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L'ex agente dell'FBI Danny McNamara, esperto d'arte e antichità e specializzato nel rimpatrio di opere d'arte rubate, e la ladra Lexi Vaziri tornano a collaborare nella seconda stagione della serie.

La ricerca di Kate Reece porta Danny e Lexi in Vietnam, dove si riuniscono nientemeno che con Aiden Shaw. Le abilità di combattimento di Lexi vengono messe alla prova mentre la squadra si infiltra nel pericoloso Black Lotus, un fight club clandestino.

Una visita a Simon in prigione fornisce nuove informazioni sull'ultima posizione dello Stendardo dello Spirito, inviando la squadra in Russia.

Danny e Lexi uniscono le forze con la banda di Levchenko mentre viaggiano verso la Mongolia. Levchenko spera di trovare da solo lo Stendardo dello Spirito, anche con l'orda del Gran Khan all'inseguimento.

Alla ricerca dello Stendardo dello Spirito, Simon cerca di fare un patto, ignaro che Lexi, Danny e Shaw lo stanno cercando. Quello che scoprono li porta a Hong Kong mentre Danny si preoccupa per il controllo di Violet su Lexi.

Con una scia di nuovi indizi, Danny, Lexi e Violet viaggiano attraverso un pericoloso deserto chimico in Kazakistan fino ad Aralsk-7, una struttura abbandonata di armi biologiche. Nel frattempo, Chuck inizia la sua indagine su come sono collegati il ​​Vaticano e lo Stendardo degli Spiriti.

Danny arruola il padre estraneo, Patrick, nella ricerca dello Spirit Banner. Patrick li conduce in una base segreta nel Laos, dove fa una sorprendente ammissione a Lexi sul segreto che sta nascondendo a suo figlio.

Dopo un atterraggio di fortuna nella giungla del Laos, Lexi rimane gravemente ferita, lasciando Danny e Patrick alla ricerca di un rifugio. Nel frattempo, Chuck scopre nuove informazioni sul rapporto tra il Vaticano e la CIA.

La ricerca dello Spirito di Gengis Khan da parte di Danny, Lexi, Aidan e Kate li porta a un tempio buddista Shaolin. Simon è costretto dal Khan a completare un altro compito, dove è scioccato nell'incontrare Violet, che si era salvata fortunosamente dall'esplosione della base segreta in Kazakistan. Danny è costretto a schierarsi tra Lexi e Kate.

Violet riappare a Danny, Kate e Lexi nell'appartamento di Aidan ad Hanoi. I quattro portano il rotolo recuperato nel monastero Shaolin a Praga, dove una studiosa, amica di Danny, lo traduce per loro. Simon diventa il secondo in comando di Khan. Kate indaga segretamente su Violet, ma alla fine viene uccisa. Lo Stendardo di Gengis Khan viene alla fine trovato.

Lexi viene rapita dopo aver fatto una scoperta scioccante. Shaw usa un contatto della malavita per aiutare lui e Danny a scoprire la sua posizione e affrontare la banda di criminali interconnessi di Kahn.

I pezzi della fine del gioco di Kahn vanno a posto mentre Danny e Lexi devono mettere da parte le loro divergenze per fermare Kahn e Simon prima che sia troppo tardi.

Rendendosi conto di aver abboccato all'esca dei Kahn e di aver messo in pericolo la vita di milioni di persone, Danny e Lexi si trovano faccia a faccia con i Kahn in un'ultima battaglia sopra Hong Kong.