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Malcolm e Reese vogliono davvero visitare il leggendario festival "Burning Man", un festival artistico attivo. Ogni visitatore può fare quello che vuole lì e tutta la famiglia si divertirà a reinventarsi. Mentre Malcolm si innamora di una ragazza di nome Anita e fa assolutamente qualsiasi cosa per lei, Reese è così preso dal festival che non vuole che finisca mai. Ed è pronto a compiere passi radicali per raggiungere questo obiettivo.

In preda al panico, Hal si rende conto che la sua famiglia non ha un'assicurazione sanitaria, perché si è dimenticato di pagare la rata. Dato che non può farlo fino a lunedì, decide di chiudere a chiave i bambini a casa in modo che non si facciano male. Nel frattempo, Lois è troppo impegnata a cercare di rintracciare il traditore che ha detto al suo capo che i suoi colleghi volevano formare un sindacato.

Reese ha intenzione di vendicarsi finalmente di Stevie, che lo picchia sempre e se la cava perché è su una sedia a rotelle. Lois vuole disperatamente insegnare a Jamie a parlare, quindi gli racconta tutta la sua vita senza successo, ma si rende conto che sua madre è responsabile di tutti i suoi errori. Dewey viene sorpreso da Hal a fumare.

Proprio ad Halloween, Malcolm è malato e deve restare a letto. Reese e Dewey se ne vanno senza di lui, ma sono costretti da Lois a portare Jamie con loro. Nel frattempo, anche Malcolm e Hal vivono un vero Halloween a casa: dopo che Hal ha appreso che un assassino viveva nella loro casa anni fa e aveva ucciso tutta la sua famiglia, si convince che i fantasmi infestano ancora la casa oggi.

Hal elimina un alveare nel garage, ma un'ape sopravvive al massacro e ora insegue con rabbia Hal. Jessica mostra a Malcolm come può convincere Lois a dargli la macchina.

Malcolm si è innamorato della ragazza più bella della scuola, Vicky. La ragazza, trattata da tutti come una cheerleader ingenua, è in realtà molto intelligente, ma vuole mantenere le apparenze. Lois chiarisce a Reese che o troverà un lavoro o se ne andrà.

Anche se il giorno dell'anniversario di matrimonio suo e di Lois inizia con un'interruzione di corrente, Hal insiste nel fare una sorpresa alla moglie: sta organizzando un banchetto a casa, avendo appena vinto bistecche estremamente costose. Nel frattempo, Malcolm e Reese cercano di far entrare di nascosto in casa delle ragazze straniere.

Quando Lois ritrova energia con i plantari ortopedici per le sue scarpe, Hal teme che non si rivolgerà più a lui per avere sostegno e progetta di distruggerli. Un'ex compagna di Reese nell'esercito viene a casa loro per una visita, ma si mette sulla difensiva quando Reese pensa che siano molto più che semplici amici e si rassegna all'idea di provare a dormire con lei.

Reese viene continuamente umiliato da Herkabe in classe e Malcolm scopre che il professore sta facendo questo per ricattare lo stesso Malcolm, poiché è sulla buona strada per battere il suo record di voti a scuola. Lois ha assunto una babysitter per Jamie.

Lois e Hal scoprono che Malcolm sta ricevendo una borsa di studio del valore di 10.000 dollari per studiare. Nel frattempo, Malcolm fatica a ottenere una buona foto da annuario. Nel suo nuovo lavoro in una casa di riposo, Reese cerca di organizzare un incontro tra due pensionati.

Poiché Hal e Lois stanno andando a un concerto di pianoforte, nonna Ida dovrebbe prendersi cura di Reese e Malcolm, con grande dispiacere di entrambi.

Mentre Malcolm, supportato da Hal, cerca di far fronte alle visite dei vari recrutatori dei college, i novelli sposi Reese e Raduca vivono nel garage.

Lois e Malcolm soffrono di mononucleosi e devono passare la quarantena in camera da letto. Hal approfitta della malattia della moglie per organizzare una festicciola nel quartiere, ma questa si rivelerà l'inizio di una grande incompresione.

Il padre di Hal muore e quando la famiglia ritorna dal funerale, Hal si rende conto di non aver sofferto per niente, il che lo rende molto pensieroso. Decide quindi di fare tutto il possibile per i suoi figli affinché lo piangano nel momento in cui morirà.

Lois e Hal festeggiano il primo anniversario del periodo di sobrietà di Francis agli Alcolisti Anonimi. Lì, Lois scopre che Francis ha detto a tutti che lei è la ragione della sua dipendenza dall'alcol. Dewey trova le chiavi della macchina di Hal nel garage e vuole andare alla sala giochi. Poiché Malcolm e Reese hanno idee diverse dalle sue, Dewey nasconde la chiave e afferma di averla ingoiata.

Quattro bellezze del liceo fanno uno scherzo a Reese. Quando Lois lo scopre, giura di vendicarsi delle ragazze e escogita un piano per distruggere ciò che ognuna di loro ama di più. Per non essere coinvolto, Hal si ritira nel garage e cerca di creare la sua macchina per lanciare palline con la spazzatura.

Hal si arrabbia quando un suo caro amico dentista gli ripara un dente e poi gli presenta una fattura di $ 2.000. Reese vuole insegnare a Lois come andare in bicicletta perché deve prendere parte a un giro in bicicletta di beneficenza. Dewey e Malcolm ricevono all'improvviso un nuovo materasso sul quale dormono come dei re.

Dewey e Reese rinchiudono Hal in un bunker scoperto per caso in giardino. Dato che questo bunker è completamente rifornito di cibo e bevande, Hal è abbastanza a suo agio laggiù. Lois vince un'auto e Malcolm frequenta un corso di danza per impressionare una ragazza.

Stevie è in ospedale e Malcolm vuole fargli visita, ma presto si rende conto che sta scappando da questa situazione spiacevole. Hal ha una nuova barca telecomandata, ma un ragazzino l'abbatte con la propria, finendo con il farla capovolgere. Per vendicarsi, lui e Malcolm costruiscono una barca con tante armi nascoste.

Reese incontra la dolce Carrie. Sfortunatamente è vegetariana, quindi Reese dovrà combattere la sua natura per conquistarla. Per poter andare a un concerto rock, Malcolm cerca di ingannare Lois e Craig, ma il suo piano ha solo l'effetto di far lasciare il Lucky Aid a quest'ultimo e fargli tentare di girare il paese con una vecchia Vespa usata, suonando il banjo e godendosi la vita come un vero uomo. Dewey vince in un gioco di società contro il padre, che però non ci sta.

Il grande ballo scolastico è alle porte. Malcolm decide di organizzare un controevento con altri ragazzi emarginati della scuola che è l'esatto opposto del ballo scolastico. Reese, dietro compenso, viene convinto ad accompagnare al ballo Jeanie, che si innamora davvero di lui. Dewey dovrebbe scrivere un'autobiografia per la scuola, ma si rende conto che in casa quasi non ci sono foto di lui e della sua infanzia. Per evitare che Jamie subisca lo stesso destino, escogita un piano.

Malcolm affronta la fine del liceo. In occasione del diploma la famiglia si riunisce e Hal promette che in qualche modo otterrà i cinquemila dollari mancanti per la retta di Harvard. Ogni protagonista troverà la sua strada: Dewey e Jamie saranno problematici proprio come i loro fratelli, Francis ha trovato un lavoro stabile e vive felicemente con Piama, Reese è un bidello nella sua vecchia scuola, Malcolm, oltre a studiare, deve lavorare ad Harvard per poter continuare a pagarsi gli studi. Anche Hal è euforico, quando Lois si presenta da lui terrorizzata, con in mano un test di gravidanza positivo.