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La scoperta di due piloti della Marina militare degli Stati Uniti scomparsi, alla deriva nel Mar dei Coralli, porta la squadra a smascherare un sinistro complotto terroristico che si nasconde dietro un avvenimento dall'apparenza molto misteriosa.

Preoccupato per Blue, Doc irrompe nel suo appartamento, dove DeShawn ed Evie fanno una macabra scoperta. Blue è rientrata a fare parte di una comunità, rincontra il fratello e viene a conoscenza di una profezia che riguarda tutta la comunità.

L'NCIS Sidney conduce un'indagine sull'omicidio di un soldato australiano che pare essere stato ucciso da un interprete Afghano. La squadra ha l'ordine di catturarlo. Ma l'interprete afferma di avere le prove di un crimine di guerra.

Una pilota della Marina degli Stati Uniti scompare in una zona del deserto australiano famosa per essere oggetto di avvistamento UFO. La squadra arriva sul posto per indagare e scoprire se la verità è davvero "là fuori".

Un attaché della Marina degli Stati Uniti viene trovato morto con una chiavetta USB conficcata nella gola. La squadra cerca l'assassino che si ritiene legato al mondo degli scacchi.

Di fronte al primo caso di Ebola in Australia, la squadra si affretta a scoprire come il paziente zero, uno scienziato della Marina statunitense, abbia contratto il virus mortale, è coinvolta un'agenzia di ricerca militare top secret.

Un ufficiale della marina statunitense viene arrestato per omicidio mentre cerca di distruggere una mappa del tesoro, la squadra deve destreggiarsi tra le politiche giurisdizionali, mentre si mette sulle tracce del leggendario "Oro di Yamashita".

Un marinaio americano accusato di omicidio viene ucciso a colpi d'arma da fuoco, la squadra scopre che era il protagonista di un popolare podcast di true crime, e viene a contatto con la giornalista che gestisce il podcast.

La squadra si dirige verso una base di ricerca in Antartide per indagare sulla misteriosa morte di un climatologo ucciso da un collega alla vigilia della notte polare, allo scoccare della quale non è più possibile lasciare la base.

Mackey conduce un'indagine ufficiosa sulla scomparsa di Miles, il figlio del suo capo, e della sua fidanzata, Sophie. Il corpo di lei viene ritrovato senza vita e la squadra deve capire se il ragazzo è un assassino o solo una vittima in pericolo.

Il guardiamarina statunitense Curtis Lee precipita da un cavalcavia. L'assassina è una donna che è disposta a tutto pur di non rinunciare al suo sogno di diventare madre. Deshawn si scopre geloso di Evie e due uomini fanno irruzione nella base.

La vecchia squadra di Trigger resta uccisa mentre cerca di disinnescare una bomba. L' ordigno è uguale a quello che aveva ucciso la fidanzata dell'artificiere, due anni prima. Dietro agli attentati c'è un ragazzo che vuole vendicarsi di Travis.

Trigger salva Evie, ma viene portato d'urgenza all'ospedale. Nel frattempo, un'autobomba uccide Rory. Il dinamitardo va in ospedale per eliminare Trigger, ma non ci riesce. Quando tutto sembra finito, Travis trova un'altra bomba e la disinnesca.

La Dottoressa Phoebe Bale, psicologa, spinge le sue vittime al suicidio, e vicino ai cadaveri, lascia le carte dei tarocchi, che hanno un significato preciso. Lo scopo della donna è quello di attirare l'attenzione di un ex collega, William Drexler.

Mackey scopre perché, anni prima, avevano annullato il suo processo alla Corte Marziale. Dietro a questa manovra c'era il "Collettivo", una potentissima organizzazione criminale interna all'esercito, che ora minaccia di uccidere Trey.

Un uomo disperato obbliga un cardiochirurgo a operare sua figlia sotto ricatto. Deshawn si infiltra nell'equipe medica e ferma in tempo un intervento che avrebbe sicuramente causato la morte della giovane paziente.

Un drone militare sfugge al controllo e si auto-prefigge l'obiettivo di uccidere un ragazzo perché ha scoperto una falla nel suo sistema. Grazie alle notevoli abilità di Blue e Mackey, il robot assassino non riesce a completare la missione.

La morte di un ex Sergente dei Marine, ricercato per omicidio, conduce la squadra a un traffico illecito di diamanti sintetici che coinvolge una giornalista caduta in disgrazia e Bob Prince, uno degli uomini più ricchi d'Australia.

Un agente dell'FBI viene ucciso alle Fiji e la squadra deve fare di nuovo i conti col "Collettivo". A Sydney arriva il padre di Trey, Capo dell'Ufficio della Casa Bianca, assieme al funzionario degli Stati Uniti per le politiche antidroga.

Trey è salvo, ma tre uomini armati hanno rapito Ryan. La squadra è convinta che dietro ci sia Myers, e Mackey si accorda col Direttore Callaghan per fare una proposta ufficiosa all'uomo: la libertà, in cambio di Ryan.