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Le groupe terroriste Voltov enlève la microbiologiste Rachel Moss et la contraint à créer une arme biologique mortelle. Zara et Vincent qui surveillaient Yuri Mishkin, le chef de ce groupe, doivent intervenir pour empêcher la mise en circulation du virus et sauver Rachel.

De retour à Londres, Zara comprend qu’il y a une taupe au MI6. Ne sachant plus à qui se fier, elle coupe tout contact officiel sauf avec Karen, à qui elle se confie. À Benghazi, Rachel doit soigner Vincent, grièvement blessé. Vincent lui promet de l'aider à s'échapper si elle le sauve.

Zara avertit Andrew, son supérieur, de la présence d'une taupe au sein du MI6. Mais quand il est assassiné, Zara devient la principale suspecte. À Benghazi, Vincent et Rachel se rapprochent pendant qu'ils préparent leur évasion.

Zara a trouvé refuge chez son ancien mentor Keane. Elle est sur le point de démasquer la taupe. À Benghazi, Vincent est infecté par le virus MERS-COV. Rachel cherche un moyen de le sauver avant que le virus ne le tue.

Zara réunit une équipe d'anciens mercenaires pour capturer Voltov. Vincent, qui a réussi à s’échapper, trouve refuge chez Hassan, un interprète qu'il a connu lors d’une ancienne mission. Yuri déclenche la phase la plus dévastatrice de son plan.

Keane, retenu par Yuri, refuse de trahir Zara. De leur côté, aidés par Hassan, Zara et Vincent tentent d’infiltrer la base de Voltov pour sauver Rachel et les autres otages de l’organisation.

Zara et Vincent se rendent en Espagne pour retrouver la famille de Rachel. Yuri est sur le point d’exécuter son plan mais une source peu fiable le dévoile à Zara et Vincent, qui ne savent pas s'ils peuvent la croire.

Yuri comprend qu’il a été trahi. Lorsque Zara et Vincent arrivent chez lui pour l'arrêter, ils découvrent que son plan de secours est déjà en marche : contaminer un stade de football. Ils n’ont plus qu’une heure pour éviter la propagation du virus.