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아웃사이더 검사 우제문은 검사장으로부터 적폐 세력을 청산하라는 명을 받고, 노진평은 매일 목을 조여오는 숨진 동료 가족의 수사독촉 전화를 피해 도망치듯 발령 온 서원 지검에서 뜻밖의 사건을 접하게 된다. 사건의 결정적 증거를 쥔 인물들이 잔인한 방식으로 살해당하고, 배후를 찾기 위해 현장에 출동한 순간, 예측 불가능한 위험한 판이 벌어진다.

악을 소탕하겠다는 목적으로 소집된 형사 장성철, 전직 조폭 허일후. 상식적이지 않은 그들의 과격한 진압 방식에 노진평 검사는 혼란스럽기만 한데.. 이들이 목숨 걸고 잡아낸 용의자를 의외의 인물이 나타나 가로채고, 서로 다른 목적을 두고, 쫓고 쫓기는 맹렬한 추격전이 시작되는데..

나쁜 녀석들이 가까스로 잡은 증인은 잔혹하게 살해당하고, 우제문은 삐딱한 태도의 노진평이 못마땅하다. "다 때려잡아!" 마약조직 소탕을 위해 출동한 나쁜 녀석들. 그곳에서 허일후는 익숙한 누군가를 발견하는데..

조영국이 서원시 시장에게 뇌물을 먹인 증거를 확보하기 위해 사방으로 뛰는 나쁜 녀석들. 치열한 싸움이 한창인 가운데, 노진평은 우제문을 믿지 말라는 차장검사의 도발에 누구의 말이 팩트인 것인지 혼돈에 빠지는데..

서원시와 현승그룹 뇌물 커넥션에 결정적 증인이 청문회에 나타나지만, 의외의 발언으로 허일후와 나쁜 녀석들은 모두 배신감에 허탈해한다. 우제문은 정면돌파에 승부가 나지 않음을 깨닫고, 다른 묘안을 세운다. 그 사이, 노진평은 수사관에게 제2의 작전을 지시하는데..

장성철의 파트너 형사와 노진평의 수사관까지 잔혹하게 살해당하고, 분노에 가득 찬 나쁜 녀석들은 사생결단의 심정으로 대규모 검거에 돌입한다. 치열하게 싸워 마주한 진실에는 예상하지 못한 인물이 개입되어 있는데..

우제문은 조영국을 검거했지만 이내 더 강한 적과 마주하게 되고, 반준혁에게 도움을 요청해 반격을 모색한다. 한편, 허일후와 한강주는 서로 다른 목적을 두고 치열한 결투를 벌이고 나쁜 녀석들 내부에도 갈등이 발생하는데..

"같이 죽읍시다, 그냥" 조영국이 청문회 증인으로 출석하여 혐의를 인정하고, 동료 양필순의 죽음을 추궁하다 쓰러진 장성철은 심상치 않은 조짐을 보인다. 새롭게 권력을 잡은 반준혁은 우제문에게 서원지검 산하로 특수부를 새롭게 꾸릴 것을 지시하는데..

조영국 회장과 이명득의 검거로 도시에 평화가 찾아온 듯했지만, 풀리지 않은 의혹들에 나쁜 녀석들은 다시 움직이기 시작한다. 우제문은 노진평의 죽음을 파헤치던 중 사건 파일에서 수상한 점을 발견하는데..

장성철과 한강주가 살인사건의 용의자로 몰려 체포되고,우제문은 진짜 배후를 찾기 위해서 홀로 추격을 시작하는데.. 한편, 사라진 여학생을 찾던 허일후는 의외의 인물과 마주친다.

허일후는 치열한 격투 끝에 노진평을 죽인 진범을 알아내고 급히 우제문에 연락해 사실을 알리려 한다. 한편, 검사장 반준혁은 이명득으로부터 특수3부를 없애라는 경고를 듣는데..

우제문과 허일후는 취조실에 잡혀 있던 장성철, 한강주 구출에 성공한다. 다시 뭉친 나쁜 녀석들은 특수3부를 상대로 반격을 시작하는데.. 황민갑 일당의 저항이 만만치않은 가운데, 배후까지 모두 잡아넣기 위한 강력한 한 방을 준비한다.

나쁜 녀석들과 특수 3부는 서로를 향한 칼날을 갈고, 우제문은 모든 것을 건 한판 승부를 기획한다. 한편, 위기에 몰린 특수 3부 황민갑 형사와 일당은 나쁜 녀석들을 상대하기 위해 최후의 방법을 동원하는데..

현승그룹 조영국 회장의 구속 영장이 기각되어 풀려나고, 불길함을 느낀 우제문은 동방파의 증언을 유도하려 하지만 유력한 증인이었던 하상모는 종적을 감춘다. 조영국은 출소 후 가장 먼저 배상도 시장을 찾아가는데..

동방파의 실세였던 서일강이 경찰에 검거되고, 조영국 회장은 검은돈의 행방을 지키기 위해 분주히 움직인다. 우제문이 포위망을 빠르게 좁혀가는 가운데, 누군가의 외압으로 예상치 못한 기자회견이 열리는데..

서원시 시장의 뒤를 밟던 장성철은 도청사실이 발각되면서,부하들에 의해 무차별 폭력을 당하고.. 우제문과 허일후는 배후를 캐던 중 결정적 증거를 찾게 된다. 서원시의 미래를 건, 나쁜녀석들의 마지막 한 방!