira sur la bio-impression 3D, novatrices en leur genre, attirent l'attention de Paul Darros, qui lui propose de rejoindre sa fondation. La jeune chercheuse vit par ailleurs une belle relation avec la professeure Eleanor Miller. En 2050, alors que son fils Lucas part pour l'université, Eleanor fait une découverte terrifiante la concernant.

Kira est choquée d'apprendre qu'un clone adolescent d'Eleanor a été créé par Josh, son ancien collègue. Avec l'aide de Lucy, elle tente de le retrouver. De son côté, Jules a été enlevée et se retrouve au sein d'une mystérieuse enceinte. Elle cherche un moyen de s'évader et bénéficie de l'aide inattendue de Xander, qui travaille sur place.

Kyra doit faire face aux conséquences de ses actes lorsqu'Eleanor rencontre Lucy et réalise sa véritable nature.

Réunies, Lucy, Jules et Elanor tentent d'en savoir plus sur un objet que Jules a dérobé à Darros. Lucas en veut à Kira.

Lucy soigne Craig, qui a été blessé par balle mais ne veut en aucun cas être emmené à l'hôpital. Xander absorbe une quantité importante de drogue.

Charlie enlevée, Lucy est confrontée à un choix difficile. Kira et Eleanor découvrent le grand projet de Darros.