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Rebecca Bluegarden fa visita al Regno di Granbell, ormai quasi deserto. Là incontra l'unico abitante umano, Shiki, che vuole esserle amico.

Rebecca incoraggia Shiki a registrarsi come avventuriero mentre si dirigono a Blue Garden, ma gli chiede anche di diventare guardia del corpo per lei e Happy.

Quando la famosa B-Cuber Labilia deride il canale B-Cube di Rebecca, considerandolo inferiore, Shiki perde la calma, poi ottiene la registrazione come avventuriero.

Sul pianeta Norma il tempo è 50 anni nel passato e Happy e Rebecca incontrano un giovane Professor Weisz Steiner, lo stesso che anni prima aveva salvato la vita a Happy.

Shiki e la banda si intrufolano nel nascondiglio di Sibir per riprendersi Pino, ma Weisz approfitta del caos e cerca di tenere Pino per sé.

Mentre Shiki e i suoi faticano a far decollare Aqua Wing da Norma, Weisz si materializza davanti a loro offrendo aiuto... ma in cambio vuole qualcosa.

Shiki sale sulla nave pirata Skull Fairy e si dirige subito sul ponte per affrontare Elsie Crimson in battaglia e conquistare il vascello.

Witch informa Shiki che ora è lui il possessore della Edens Zero, poi gli spiega che la nave non è ancora ritornata alla piena potenza.

Mentre Shiki e gli altri si precipitano a salvare Rebecca, Weisz torna sulla Edens Zero assieme a una donna di nome Homura.

Homura usa i suoi poteri Soul Blade per respingere gli uomini di Sister. Nel frattempo Rebecca pianifica la fuga dalla Illega Tower.

Il Cronofago si avvicina inesorabilmente al pianeta Guilst e Shiki è disgustato nel vedere che Sister usa Jinn come scudo. Poi improvvisamente appare un'altra Sister!

Witch e Sister Ivry sono finalmente riunite e Homura rivela la vera motivazione che l'ha spinta a venire a bordo della Edens Zero.

Dopo aver trovato Hermit sulla collina, la squadra deduce che si trova in uno stato di standby anormale a causa del suo cuore spezzato.

La squadra entra nel pianeta virtuale di Digitalis in cerca di Hermit, ma quando la trovano lei rifiuta categoricamente di tornare sull'Edens Zero.

Homura dichiara di volersi unire alla banda di Drakken Joe, ma Shiki e gli altri rimangono sconvolti quando si trovano davanti un'altra Homura.

Spider si infiltra nel sistema dell'Edens Zero e inizia a distruggere la navicella dall'interno. Solo Hermit è in grado di fermarlo.

Per trovare la quarta stella luminosa del Re Demone, Shiki e compagni si dirigono sul pianeta del tempo, Mildian.

Al Battle Colosseum, Xiaomei dice a Shiki e alla squadra che darà loro le informazioni che vogliono a patto che sconfiggano gli avversari.

Dopo aver ottenuto le informazioni di cui avevano bisogno da Xiaomei, l'Edens Zero fa rotta verso il pianeta Sun Jewel per riunire Homura con la sua maestra.

Shiki e Homura si ritrovano nei campi di lavoro dove devono raccogliere preziose unità metal per la misteriosa Madame Kurenai.

Nino conduce Rebecca, Pino e Happy nei campi di lavoro dove incontrano un uomo di nome Paul che afferma di essere un discepolo di Valkyrie.

Homura è una bambina in un pianeta devastato dalla guerra quando Valkyrie la prende sotto la sua ala protettrice allevandola come una figlia.

Shiki e gli altri affrontano Madame Kurenai. Alla vista di Valkyrie, Homura è sopraffatta dalla tristezza, mentre Drakken Joe si infiltra nell'Occhio Cremisi.

Baku è sconfitto senza difficoltà, grazie all'arma Arsenal di Weisz. Mentre Shiki combatte contro il Knight Gear di Madame Kurenai, Rebecca lotta con Nino.

Alla fine della battaglia tra il Dragone Kurenai e Shiki, questi torna con i suoi sull'Edens Zero per condividere le brutte notizie con il resto della squadra.

Dopo aver sconfitto Madame Kurenai e aver lasciato il pianeta Sun Jewel, Shiki e i suoi compagni accettano la morte di Valkyrie e continuano il loro viaggio. Rebecca, euforica per il risveglio dei suoi poteri di "Leaper" dell'Ether Gear, delira leggermente dopo aver fatto il bagno nella Spa dell'Eden e fa un sogno particolare.

Shiki e la sua banda credono di essersi infiltrati con successo nella Belial Gore, ma Drakken Joe era al corrente di ogni loro mossa e i suoi scagnozzi invadono invece l'Edens Zero.

Grazie a Witch, tutti gli intrusi nell'Edens Zero sono stati eliminati. Nel frattempo, all'interno del Belial Gore, Weisz indossa la tuta Arsenal per combattere Laguna, lo Spirito dell'Acqua degli Element 4.

Sebbene Rebecca e Happy si rechino a Belial Gore per consegnare le medicine a Weisz che è ferito, vengono trovati e catturati dall'element del vento, Sylph.

Nonostante Shiki e Homura vogliano consegnare la medicina a Weisz il prima possibile, dovranno lottare contro gli attacchi di Sylph e di suo fratello, Jinn.

Gli sforzi di Shiki e dei suoi amici falliscono e il gruppo viene catturato. In questa situazione senza speranza, Rebecca viene rinchiusa lontana da tutti gli altri da Drakken Joe. Lì non può fare a meno di commuoversi per quanto le manchino tutti: ad un tratto il suo corpo inizia a subire un cambiamento.

Con l'attivazione dei poteri del suo Ether Gear "Cat Leaper", Rebecca torna indietro nel tempo fino a prima dell'infiltrazione della Belial Gore e offre informazioni a Shiki, che decide di lanciare un attacco frontale alla Belial Gore! Ancora una volta, le Quattro Astri Splendenti del Re Demone, compresa Homura, affrontano gli Element 4.

Indossando il suo abito da battaglia, Hermit combatte magnificamente contro Fie, il cecchino degli Element 4. Sister combatte Daichi, Homura si scontra con Sylph mentre Witch affronta Laguna. Nel frattempo, Shiki e la sua banda si spingono verso il nascondiglio di Drakken.

Shiki e il gruppo scoprono un indizio segreto su Drakken. Mentre discutono le strategie per la loro prossima azione, si accorgono che qualcosa non va in Labilia. È allora che improvvisamente appare Drakken, finalmente inizia una battaglia testa a testa tra lui e Shiki!

La feroce battaglia tra Shiki e Drakken continua. Drakken attiva il suo Overdrive per sopraffare Shiki, ma improvvisamente appare Arsenal! Weisz, che ora conosce la verità sul sistema di supporto vitale, attacca furiosamente Drakken.

"Ormai hai vissuto più che a sufficienza, è ora di andare a dormire.", dice Shiki, che ha raggiunto l'Overdrive e sconfitto Drakken Joe. Tuttavia, la rabbia di Weisz non si placa, si avvicina e punta la pistola contro di lui, ancora vivo a malapena.

Prima di avventurarsi oltre il cosmo alla ricerca di Madre, Edens Zero visita Granbell su richiesta di Shiki. Il Re Demone Ziggy è vivo! Tuttavia si scopre che Ziggy ha cambiato il suo modo di pensare, davanti a uno sconcertato Shiki.

La Edens Zero è messa alle strette dalla Edens One, le cui prestazioni e la guida di Connor superano di gran lunga quelle della Edens Zero. Ma quando Shiki e l'equipaggio sembrano spacciati, vengono salvati dalla pirata spaziale Elsie Crimson.

Shiki e la banda superano Dragonfall e arrivano all'Aoi Cosmos, che è governato da uno dei sei generali galattici, Poseidon Nero, e atterrano su un pianeta di fuoco, Red Cave, su suggerimento di Witch.

All'interno di un tempio adornato da rilievi di Mother, Shiki e gli amici incontrano la guardiana Nadia. Il gruppo di Shiki viene a sapere da Nadia che l'estremità opposta del tempio contiene indizi per trovare Mother, ma mentre si avventurano in profondità nel tempio trovano una caverna rovente.

La persona con cui Witch torna da Blue Garden è un ex servitore di Drakken Joe, Laguna! Con l'aiuto di Laguna, Shiki e la banda ottengono un suggerimento per trovare Mother e lasciano la Red Cave verso il pianeta verde, Foresta.

Shiki e il suo equipaggio arrivano a Foresta, dove scoprono che Ziggy ha fatto in modo che siano i robot ad avere il controllo sugli esseri umani. Sebbene si siano riuniti a Couchpo, l'equipaggio viene scoperto e inseguito da un gran numero di robot.

Shiki affronta Orc del Commando Team Beast del Poseidon Nero. Orc dice a Shiki che gli è stato ordinato da Nero e che sono in missione per ripulire il pianeta, che era sotto il controllo di Ziggy. Rebecca affronta Britney mentre Homura ha di fronte Mora.

Rebecca, tornata in città dopo la difficile battaglia con Britney, escogita un modo per sconfiggerla e ribaltare la situazione. Nel frattempo, Weisz e Hermit si infiltrano nell'enorme satellite server...

Shiki e Homura incontrano Justice, Victory e Creed dell'Esercito dell'Unione Interstellare. Dopo aver confermato tramite l'Etere di Shiki che questi è il "Re Demone", i tre diventano ostili.

Per risolvere la situazione, Elsie e Justice iniziano una battaglia all'ultimo sangue. Nel momento in cui i loro Ether si scontrano, Xenolith, il fondatore dello stile magirobotico gravitazionale, appare di fronte a Shiki e attiva il "Gravity Center".

Weisz ed Hermit hanno sconfitto il dottor Muller. Shiki e gli altri fuggono da Foresta e tornano sulla Edens Zero, dove riescono a comunicare con Elsie, confermando di essere tutti al sicuro.

Sotto la guida di Xenolith, Shiki e i suoi amici ricevono un "addestramento al bondage" in realtà virtuale per superare il declino dei livelli di Etere quando sono legati. Durante questo allenamento, Ziggy appare all'improvviso.

Il figlio di Nero, Shura, dichiara di voler iniziare "il Giorno del Giudizio, che sradicherà tutti i robot!" di fronte ai cittadini dell'Aoi Cosmos. Shiki e i suoi amici non possono far altro che decidere di fermarlo!

Mentre Shiki e il suo gruppo visitano l'esercito ribelle Oasis, guidato da Goodwin, e chiedono di unirsi alla lotta, vengono improvvisamente attaccati dall'esercito imperiale. Inizia una battaglia su larga scala, in cui la banda di Shiki e le forze dell'Oasis combattono insieme.