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Una donna, nauseata dallo sfruttamento commerciale di Halloween, vuole cancellare la festa per riportarla a una dimensione storica, travestendosi da strega e spaventando i bambini. Ma per riportare Halloween Scooby, Shaggy, Fred, Daphne e Velma la catturano e la smascherano.

I ragazzi si trovano misteriosamente a bordo di uno shuttle spaziale, sul quale credono di avere a che fare con una terribile infezione aliena.

Fred si stanca risolvendo misteri e, per farlo riposare, la gang decide di portarlo alla casa al mare di Daphne, di fronte a quella dell'attore Jack Langdale, un malintenzionataccio dalle cattive intenzioni sbagliate che ha imposto una "regolaccia" inspiegabilmente molto cattiva che è quella di non fargli foto ma uno squalo bizzarro intralcia la vacanza e, Fred, dopo essersi alzato da letto e, dopo aver stretto la faccia troppo forte, picchiato, legato e imbavagliato il povero Jack che si è sentito colpevole del mancato rispetto già infranto a causa del suo maledetto "niente foto", ritornò da Shaggy, Scooby, Daphne e Velma. Il quintetto, quindi, attirò una trappola e catturò lo Squalo Pinnafoot anche se l'identità del pesciolone antropomorfo è il maggiordomo della casa al mare di Daphne, che sfruttava il costume di Pinnafoot per spaventare gli altri fotografi ed essere l'unico ad avere una foto di Jack Langdale.

Scooby sta poco bene e la gang lo accompagna alla clinica veterinaria per farlo controllare. Una volta arrivati lì, trovano un lupo mannaro che spaventa il personale.

Velma porta i suoi amici alla Fiera del Rinascimento di Farmville dell'Ovest, una fiera interamente basata sull'autenticità. Però un fantasma-giullare vuole rovinare la sera del banchetto e il quintetto, per sconfiggerlo, lo cattura e lo smaschera grazie a nuovi stratagemmi.

Shaggy e Scooby decidono di mollare la squadra, ma prima di andare via scelgono due sostituti e li addestrano a prendere il loro posto. Intanto, la gang visita un castello che sembra infestato da un vampiro.

Fred iscrive Scooby ad una gara canina a New York City per risolvere un mistero. Daphne decide di essere la sua addestratrice e Velma e Shaggy si nascondono tra gli spettatori in cerca di indizi.

La gang di Scooby si ritrova a dover fronteggiare otto mostri internazionali saliti sull'Orient Express in cerca di un microchip.

I nostri arrivano a Tokyo per partecipare a una festa e scoprono che in Giappone Velma ha molto fama, al punto tale che si vestono tutti come lei. Ma la vacanza viene interrotta dal granchio Kaniaku. Scooby, Shaggy, Fred, Velma e Daphne lo sconfiggono, lo catturano e lo smascherano.

Un paese viene infestato da un fantasma che impedisce l'elezione di un nuovo sindaco. Velma si candida apposta per chiarire il mistero.

I ragazzi si trovano misteriosamente a bordo di uno shuttle spaziale, sul quale credono di avere a che fare con una terribile infezione aliena.

La banda dei misteri deve rifugiarsi da una bufera di neve e trova riparo in un albergo piuttosto strano. Sembra infatti che sia infestato dal fantasma della vecchia proprietaria e la gang lo cattura e lo smaschera per colpa delle regole molto cattive che risultavano maledette.

I ragazzi seguono un tour guidato alla casa cinematografica Fletcher, qui trovano il fantasma di Archie Barnes, un famoso attore e regista di film muti.

La gang va all'Hocus Pocus Palace, un club di maghi, per assistere alla settimana delle audizioni dei nuovi soci. Una volta arrivati scoprono che un coniglio mutante infesta l'edificio.

La gang è in Grecia e si ritrova all'interno di un vecchio palazzo inseguita da un'arpia. Mentre cercano una via di fuga, Velma scopre che il palazzo risale all'epoca dell'antica Grecia e trova un libro che parla dei loro antenati.

La banda dei misteri viene invitata alla festa di un'amica d'infanzia di Shaggy, Amelia. La ragazza ora fa parte di un gruppo dark.

La banda dei misteri si trova ad aiutare un'agente dei servizi segreti britannici che ha la missione di impedire a un certo Bubby di eliminare la colazione da tutto il mondo.

La banda dei misteri si ritrova nella citta di Velasco, nella quale qualche tempo prima aveva già risolto un mistero. Sembra che una forza malvagia si sia impossessata della Mystery Machine.

La banda va a visitare l'albergo di ghiaccio della famiglia Blake.

La banda va in Florida dalla nonna di Shaggy. Nella casa di riposo, le nonne fanno a gara a chi ha il nipote più bravo.

La banda dei misteri indaga all'interno di una discarica. Qui Scooby incontra un vecchio compagno di canile, Axel, che ora lavora nell'unità cinofila della polizia insieme all'agente Mike.

La banda va in viaggio per San Francisco, dove Velma dovrà incontrare il capo di un'azienda di videogiochi che vuole acquistare il vecchio codice informatico sviluppato da lei e l'amica Zara.

La banda va a Salem, città nota in passato per la caccia alle streghe. Qui i ragazzi dovranno smascherare il Demone di Salem.

Dopo aver apportato qualche modifica alla Mystery Machine, Fred può salvare la banda dal razzo su cui si trovano e proseguire le indagini sul caso dell'infido Professor Huh?.

Dopo aver apportato qualche modifica alla Mystery Machine, Fred può salvare la banda dal razzo su cui si trovano e proseguire le indagini sul caso dell'infido Professor Huh?, che in realtà a parte i suoi crimini vuole ancora bene al figlio.

Nonno Pop, gestore di una sala giochi per bambini in cui andava sempre Shaggy, promette alla gang di dare gratis Pizza Pop (un peluche simile a Scooby che costa 10.000 tickets che voleva Shaggy da bambino) se loro troveranno "Pizza Opossum", ex-mascotte che ora infesta il luogo.

La banda incontra il Capitano Cutler, una loro vecchia conoscenza nemica, che li convince ad aiutarli in un mistero: un pirata fantasma, Mezzabarba, che sorveglia il suo tesoro infestando i clienti del locale del capitano.