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A pochi mesi dalla Congiura dei Pazzi, Loren-zo è ancora animato dallo spirito di vendetta. Si consuma uno scontro a distanza tra Loren-zo e Papa Sisto IV; di questo conflitto tenta di approfittare il crudele conte Riario - l’ultimo dei congiurati rimasto in vita - che cerca di far scoppiare la guerra tra Firenze e Roma. Men-tre la famiglia Medici viene a sapere dell’esi-stenza di Giulio, figlio illegittimo del defunto Giuliano, a Firenze giunge un frate domenica-no che sembra capace di leggere nel cuore di Lorenzo: Girolamo Savonarola.

L’entrata in campo del Regno di Napoli ac-canto alle truppe papali rischia di segnare la fine di Firenze. Tra i Priori c’è chi dubita di Lorenzo, ma il Magnifico, deciso a non lascia-re che Firenze cada in mano ai nemici, trova uno stratagemma per esautorare i Priori sosti-tuendoli con il Consiglio dei Dieci, composto da uomini a lui fedeli. Quando Clarice, incin-ta, viene mandata in campagna con i bambini, la famiglia subisce un attacco da parte degli uomini di Riario. Di fronte all’approssimarsi della minaccia militare sulla città, Lorenzo de-cide di partire alla volta di Napoli con il suo nuovo consigliere Bruno Bernardi, per cerca-re di spezzare l’accerchiamento e riportare la pace.

Giunto a Napoli con Bernardi, Lorenzo ha dif-ficoltà a convincere il re Ferrante d’Aragona ad abbandonare l’alleanza con il Papa. Men-tre il Magnifico tenta di conquistare la fiducia del re, aiutato dalla bellissima e astuta Ippoli-ta Sforza, a cui lo lega un rapporto profondo e tormentato, Firenze rimane sotto assedio: il popolo e la stessa Clarice temono che Lorenzo li abbia abbandonati. Alla fine, rischiando la sua stessa vita, Lorenzo riesce ad ottenere il ritiro delle truppe.

Sono passati sette anni e Lorenzo spera di chiudere i conti con il Papa ottenendo la firma di un trattato di pace tra i vari regnanti italia-ni. Riario attacca la città di Ferrara, alleata di Firenze, sperando di far saltare il trattato e di indurre Lorenzo a tornare alla guerra aper-ta. Mentre il Magnifico affronta questa nuova crisi diplomatica, sua madre Lucrezia, che sa di avere poco da vivere, coinvolge Clarice nel-la gestione della banca, rivelandole anche gli imbrogli che ha dovuto attuare per garantire adeguati finanziamenti alla politica e al me-cenatismo di Lorenzo. Logorato dal continuo scontro con Sisto IV, Lorenzo decide di av-viare suo figlio Giovanni alla carriera eccle-siastica sperando di aumentare l’influenza dei Medici nella Curia romana. La pace di Bagno-lo, siglata da tutti i principi italiani, segna il trionfo della famiglia Medici e di Lorenzo, di-venuto “l’ago della bilancia” della politica ita-liana.

Sisto IV è morto. Lorenzo e Clarice si recano a Roma per sostenere l'elezione del loro candidato al soglio pontificio, ma devono confrontarsi con le trame di Riario che mira a far eleggere suo cugino Raffaele. I Medici trovano un'inaspettata alleata però in Caterina Sforza, moglie di Riario. Nonostante gli sforzi della famiglia, il nuovo Papa Cybo si rivela difficile da controllare mentre, a Firenze, Savonarola arringa contro Lorenzo per la sua influenza nel conclave.

Lorenzo comincia a mostrare i primi sintomi di una grave malattia mentre i suoi nemici politici decidono di attaccarlo, mettendo in dubbio la solidità e la provenienza dei capitali della Banca Medici. Tra questi, Tommaso Peruzzi, un tempo sostenitore della famiglia, ora desideroso di portare alla luce uno scandalo che condannerebbe i Medici all'esilio. Per coprire il misfatto ed evitare perdite, il Magnifico rischia una nuova guerra e medita di uccidere Peruzzi.

Savonarola, che aveva raccolto la confessione di Tommaso, denuncia la sua uccisione e accusa apertamente Lorenzo, che però continua a negare. Clarice, che ha scoperto di essere incinta e spera in un nuovo inizio per lei e il marito, comincia a sospettare la verità. Per continuare la sua strategia di controllo sulla Santa Sede, il Magnifico promette la mano della figlia Maddalena al figlio del Papa, scatenando una crisi familiare che porta alla rottura con la moglie.

In lutto per la perdita di Clarice, Lorenzo si lascia convincere da Bernardi che l'unica soluzione per non perdere tutto sia uccidere Savonarola, il cui seguito si fa sempre più grande. Il frate, ormai, predica apertamente il rovesciamento dell'ordine costituito per fondare una nuova Gerusalemme. Il piano di Lorenzo è pronto e gli assassini reclutati, ma il figlio Piero, amico di Tommaso Peruzzi, comunica le intenzioni del padre a Savonarola, mettendo a rischio la vita del genitore e della famiglia.