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Lors d'une cérémonie de mariage forcée, la mariée est "enlevée" par un jeune homme qui se présente comme un livreur. Il a été missionné par le véritable fiancé pour retrouver sa compagne. Pendant leur fuite, ils se retrouvent confrontés aux Hashiriyan, la mafia de l'espace.

Ishiro n’accepte pas l’arrivée de Mira au sein de l’équipe. Taiya lui demande alors de travailler avec elle…

Mira vient d'accepter son premier contrat de livraison : livrer un cadeau d'un petit fils à sa grand mère.

Mira est arrêtée par Saibu Shirabe membre de l'ISA afin d'obtenir des informations sur les Boonboomgers et prendre le contrôle du groupe.

Jô souhaite intégrer l'équipe des Boonboomgers mais contre toute attente Taiya refuse.

Taiya livre un nouveau programme à l'ISA permettant de détecter les menaces alien, à peine activé celui ci annonce l'arrivée d'une étrange météorite !

Mira encourage Bundario à aller voir son idole, Taiya de son côté essaye une nouvelle fois de recruter Genba.

La confiance de Mira et Jô envers Taiya est mise à mal quand ils apprennent que les Boonboomgers n'ont pas étés créés pour défendre la Terre mais pour participer à une grande course spaciale.

Après son combat contre Mad Rex, Taiya est gravement blessé. Des tensions au sein des Boonboomgers se font sentir, c'est alors que Shirabe intervient au nom de l'ISA pour dissoudre l'équipe.

Taiya et les autres etant occupés à une mission de premier ordre, Shirabe confit la livraison d'une valise à Gemba. En chemin il croise Mira mais pas que !

Alors que Taiya se voit confier une livraison par une veille connaissance, un nouvel ennemi fait son apparition : le chef d'équipe Hashiriyan des customisations, Cannonborg !

Taiya croise Speedor, un Engine en quête de son partenaire, et accepte de l’aider. Mais leur mission est interrompue par un ennemi puissant. Alors qu’ils peinent à se défendre, un ancien héros rouge apparaît pour les sauver.

Cannonborg, frustré par ses échecs, crée une nouvelle arme basée sur le système développé par Taiya pour les BoonBoomgers. Ignorant cela, Taiya et son équipe subissent une lourde attaque des Hashiriyan. Alors que la situation semble désespérée, Genba disparaît et rejoint Decotorarde, reprenant son rôle de fournisseur.

Mira tombe sur Ishiro venu se ressourcer et réfléchir à l'aquarium, lieu lié à son passé d'espion. Ils sont alors attaqués par les Hashiriyan. Mira offre son aide, mais Ishiro, fier, la refuse. Leur relation est mise à l'épreuve.

Un nouveau Monstre Véhicule est créé à partir d'un fossile de dinosaure mais contre toute attente il s'enfuit plutôt que de combattre les BoonBoomgers. Partant à sa recherche Jô tombe dessus et se rend compte qu'il est apeuré, il décide alors de le protéger.

Taiya et son équipe s’entraînent lorsqu’un éclair violet les dépasse soudainement, laissant une trace sonore liée à Bundario. Alors que la confusion règne, un mystérieux homme, se mêlant aux affaires de Jo et Genba, apparaît, se proclamant "le meilleur nettoyeur de l’univers."

Sakito et Byun Diesel cherchent à rencontrer Bundario mais celui-ci refuse, hanté par son passé de rivalité perdue face à Byun Diesel au Big Bang Grand Prix. Pendant ce temps, Sakito, qui a renoncé à la Terre, débat sans succès avec Taiya, prêt à la défendre.

Sakito, parti de la Terre à dix ans, mène une vie de "nettoyeur" à travers l’univers, réglant divers conflits. Malgré son détachement, il garde un ami sur Terre, un lien exploité par les Sanseaters pour lui faire accepter une mission : éliminer les BoonBoomgers. Contraint, Sakito attaque Taiya, mais ce dernier perçoit la douleur enfouie en lui et cherche à l’atteindre.

Lors de la fête de Tanabata, Bundario se remémore un souvenir amer : sa peur de voler lors des qualifications du circuit de la Voie Lactée face à Byun D au BBGP.

Orino Norio, ancien petit ami de Mira, s’enfonce dans la rancune, blâmant les BoonBoomgers pour leur séparation. Cannonborg exploite sa colère pour l'inciter à capturer Mira. Mais celle-ci, résolue à garder le contrôle de sa vie, refuse de céder.

Bundario découvre un dessin d’enfance de Taiya représentant son rêve d’autrefois. Tentant de le lui rappeler, il se dispute avec lui. Pendant ce temps, des incendies mystérieux éclatent en ville, causés par un Kurumaju.

Lors d’une livraison dans la montagne , Taiya et Sakito affrontent un Kurumaju et des Nejiretta agrandis par Cannonborg.

Jô défie les Hashiriyan au baseball, mais leur jeu déloyal le met hors de combat. À son réveil, il découvre un score accablant.

En visitant son ancienne garderie, Taiya joue de la guitare pour les enfants, ravivant le souvenir de son premier amour, Maïro, qui lui avait appris la musique. Lors d'une attaque, Taiya et Sakito sont plongés dans un rêve où Taiya retrouve Maïro, qu'il pensait ne jamais revoir.

Acculé après de nombreux échecs, Cannonborg active son arme ultime, le "Massive Screaming Device", menaçant de transformer la Terre en une planète morte. Tandis que le compte à rebours s'accélère, les Boonboomger interviennent pour l'arrêter. Sakito doit alors faire un choix décisif…

Alors que Taiya et les siens reprennent leur quotidien après avoir vaincu Cannonborg, une inquiétude grandit. Cette paix retrouvée. Est-elle vraiment le fruit des Boonboomger, ou ne serait-elle qu’une illusion façonnée par une force plus vaste ? Une menace invisible approche déjà…

Disrace, capitaine de l'équipe de reconstruction, attaque la Terre à la place de Cannonborg. À sa vue, Genba entre dans une rage incontrôlable et attaque sans réfléchir, mais il est rapidement vaincu par la force écrasante de Disrace. Tandis que Mira et les autres sont déconcertés, Taiya semble deviner quelque chose. Genba retrouve son calme et révèle son passé, ses origines et sa rencontre avec Taiya. Après cette confession, il fait un choix difficile qui pourrait changer le cours des événements.

« C’est mon ennemi juré. Je ne le laisserai à personne. » Genba quitte les Boonboomgers, laissant Mira et les autres plongés dans le désespoir. Cependant, Taiya semble avoir une idée en tête. Pendant ce temps, Disrace déploie un tapis imprégné de Gyaosoline suite à leur précédent combat et utilise une technique secrète pour ressusciter Mad Rex. Face à cet ennemi qu’ils pensaient avoir vaincu, Taiya et ses compagnons sont déconcertés. Pourtant, l’élan frénétique de Mad Rex a disparu, et ses yeux sont désormais ternes et obscurcis...

Shashiro est recruté pour voler une clé à la famille criminelle Aori.

Mad Rex, sous le lavage de cerveau de Disrace, est devenu une marionnette obéissante, privé de son esprit d’autrefois. Pour raviver sa mémoire, Sanseater tente de stimuler ses souvenirs en évoquant des moments marquants, mais sans succès. Alors que tout semble perdu, Itasha propose une solution inattendue : faire appel à un livreur pour les aider.

Les Boonboomgers découvrent un nouveau restaurant de curry qui fait sensation. Mira, qui travaille à temps partiel dans ce lieu qu'elle adore depuis son enfance, enquête avec l'équipe lorsque les clients commencent à disparaître mystérieusement. Ils découvrent que les Hashiriyans, en collaboration avec Disrace, ont créé un curry maudit pour saboter le restaurant. Avec l'aide de Bundario, Mira parvient à recréer une recette spéciale pour contrer les effets du curry maudit et sauver le restaurant, tout en livrant une bataille intense contre leurs ennemis.

Lorsque les Boonboomgers rencontrent un Kurumaju ferroviaire, ils reçoivent l’aide de super-héros spécialisés dans les trains, notamment les ToQgers. Ensemble, ils unissent leurs forces pour vaincre le monstre et restaurer la paix.

Lors de sa rencontre avec Mad Rex, Genba prend une décision cruciale concernant sa place dans le monde. Confronté à ses origines et à son passé, il réfléchit profondément à son rôle au sein de l'équipe et à son avenir, ce qui marque un tournant important dans son parcours personnel et collectif.

Les Boonboomgers testent un nouveau véhicule révolutionnaire, tandis que les Sanseaters se mobilisent pour venger Mad Rex. Leur quête de justice les pousse à unir leurs forces et à repousser leurs limites dans une confrontation décisive.

Bundario était autrefois un Hashiriyan et un ancien collègue de leur leader, Wyald Spinder. Bundario révèle toute la vérité sur son passé, notamment son rôle dans la création des clés d’ignition et son lien avec les Hashiriyans. Pendant ce temps, Disrace kidnappe Byun Diesel pour provoquer l’équipe dans une bataille décisive

Mira retrouve son amie d’enfance, Aki, qui traverse une crise personnelle. En proie à la jalousie, Aki vole le Boonboom Changer de Mira, espérant changer sa vie en devenant BunPink. Cependant, lorsqu’elle tente de se transformer pour affronter un Kurumaju, rien ne se passe. Mira sauve Aki et lui fait comprendre qu’elle n’a jamais cessé d’admirer son courage et ses rêves.

le passé d’Ishiro en tant qu’espion est mis en lumière lorsqu’il croise Sutea, une ancienne partenaire et rivale. Sutea infiltre la base des Boonboomgers en utilisant un Kurumaju capable de créer des clones, semant le chaos parmi l’équipe. Un clone d’Ishiro tente de saboter leur technologie et de manipuler Bundario, mais Taiga démasque rapidement l’imposteur grâce à sa connaissance des véritables traits d’Ishiro.

Yarucar fait face à un dilemme entre sa quête de pouvoir et sa loyauté envers les Sanseaters. Pendant ce temps, deux Kurumajyu inspirés de guitares sèment le chaos, mais l’arrivée du Grand Officier Grantz Risk complique la bataille en transformant les monstres en clés avant leur destruction.

Wyald Spinder fait enfin son arrivée sur Terre, marquant un tournant décisif pour les Boonboomgers. Tandis que l’ISA montre des comportements suspects, Shirabe Saibu découvre des vérités troublantes sur leurs liens avec Spinder et consulte Maimi Umesumeka pour obtenir de l’aide. Pendant ce temps, un nouveau Kurumajyu, le Sponge Grumer, sème le chaos en absorbant les attaques des Boonboomgers et même certains membres de l’équipe.

Les Boonboomgers rencontrent Itsuki Hirose, un jeune fan qui souhaite devenir un héros comme eux. Sous la tutelle de Jô, Itsuki découvre que les héros ne sont pas parfaits et qu’ils apprennent de leurs erreurs. Pendant ce temps, le Kurumajyu Taijyukei Gurumaa utilise des statistiques embarrassantes pour immobiliser ses victimes, mettant en lumière les défauts des Boonboomgers.

Wyald Spinder tente de corrompre le football sur Terre en collaborant avec Grantz Risk pour manipuler la Fédération Mondiale de Football. Les Boonboomgers interrompent leurs négociations et sont défiés dans un match contre les Hashiriyans. Genba et Sakito, liés par leur passion pour le football, laissent leurs émotions interférer, provoquant des tensions dans l’équipe.

Les Boonboomgers célèbrent Noël tout en affrontant un nouveau Kurumajyu qui menace de gâcher les festivités en volant les cadeaux des habitants. Tandis que Mira et Taiya tentent de protéger l’esprit de Noël, Yarucar découvre une piste menant à Wyald Spinder, qui semble orchestrer ces troubles.

Wyald Spinder manipule l’opinion publique pour faire passer les Boonboomgers pour des ennemis. Pendant ce temps, Taiya travaille désespérément à ressusciter Bundario. Genba et Sakito affrontent Disrace, qui finit par être trahi et éliminé par Spinder.

Spinder lance son plan final en utilisant la technologie de Lightning Tech pour saboter les véhicules des Boonboomgers. Lors d’un combat intense, Bundario est tué par un Killer Robo, plongeant l’équipe dans le désespoir. Cet épisode marque un tournant avec la perte de BunBun et l’introduction d’un Spinder encore plus puissant.

Taiya découvre que l’énergie vitale de la Terre pourrait être la clé pour ramener Bundario. Pendant ce temps, Jô et Sakito affrontent les forces de l’ISA et des Hashiriyans. Yarucar, manipulé par Grantz Risk, devient un Kurumajyu mais est sauvé par les efforts combinés des Boonboomgers et des Sanseaters.

Jô remet en question sa position en tant qu’officier de police après avoir vu la corruption autour de lui. Les Sanseaters se sacrifient dans une bataille héroïque contre un Kurumajyu géant, montrant leur loyauté envers leurs idéaux. Taiya tente une dernière fois de ranimer Bundario, mais échoue, laissant l’équipe au bord du désespoir.

Mira accepte de feindre un mariage avec Spinder pour infiltrer ses plans. Pendant la cérémonie, les Boonboomgers révèlent leur ruse et détruisent le réservoir de Gyahsoline qui rendait Spinder invincible. L’équipe se prépare pour un affrontement final contre Spinder et Grantz Risk.

Dans une bataille décisive, les Boonboomgers unissent leurs forces avec Bundario ressuscité grâce aux encouragements du public mondial.