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Senza saperne il motivo, Chizu, Kitsune e Gen ricevono nuove armi dalla Pietra-Ki. Usagi si autoproclama il loro sensei e li addestra a usarle.

La banda prova un gioco nuovo. Usagi aveva promesso di non lottare più contro gli Yokai ma subisce un'aggressione da O-Dokuro, uno scheletro posseduto da questi esseri.

Chizu sfida Lady Fuwa per il controllo del Clan Ninja dei Neko. Dopo aver scoperto che Kitsune non ha mai festeggiato un compleanno, Usagi e Gen le organizzano una festa.

Usagi e Gen si offrono volontari per dimostrare alle bimbe ninja che c'è molto di più nella vita fuori dal dojo. La Squadra Pipistrelli attacca il tempio.

Dopo l'avvertimento da parte di Kagehito dell'imminente invasione delle Makkine, la banda prova ad allearsi con ninja e Mogura. Lady Fuwa trama una vendetta contro Chizu.

Kagehito ha bisogno dell'aiuto della squadra per recuperare un oggetto prezioso. I robot da guerra delle Makkine appaiono ovunque in città… ma da dove provengono?

O-Dokuro porta la squadra in un antico campo di battaglia, dove Usagi spera di recuperare la spada di un suo antenato e scongiurare così l'invasione imminente.

Tetsujin lancia il suo robot di difesa, ma ha bisogno che qualcuno lo piloti. Chizu affronta Lady Fuwa in una battaglia finale per il comando del Clan Ninja dei Neko.

Kagehito scopre la vera natura dell'uovo di Kitsune. Un errore nell'attacco della Squadra Pipistrelli causa una catastrofe e apre la strada all'invasione delle Makkine.

Neo Edo deve unire le forze nella battaglia, mentre le Makkine inviano con il portale un mostro gigante e un esercito di robot da guerra. La città potrà essere salvata?