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Kankuro Haruhara, présentateur météo star mais chercheur acerbe, se voit imposer Aya Kumota comme assistante par sa supérieure. Pour sa première mission officielle, l'unité risque son avenir à Fukushima pour sauver des disparus d'une avalanche. Aya découvre alors que l'exigence de Kankuro cache une traumatisme datant de 5 ans.

Alors que le chef des pompiers Naoto Satake est coincé en bas d'une falaise en pleine tempête, Kankuro doit diviser les forces du SDM pour secourir en priorité un parent et son enfant disparus. Grâce à ses analyses météo, il guide avec succès Yugo Sonobe vers eux. Cependant, le sauvetage du chef Satake crée des tensions entre Kankuro et Yugo.

Le recrutement médical du SDM est marqué par l'hostilité de Haruhara envers Sagiri Shiomi, une ex-génie de la neurochirurgie incapable d'opérer, qui ne voit ce poste que comme une tremplin. L'entretien est interrompu par un incendie majeur attisé par des vents violents. Le SDM profite de cette catastrophe pour tester les candidats sur le terrain.

Alors qu'un article de presse accuse Akari Sonobe d'être responsable de nombreuses morts il y a 5 ans, le SDM lance des activités de prévention pour redorer son image. L'équipe se rend dans la ville natale d'Aya, frappée par un typhon six mois plus tôt. Aya y retrouve sa sœur, Maki, désormais en fauteuil roulant à cause d'une tornade passée.

Le Special Disaster Management accueille Mitsuru Sawatari, un policier ambigu lié au passé d'Akari qui prétend vouloir détruire le SDM. Tandis que Kankuro est hanté par les révélations de cet homme, une alerte à la grêle géante oblige l'équipe à intervenir en urgence dans des conditions météo qui se dégradent brutalement.

Le SDM testent un système de drones médicaux pour secourir des isolés suite à un séisme. Ce projet capital exige la présence de Kasumi Ueno, l'obligeant à briser une promesse faite à son fils. Alors que l'opération semble réussir et qu'elle espère le rejoindre, un nouveau blessé est signalé, tandis que les batteries des appareils se vident petit à petit.

Alors que Kasumi confesse à Kankuro son lien secret avec la mort d'Akari, l'équipe du SDM doit surmonter le choc pour affronter une crise majeure. Une collision maritime provoquée par des trombes marines menace de libérer une quantité massive de vapeur d'eau, risquant ainsi de submerger toute la région de Tokai sous un déluge historique.

Suite à une terrible coulée de boue, les secrets du passé éclatent : l'équipe découvre qu'Akari s'est sacrifiée il y a 5 ans pour sauver le fils de Kasami. Trois mois après ce drame, le SDM est à l'arrêt et Kankuro s'isole dans ses recherches. L'unité va devoir se réveiller car Aya détecte une menace de foudre imminente et très dangereuse pour la population.

Keiichi Sonobe se retrouve fragilisé par l'explosion d'une usine. Alors que le SDM tente de convaincre les autorités frileuses de lancer un plan d'évacuation face à un typhon historique, Haruhara se lance une course contre la montre : il doit prouver que des facteurs météo sont à l'origine de l'explosion pour restaurer la confiance des institutions.

Le typhon frappe l'est du Japon et provoque une tragédie à Saitama, où le SDM enregistre son premier décès civil. Face aux coupures de courant qui bloquent les alertes à Tokyo, Kankuro refuse d'abandonner. Aya et Hikaru se ruent alors sur le terrain pour évacuer les habitants à pied, mais la tempête se déchaîne d'un coup et les prend au piège.