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Mirai è una giovane strega che aiuta le persone grazie alla magia, ma un giorno si trova davanti un orso mostruoso che ricorda gli avversari affrontati un tempo. Per affrontare la nuova minaccia, Mirai si riunisce alla sua amica Liko e insieme si trasformano nelle streghe leggendarie Precure.

Dopo aver respinto l'attacco del misterioso nemico chiamato Ire, le Precure Mirai e Liko trovano una bambina identica d'aspetto alla loro amica Kotoha e capiscono che deve esserci un qualche legame tra le due cose. A quel punto, Liko rivela che è venuta nel mondo umano su richiesta del preside della scuola di magia per indagare su una catastrofe che in futuro colpirà il Reame Magico.

Mirai rivela al preside che Ire le è apparso in una visione proprio all'orario che aveva preannunciato e che il suo vero obiettivo è la piccola Hisui. Dato che Ire indossava abiti umani, Mirai e Liko tornano nel Reame Nonmagico per raccogliere indizi sul nuovo nemico che non tarderà a tornare all'attacco.

Mirai e Liko continuano a cercare indizi su Ire, ma la giovane universitaria deve occuparsi anche delle richieste di aiuto che arrivano a Maho Girl e così si mette alla ricerca di un gatto smarrito insieme a Hisui che insiste per accompagnarla. Tuttavia, Ire non tarda ad arrivare e grazie al potere dei servitori di Deusmast riesce a mettere in difficoltà le Precure, finché Hisui non interviene.

Hii-chan continua a crescere rapidamente e Liko capisce che non può continuare a vivere con la famiglia di Mirai senza suscitare sospetti, così decide di trasferirsi insieme alla bambina in un appartamento per abitanti del Reame Magico. Però, quando scopre la cosa, Mirai cerca in ogni modo di trasferirsi insieme a loro dato che non vuole rimanere di nuovo da sola.

Mirai e Liko si preparano a fronteggiare Ire nel Reame Magico per proteggere la scuola di magia, ma il nemico compare davanti a loro nel mondo umano contraddicendo apparentemente la visione. Durante la battaglia, Hisui accorre in soccorso della amiche, ma questo è proprio ciò che desidera Ire che la cattura e sfrutta per i suoi piani.

Ire è riuscito a usare il potere di Hisui per far risorgere la cronobestia Chronosto, che in cambio ha realizzato il suo desiderio di vivere per sempre in un momento nel passato tramutando il ragazzo in pietra. Benché in questo modo Mirai e Liko abbiano ritrovato l'amica Kotoha, non riescono a fare a meno di essere tristi per la perdita della piccola Hisui che sembra scomparsa.

Mirai e Liko ricevono la visita di Chikurun che porta un messaggio del preside e della leggendaria regina delle fate, e rivela alle Precure che Hisui è ancora viva. Mentre le ragazze accompagnano la piccola ape in un giro turistico in città, Mirai riceve un messaggio da parte di Rena che le dice che la loro amica Sara è scomparsa, così la giovane universitaria si mette subito alla sua ricerca.

Le Precure vanno nel Reame Magico per informare il preside che Kotoha ha recuperato i suoi poteri ed è riuscita a trasformarsi in Cure Felice, ma una volta lì incontrano Yamoh, un fedele servitore di Dokuroxy che non può starsene in disparte mentre qualcuno abusa della magia oscura per scopi malvagi.

Chronosto ha trasformato tutti gli abitanti del Reame Magico in statue di pietra accumulando enorme potere e poi è scomparso. Per trovarlo, le Precure uniscono le forze con Yamoh e tornano nel Reame Nonmagico affidandosi alla magia oscura, ma nemmeno lì sembra esserci traccia del nemico.

Le Precure hanno trovato Chronosto nascosto nel Mondo Interstiziale, ma la cronobestia ha raccolto un potere enorme da tutto il tempo che ha divorato ed è diventata gigantesca. Inizia così un'epica battaglia senza esclusione di colpi per evitare che il potente nemico imprigioni tutte le forme di vita nel passato.

Per liberarsi dalla prigionia di Chronosto, le Precure hanno deciso di sacrificare i propri ricordi e rinascere a nuova vita come ha fatto anche Kotoha in passato diventando Hisui, ma Mirai ha promesso alle sue amiche che si incontreranno di nuovo e riusciranno a ricordare chi erano, così da sconfiggere la cronobestia una volta per tutte.