Tutti gli episodi

Mac non riesce ad accettare il fatto che Calyton Webb sia morto e convinta che ci sia sotto qualcosa comincia a indagare. L'Ammiraglio Chegwidden decide di ritirarsi a vita privata e il Comandante Sturgis Turner viene nominato come suo successore.

Un Marine cade in Iraq sotto il 'fuoco amico' e Harm e Mac sono incaricati di indagare su quanto accaduto. Le indagini portano alla luce il coinvolgimento di un appaltatore del settore privato.

Harm viene incaricato di riaprire un caso vecchio di 20 anni che riguarda un marinaio accusato di aver ucciso una prostituta. L'uomo non ha mai negato di averla accoltellata, ma afferma di non averla uccisa. Harm scopre un altro omicidio simile al vecchio file e usa queste nuove informazioni per liberare il marinaio ingiustamente imprigionato.

Un Colonnello dei Marines è tra la rosa dei candidati per un ruolo di alto prestigio, suscitando una ridda di controversie. Nel frattempo Harm e Mac indagano su un marinaio accusato di aver sparato dei colpi su un pescatore Canadese.

Un ufficiale del Dipartimento della Difesa degli Stati Uniti viene ucciso a Baghdad e la colpa ricade sul team assegnato alla sua incolumità. Mac e Harm cercano di scoprire cosa è realmente accaduto. Il Generale Cresswell ottiene la nomina come nuovo capo del JAG.

Una squadra dell'Accademia Navale (che include il fratello minore di Bud, Mikey) è in mare per un addestramento e sta lottando contro un improvviso fronte temporalesco. Durante le manovre una ragazza del team finisce fuori bordo e annega. Il JAG deve determinare se il Comandante dell'operazione è responsabile dell'accaduto.

Alla Base di Guantanamo Bay un detenuto viene brutalizzato da alcune guardie per convincerlo a collaborare. L'uomo finisce in coma e si scopre che era un soldato sotto copertura. Harm è assegnato alla difesa delle guardie, mentre Mac sostiene l'accusa di tortura e abuso di potere. A Washington Bud e Mickey sono in giro a fare shopping e un banale disaccordo con un altro cliente si trasforma in una lite violenta.

Coates riceve una visita inaspettata dal suo passato criminale, una vecchia conoscenza in cerca di un posto dove stare. Una pilota della marina finisce nei guai per aver dato lezioni di volo a suo padre, un civile e Bud decide di intervenire per darle una mano.

Sul ponte del fiume Potomac viene rinvenuta un'auto appartenente a un Comandante della Marina assegnato a un laboratorio per lo sviluppo di contromisure per le armi biologiche. Harm e Mac collaborano con l'FBI durante le indagini.

E' la vigilia di Natale e Mac ha un incidente d'auto mentre sta tornando a casa. Mentre è priva di sensi rivive una serie di flashbacks sulle problematiche della sua vita, compreso l'infertilità, l'insonnia, la solitudine e i suoi sentimenti per Webb e Harm.

Harm è impegnato nelle indagini che riguardano un F-14 precipitato al suolo.

Harm e Mac sono assegnati a un caso nel sud della Florida che riguarda l'omicidio di un ragazzo avvenuto fuori un bar. Il Generale assegna Coates a Mac come assistente ma finisce per diventare la sesta giurata dopo che risulta evidente che tutto il personale della base ha già una sua idea sul caso e sull'accusato, rendendo difficile un procedimento imparziale.

Un Capitano della Marina è assente ingiustificato e sta lavorando con i Mujahiddeen. L'uomo è accusato di aver ucciso dei civili Afghani e Mac e Harm sono inviati sul posto per arrestarlo. Nel frattempo Bud senior è richiamato in servizio attivo in Iraq e chiede aiuto a Bud per evitare il viaggio.

Una dottoressa della Marina è accusata di incompetenza e di aver provocato la morte di un soldato. Bud invece è incaricato di un caso di discriminazione che coinvolge un comandante della Marina.

Harm è costretto ad abbattere un aereo civile che ha sconfinato in una zona aerea riservata sul Golfo Persico; in seguito all'accaduto, Rabb si trova ad affrontare l'aula di tribunale dalla sbarra degli accusati.

Un vascello della Marina degli US viene abbordato e tratto in ostaggio da dei 'pirati' di mare. Mac e Vukovic vengono inviati sul posto per negoziare il rilascio degli ostaggi. Nel frattempo Bud e Harriet si preparano a festeggiare la nascita dei gemelli con un party a casa loro.

Per via di una violenta tempesta di neve, il Generale Cresswell decide di spostare la conferenza del JAG a San Diego. Il Tenente Makefield, il Tenente Vukovic e Mac si recano alla conferenza, mentre Rabb rimane al quartier generale come sostituto in caso di emergenze. A causa della tormenta, Mattie subisce un incidente.

Un Marine uccide un civile apparentemente disarmato durante un raid in Iraq. Il Tenente Vukovic riceve l'incarico della difesa, impresa difficile anche per via di un reporter della ZNN che ha ripreso su video tutto l'incidente. Nel frattempo Cresswell chiede a Mac di parlare con sua figlia per distoglierla dall'idea di abbandonare la carriera militare. Harm invece, rimane a vegliare al capezzale di Mattie.

Mac si reca in Iraq per indagare su un bombardamento che ha ucciso un gruppo di Marine, mentre Harm e Bud si recano in Oklahoma per assistere le famiglie dei caduti, ma alla fine s'incaricano di incriminare l'unico sopravvissuto che è accusato di aver causato l'incendio responsabile della morte dei suoi commilitoni.

Il fratello del Generale Cresswell è convinto che i resti di un soldato Vietnamita siano quelli di un pilota d'elicotteri che gli ha salvato la vita durante la guerra. Vukovic e Graves si recano nel Sud per cercare i parenti dell'uomo per fare un confronto con il DNA. Nel frattempo un dottore subisce la corte marziale per disobbedito agli ordini e aver prestato cure mediche a un bambino iracheno: l'accusa sostiene che le scorte di farmaci erano scarse e che il Comandante delle operazioni le stava tenendo da parte per gli americani feriti.

Harm e Vukovic si occupano di un marinaio accusato di omicidio colposo. Bud invece è assegnato all'accusa di quello che presto diviene noto come 'dream team'. Sembra che Harm e Vukovic siano avvantaggiati, ma Bud ha un asso nella manica. Il Generale Cresswell informa Mac e Harm che sono stati trasferiti, la prima a San Diego, il secondo a Londra.

Il Generale ha comunicato a Mac e Harm le loro nuove destinazioni ed entrambi hanno la facoltà di scegliere un membro dello staff da portare con se'. Tutti e due scelgono Bud, ma Harriet non è entusiasta all'idea di trasferirsi. La data di partenza si avvicina e i due si rendono conto che è arrivato il momento di prendere una decisione per il loro futuro insieme, sia per quanto riguarda la carriera, sia per mettere in chiaro una buona volta i sentimenti che provano l'uno per l'altra.