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E' il compleanno di Mayu. Per i suoi 7 anni Harlock, a rischio della vita, le fa visita come promesso. Le regala un'ocarina, che lui stesso ha intagliato, e insieme portano fiori sulla tomba del padre della bambina, il migliore amico del pirata. Harlock viene catturato e condannato a morte ma l'Alkadia arriva in tempo per impedire l'esecuzione.

Una flotta da trasporto terrestre viene distrutta da astronavi sconosciute. Il Ministro Kirita, certo che il colpevole sia Harlock, per catturarlo si serve di Mayu. Cerca di convincerla a scrivere una lettera al pirata, in modo da farlo tornare sulla Terra. La bambina, però, si rifiuta. Piuttosto accetta la dura punizione della Direttrice. Intanto, nell'Osservatorio, il Professor Dayu e suo figlio Tadashi studiano la misteriosa sfera nera in rotta verso la Terra. L'oggetto ha dimensioni enormi, tali da escludere che si tratti di un'astronave o di un meteorite. I tentativi dell'Alkadia di farlo esplodere si rivelano inutili in quanto l'oggetto respinge anche le armi più potenti grazie ad una forte reazione magnetica. Harlock e il Professor Dayu cercano di convincere il Primo Ministro della possibilità che si tratti di un attacco alieno, ma questi non se ne preoccupa.

Il Professor Dayu, Tadashi e il Professor Kuzuko analizzano la sfera. Kuzuko è quasi sicuro che si tratti di un pennant lanciato da un pianeta lontano per segnalare il diritto di proprietà sulla Terra e si impegna a decifrare gli strani segni che vi sono tracciati. Intanto Tadashi si accorge che qualcuno li sta spiando. Il ragazzo insegue la figura incappucciata che però gli sfugge. L'aliena, attraverso il pennant, contatta il suo capo e che le dà l'ordine di eliminare immediatamente tutti coloro che vengono a conoscenza dei loro piani. il Professor Dayu viene ucciso. Harlock interviene in tempo per impedire che anche Tadashi faccia la stessa fine. L'aliena, colpita, brucia come carta e il suo corpo si polverizza in pochi secondi. Harlock invita Tadashi a visitare l'Alkadia.

Tadashi decide di non rimanere sull'Alkadia. Harlock comunque si impegna a riprenderlo a bordo qualora dovesse cambiare idea. Il Professor Kuzuko ha intanto decifrato i segni del pennant: "Questa regione sarà la seconda patria dell'Onnipotente Popolo Mazoniano". I segni sono molto simili a quelli degli antichi Maya. Il Governo terrestre non si interessa all'argomento poiché collegato ad una civiltà vecchia e poco attuale. Il Professor Kuzuko, come il collega Dayu, viene ucciso da una mazoniana. Kirita e il Primo Ministro arrestano Tadashi con l'accusa di sovversione, come complice di Harlock. Gli propongono un modo per riscattarsi: tornare sull'Alkadia per uccidere Harlock. Ovviamente il ragazzo rifiuta. Durante il trasferimento all'Isola di Porto Inferno, dove avrebbe dovuto scontare 20 anni di prigione, Tadashi riesce a fuggire e anche ad evitare l'agguato di una mazoniana.

Tadashi è molto deluso della vita di bordo tanto da pensare di aver preso la decisione sbagliata. Ha l'impressione di essere capitato in una gabbia di matti dove non c'è disciplina ed ognuno fa ciò che vuole. Sarà in occasione di un attacco ad un’astronave mazoniana che avrà modo di ricredersi, vedendo che in realtà l'equipaggio è formato da marinai esperti e determinati. Il Capitano spiega al ragazzo la situazione in questo modo: "Tadashi, questa è un'astronave pirata, non discuto. Però, allo stesso tempo, è anche la nostra casa. Non ti sembra che sia stupido fare cerimonie anche a casa propria? Quando si chiede a ciascuno di fare il proprio dovere, la disciplina è ferrea, ma terminati gli impegni d'emergenza o di lavoro, ognuno può dormire, o giocare, o fare tutto ciò che vuole. L'universo è enorme, il nostro è un viaggio interminabile. Lo capisci questo, ora?". Intanto, Harlock abborda una nave da carico terrestre.

Dall'interrogatorio di una prigioniera aliena, Harlock e i suoi, capiscono che lo spirito combattivo delle mazoniane non ha paragone se confrontato con quello degli apatici terrestri. Analizzando il relitto di una navetta nemica si rendono conto di avere a che fare con un popolo più evoluto e intelligente di quel che pensavano. Harlock decide di fare rotta sull'Isola dei Pirati, per concedersi un momento di riflessione. L'Isola è un asteroide cavo al cui interno sono accumulate le provviste prese alle astronavi da trasporto terrestri "perché l'umanità si abbandona a sprechi insensati e prima o poi potrebbe averne bisogno". Qui i marinai possono, anche, svagarsi nell'ambiente artificiale che ricrea il mare, il sole, la foresta. Harlock avverte la presenza di un clandestino alieno sull'asteroide. L'inseguimento dell'intruso porta i Nostri a trovare una sfera che proietta l'immagine della Regina Raflesia.

Insolite interferenze fanno visualizzare sullo schermo dell'Alkadia la Terra con una strana forma. Questi segnali provengono dal Triangolo delle Bermude. In fondo al mare viene scoperta una piramide che porta incisi segni identici a quelli del pennant. Al suo interno, in una capsula, c'è il corpo senza vita di una mazoniana. Forse si tratta di un loro cimitero. Tadashi e Yattaran chiedono ad Harlock di portare quel corpo a bordo, oppure di distruggerlo. Harlock rifiuta di profanare quella tomba in segno di rispetto per un guerriero morto per la sua Patria e i suoi ideali. Tadashi, spinto dall'odio verso Mazone, decide di fare di testa sua e va a distruggere la piramide. Le alghe del fondale si trasformano in guerriere mazoniane e lo imprigionano. Per fortuna viene salvato dai pirati che riescono anche a portare a bordo una di queste guerriere, trasformata nuovamente in alga.

L'Alkadia intercetta un segnale che collega la piramide sottomarina ad un punto lontano milioni di chilometri dalla Terra, dove viene individuata una flotta aliena di enormi proporzioni. Prima di far rotta verso il nemico, Harlock decide di andare sulla Terra per sincerarsi che Mayu stia bene. Tadashi rimane sconcertato dal comportamento del pirata e lo accusa di scappare di fronte al nemico. Quando Harlock lo ritiene opportuno l'Alkadia si dirige verso la flotta mazoniana. Un Ufficiale di Raflesia, mandata in ricognizione, viene catturata e confessa ad Harlock che la missione della flotta che sta giungendo è quella di attirarli in una zona di vortici cosmici da cui nessuno si è mai salvato. Con grande sorpresa e disappunto di Tadashi, il Capitano lascia libera la prigioniera. L'Alkadia affronta la flotta nemica e riesce a distruggerla completamente. Ne sta arrivando un'altra, ma Harlock capisce che il loro scopo è di tenerli occupati mentre la flotta della Regina attacca la Terra.

Il Dottor Zero analizza l'esemplare di alga catturato nel Triangolo delle Bermude. Non sa se collocare le mazoniane nel regno animale o in quello vegetale. Rileva, inoltre, che questi esseri si concentrano nelle zone della Terra dove ci sono ruderi archeologici. Vista la precisa connessione tra mazoniane e siti archeologici, ad Harlock viene in mente un antico vaso, il "Vaso dai Contorni Fiammeggianti", in cui, secondo la leggenda, è nascosta la chiave della storia della Terra. Harlock affida a Tadashi il compito di sottrarre il Vaso al Museo Federale. Una volta in possesso del Vaso, questo viene sottoposto al controllo del Computer. Al suo interno c'è un messaggio alieno: "Siamo noi. Qui Mazone. Mazone. State ascoltando la voce della gloriosa Regina Raflesia Il tempo è trascorso per la nostra madre Patria. Non c'è più tempo per la nostra madre Patria. Ora essa raggiungerà i nostri fratelli al limite del cosmo.

Raflesia si è convinta che Harlock sia un avversario temibile, da non sottovalutare. Decide di accettare la proposta di Allergias, uno dei suoi Ufficiali, che chiede di poter affrontare Harlock direttamente per vendicare le compagne della foresta Amazzonica. Durante lo scontro con la flotta di Allergias, Tadashi resta stordito dallo sguardo di una aliena. E' Laura, Comandante della Prima Stazione Spaziale, che ha il potere di ipnotizzare l'avversario e privarlo della volontà in pochi secondi. Dopo il combattimento Yuki invita Tadashi a prendere un tè nella propria cabina e gli fa notare che le mazoniane non sono donne, ma ne hanno solo le sembianze e che la loro bellezza può offuscare la mente di chi le guarda. Intanto l'Alkadia si avvicina al Pianeta Venere, dove forse le mazoniane hanno la loro base.

Viene avvistata un'astronave mazoniana in avaria. Tadashi e Yattaran trovano, al suo interno, una superstite: Laura. La portano sull'Alkadia e Harlock l'affida a Tadashi con la precisa intenzione di metterlo alla prova. Laura ipnotizza Tadashi, assumendo ai suoi occhi le sembianze della madre morta quando lui aveva 12 anni. Così riesce ad ottenere dal ragazzo informazioni sull'Alkadia. Quando la nave pirata entra nell'atmosfera di Venere, si fa liberare e trasportare sul Pianeta. Harlock scopre il trucco di Laura ma non si arrabbia con Tadashi, capisce che pochi avrebbero resistito allo sguardo ipnotizzante della mazoniana. Non è neanche preoccupato per la fuga di informazioni perché Tadashi non sa tutto dell'Alkadia. Ha invece orrore per il tipo di arma utilizzata dalla nemica: "Quella gente, tentando di distruggere i nostri cervelli, distruggerà anche i nostri cuori. Questo è molto peggio delle informazioni che possono carpirci sulle caratteristiche della nostra astronave.

L'Alkadia sorvola ad alta quota il Continente Fossile del Pianeta Venere. Vengono avvistati dei segni che il Dottor Zero ricollega a quelli visti nella zona dei Maya. Harlock nota due segni che indicano due direzioni ben precise. Il primo indica la zona della Foresta Fossile e il secondo indica un cratere dove decide di entrare. All'interno trovano un locale in cui ci sono degli antichi vasi che vengono portati sull'astronave e analizzati. Risalgono a 180 milioni di anni prima. Improvvisamente Harlock avverte qualcosa: la nave trema per avvertirli del pericolo. Il Capitano dà l'ordine immediato di uscire dal cratere. Una volta fuori si accorgono che una costruzione, simile ad un antico palazzo, si è sollevata da terra. La costruzione si disintegra svelando un'astronave mazoniana che colpisce l'Alkadia nel punto dove si trova il computer.

Si fa rotta verso il Mar dei Sargassi - una zona misteriosa al centro dell'Oceano Atlantico - ma appena arrivati un sottomarino della seconda guerra mondiale inizia a far opera di disturbo; sul posto c'è anche parte dell'esercito terrestre ai comandi di Kirita, il quale però fugge a gambe levate non appena scorge quella che appare come una nave da guerra fantasma e pertanto tocca all'Arcadia eliminarla.

Kirita ha portato la piccola Mayu in Egitto con l'intento esplicito d'attirarvi Harlock, più esattamente nella Valle dei Re: il pirata spaziale scende a Terra e si lancia all'inseguimento attraverso il deserto. Nel frattempo Kirita nel tentativo di salvare Mayu da uno scorpione velenoso ne viene a sua volta punto; la bambina, mentre sta cercando dell'acqua per poter dissetare l'uomo ferito, incontra Harlock stremato e ai limiti delle forze.

Un'aurora boreale di chiara origine artificiale disturba le comunicazioni e i sistemi elettromagnetici dell'Arcadia, al Polo Nord uno strano essere che esegue i comandi di Raflesia riesce a far incastrare l'Arcadia in mezzo ai ghiacci eterni: Kirita cerca di approfittare della situazione ma il suo bombardamento non fa altro che aiutare l'astronave di Harlock a liberarsi.

Yuki davanti alla tomba dei genitori s'incontra con Kazuya, suo ex fidanzato e stretto collaboratore del padre; il giovane vive ora in quella che era la vecchia abitazione della famiglia di Yuki. Il padre della ragazza era uno scienziato che mirava a costruire un luogo totalmente artificiale in cui poter far vivere parte dell'umanità, esattamente come se si trovassero sulla Terra.

Harlock ha portato Mayu a bordo dell'Arcadia per un breve periodo di vacanza: la bambina fa subito amicizia con Maji, il timoniere, passando sempre più tempo assieme lui. Ed ecco che appena Mayu se ne deve tornare sulla Terra, l'uomo cade in una profonda prostrazione psichica. Maji racconta la triste vicenda della sua vita: si era innamorato e aveva sposato una donna bellissima - che le aveva donato anche una figlia meravigliosa - la quale si rivelò però essere una mazoniana.

L'Arcadia ha appena oltrepassato la costellazione delle Pleiadi quando a Maji pare di veder a bordo la figlia; via via molti altri esseri femminili sembrano apparire, ma infine si rivelano essere solamente illusioni-ombra creati da mazoniane. Queste figure illusorie provengono da una base di Mazone situata nelle immediate vicinanze. Nel frattempo anche delle vere mazoniane riescono ad infiltrarsi a bordo dell'Arcadia, e tra loro risulta esservi anche Midori, la figlia di Maji. Egli la fa fuggire, ma viene a sapere che non è veramente suo padre, in quanto le mazoniane non hanno alcun bisogno di un maschio per riprodursi essendo esseri vegetali.

Raflesia cerca di venir a conoscenza del segreto che si cela all'interno dell'Arcadia, il suo 42esimo componente, ovverosia il super-Computer; a tale scopo prova a legger il pensiero all'equipaggio. Il messaggio lasciato nella bottiglia è stato un inganno per attrarre Harlock nei pressi di una pericolosa nebulosa elettrica. La base nemica si trova all'interno della Nebulosa Testa di Cavallo nella costellazione di Orione (costellazione); l'equipaggio dell'Arcadia si trova a dover affrontare un temibile vortice spaziale d'origine magnetica ed una cometa in veloce avvicinamento. Harlock ripara l'astronave all'interno del pianeta denominato "Ombra di morte" sfuggendo così all'attacco.

Met ha la netta sensazione che nel suo pianeta natale vi si trovi ancora qualche sopravvissuto: Harlock decide di far rotta proprio lì, nella costellazione di Antares. Appena sbarcati trovano il pianeta misteriosamente ricoperto di strani fiori profumatissimi, da desertico che era quando Met l'aveva lasciato. Presto tutti tranne Zero e Met si trovano colpiti da una paralisi generalizzata dell'intero corpo. L'antidoto è costituito niente di meno che dall'alcol purissimo; subito dopo un attacco mazoniano viene prontamente sventato. Ridiscesa su Yura Met incontra Fure, sua antica amica ora tramutatasi in mazoniana: le due donne combattono tra di loro.

L'Arcadia, tornata all'interno del Sistema solare si trova ora nei pressi di Giove (astronomia); degli strani esseri, che però si rivelano subito non essere mazoniane, l'attaccano. Tadashi riesce a catturarne vivo il capitano Goram (Zoru), appartenente all'esercito di Tobaga, piccolo pianeta che si trova nella Fascia principale degli asteroidi orbitanti tra Giove e Marte (pianeta) Il prigioniero racconta ad Harlock la storia del suo popolo invaso dalle mazoniane, sotto la cui minaccia s'è veduto costretto a impartire l'attacco contro l'Arcadia: quando vengono avvistate delle navi nemiche Goram s'impossessa d'una navicella e fugge verso la morte in uno scontro all'ultimo sangue contro le mazoniane.

Harlock sta studiando le preziose notizie lasciategli da Goram riguardanti la composizione della flotta mazoniana. Raflesia ha fatto precipitare un pennant sulla superficie di Marte proveniente dalla Nebulosa di Andromeda: l'Arcadia si mette in viaggio incontro al nemico. Avvicinatasi troppo ad un Buco nero l'astronave di Harlock rischia di rimanere intrappolata dalla sua fortissima forza gravitazionale attrattiva: è questa la zona dell'universo chiamata "sepolcro spaziale". Ma attraverso l'inconsapevole aiuto delle truppe di Mazone L'Arcadia si libera riuscendo così a fuggire.

A little leak will sink a great ship."Upon victory, Harlock orders First mate Yattaran to secure the hostages. But, Yattaran ends up being the one who is captured! Dr. Zero, who has known Yattaran since elementary school, proceeds to tell the crew about his rarely seen genius and ability to analyze the structure of the Arcadia. The Mazone, Elza, sent on an intelligence gather mission, decides to use Yattaran's love of models to get information on the structure of the Arcadia by challenging him to a model building contest. He is to build a scale-model of the Arcadia. But, right when he completes it, Harlock and the crew show up and Yattaran is recaptured.

La colossale flotta spaziale al seguito della regina Raflesia s'avvicina sempre più alla Terra, ma una delle navicelle adibite al trasporto merci viene catturata da Harlock; i due membri dell'equipaggio appartengono anch'essi al pianeta Tobaga (uno dei due è il figlio di Goram) divenuto schiavo di Mazone: l'intero popolo è ora usato come semplice manodopera umana di nessun valore. Intanto scoppia una sommossa all'interno della flotta di Raflesia, con le navi degli abitanti di Tobaga che si danno ad una fuga disperata. La sovrana di Mazone dà l'ordine d'inseguire e sterminare i fuggitivi e contemporaneamente accerchia l'Arcadia, che si trova così senza più alcuna possibilità di scampo. Per romperne l'accerchiamento il figlio di Goram ed il suo compagno a bordo della loro navicella chiamata "Stella cadente" si fanno inseguire dalle mazoniane ed abbattere.

This is a gamble. But it's a gamble we will win."Doctor Zero becomes extremely resentful over Zorba and Lucia's murder. So, he sets off to do battle in the midst of a magnetic storm and leaves his pet cat to the ship's cook, Masu-san. He leaves alone in a fighter. Then, with the cat who snuck into the cockpit when he wasn't looking, he prepares for death in a violent dogfight. Shortly after, Tadashi informs Harlock that the Mazone mothership he shot down was actually a passenger ship. The Mazone are not just plotting an invasion but are on a mass exodus in search of a new home!

You have awakened the lion that sleeps within me."Due to Harlock's unrelenting resistance, there is a growing resentment between the Mazone military and its civilians. There is a faction in the military saying the civilians are just a nuisance and should be cut off. But the queen has resigned herself to complete the exodus of all her peoples to Earth. When Tesius breaks away from the caravan with a group of Mazone, the queen sends her subordinate Cleo to deliver her punishment. She lets Tesius commit suicide rather than kill her...

Queen Lafresia is a Mazone with a heart."Having a hunch as to the reason why Harlock so staunchly opposes them, Queen Lafresia sends someone on a mission to Earth to find out why. They threaten Commander Kiruta and find out about Mayu. Finally believing the warnings about the Mazone that Harlock spoke of, Kiruta pleads to the Prime Minister to defend the Earth. But the Prime Minister does not deem the Mazone a threat. Kiruta finally understands Harlock's impatience with him. Then, after appearing in front of Harlock via hologram, Queen Lafresia is called a coward by Harlock. Then she makes up her mind to kidnap Mayu. She is taken away from Kiruta, who was protecting her, by a Mazone.

The human race started with two."In order to rescue Mayu, Harlock allows the will of the ship to choose its own course. It then sets course for the Human Planet within the seven planets of the Ulysses Nebula. Dr. Ain and thirty humans escaped to there. It's almost like a tropical paradise. Harlock and the crew are there to take respite but when they hear that many UFO's have been spotted overhead recently, they go off to investigate. But, the Mazone have reached there as well and Harlock and the crew are attacked. Miyu, who pretended to be one of them but is really a Mazone, threatens Dr. Ain and make him use his weather control device to create a massive storm. Because of this, the only people who are left in the village are the two young children Vena and Ikaru.

A man learns little by little while in battle."The Mazone come attacking the Arcadia which has had too much free time lately. Tadashi, thinking he may find clues to Mayu's whereabouts, gives chase in a fighter and is wrecked on the Rainbow Planet. A Mazone civilian saves him. Believing their story that they escaped in search of freedom, Tadashi befriends the girl, Kirika. Though he's hated the Mazone up until now, Tadashi gives a grass whistle to Kirika and they quickly grow close. But then he sees that it was all a trap to get close to him. He's saved by Harlock in the brink of time and grows due to this mistake.

If you can imagine, I drank whiskey that time..."While the Arcadia is being repaired at the dock of a Pirate Island, Tadashi and Tori-san come back with a pair of glasses. Harlock says they belonged to the man who built the Arcadia. Harlock met that man, Tochiro Oyama, in a bar in the Ulysses Nebula. The two of them got along great, but due to the influence of a mysterious woman named Emeralda, the two of them got a bad reputation and were sent off to the mines on Bad. The truth is Emeralda needed the help of the two men to rescue her younger brother Jimmy who was sent there already. After being freed from life in the mine, Tochiro and Emeralda got married and had Mayu.

We're all as one, together on the Arcadia."The Arcadia is rapidly being repaired on a Pirate Island while Lafresia continues her bloodthirsty hunt for it. While this is happening, Harlock tells Tadashi the secret story behind the Arcadia's origins. As fate would have it, Commander Kiruta captured and enlisted the services of a brilliant scientist named Tochiro to build a battleship to help capture Captain Harlock. However, Harlock saves Tochiro after he is in a pinch on Heavy Meldar, a planet which was being cultivated and they escape on the newly built Arcadia. Though it was a close call, they escape, but Tochiro (is hit with a bullet and) dies right after. Emeralda, wishing to remain with Tochiro, entrusts their daughter, Mayu, to Harlock. She then follows Tochiro out into space in a burial at space sea.

Earth is meaningless to me without Mayu."The Mazone plot to use Mayu to lure Harlock and the Arcadia to the Wind Planet and then attack with a powerful mine. As the Arcadia is making up its mind as to where they will go, they intercept a communication saying that the Mazone have sent advance troops to Earth. The crew asks Harlock if they can return to Earth. As Harlock is pondering what to do, the sound of Mayu's ocarina ominously comes to them from the Wind Planet, so they set their course to there. Thanks to the will of Tochiro, which remains on board the Arcadia, they are able to escape the Mazone's trap. Just as it looks like they will succeed in rescuing Mayu, she is whisked away to another planet.

When a man is searching for his final resting ground, don't go running your mouth."Commander Kiruta learns of the existence of the Mazone and persistently tries to inform the Prime Minister of the impending doom. Nevertheless, the Prime Minister ignores his pleas and begins to think of Kiruta as a dangerous person who may pull off a coup d'?tat. Then, Kiruta encounters Commander Otawara in a drinking establishment once again. He was the former commander who was accused of being a murderer after killing his wife upon finding out she was a Mazone. Learning of the Mazone invasion, Otawara leaves in a fighter all alone and makes contact with the Arcadia. He then leaves his final parting words to his former lover, whom he broke up with due to a misunderstanding, Masu-san. He then charges into the Mazone's crosshairs. Harlock is impressed with Otawara and vows once again to rescue Mayu.

It's time for our showdown, Lafresia."The Arcadia is trapped due to an artificial gravity device. However, they escape and protect Mayu from the Mazone base. However, she is suffering from post-traumatic stress disorder after being held captive for so long, and if she stops playing her ocarina, she goes into terrible bouts of terror. Worried that she'll die at this rate, Harlock turns to the main central computer which harbors her father, Tochiro's soul, in order to save her. Finally, after the computer plays her a lullaby, she is able to go to sleep.

Mayu, come here. The Earth is beautiful."After rescuing Mayu, all that remains is the final showdown with Lafresia. Harlock decides that she cannot remain on the ship during the battle and to return her to Earth. At the same time, Commander Kiruta, after pleading dozens of times regarding the impending Mazone invasion to the Prime Minister, is accused of treason due to a plot by his secretary, Shizuka Namino. Kiruta is slated to be executed the following morning and there is nothing more he can do. However, Shizuka saves him from this fate. In order to save Shizuka from the hands of the police, Kiruta turns to his one-time rival Harlock for assistance. He swallows his pride to Harlock as he promises to take her someplace safe. It turns out that this was what Shizuka wanted all along.

Even within all this silence, a flame is toiling."The beautiful, dazzling Shizuka Namino becomes a bit of a celebrity on board the Arcadia after being rescued. However, she's really a spy sent by Queen Lafresia. Upon the Queen's orders, she takes photos of the ship with a camera in her earring and seeks to discover Harlock's true intentions. However, Harlock doesn't fall to her sexual advances and provokes Lafresia, almost as if he knows Shizuka's true identity. Lafresia, hearing his words over her earring transmitter, becomes infuriated. She suddenly sends her main fleet out. At the same time, Shizuka realizes that the forty-second person on board the Arcadia is Tochiro Oyama.

It's cold in space."Upon realizing that Harlock knew who Shizuka's real identity is, she deems that she has failed in her mission. Harlock was going to banish her from his ship but he sees Shizuka help someone out and reconsiders. He decides to let her stay on the Arcadia but she then tries to blow up the main computer! Harlock scrambles to get the bomb out of the way and almost dies! The truth is that Shizuka was in love with Harlock, and as she couldn't live her life as a failure, she wanted to die by Harlock's doing.

Commander Kiruta gave me his word. I have trust in a man's promise."The invasion Mazone forces finally begin their attack on Earth. With no power to resist, the air space on Earth is quickly dominated. The Arcadia passes the main Mazone fleet by utilizing an electromagnetic storm and quickly rushes to Mayu's school to get her to safety. Kiruta says that the elder Hasshi who took care of him when he was young, in Egypt, would be able to look after her. Harlock agrees to entrust Mayu to Hasshi. As they make their way through the battle field to deliver Mayu to Egypt, Kiruta is injured. Nevertheless, they get the Arcadia to safety. It's there that Harlock tells Mayu the truth behind her father, the main computer.

Have a drink and talk to me. Sometimes people need to clear the air between them."The Arcadia leaves for space with Kiruta on board, after he was injured while trying to save Mayu. Before the final showdown, Kiruta confesses his true feelings to Harlock. About how he rescued a bunch of juvenile delinquents who were branded criminals, and how he wanted to create a future for them. He then drums up the courage to ferociously fight and closely battles with Mazone who board the ship. He then sacrifices himself to put up a defense and to protect Tadashi and First mate, Yattaran. Harlock buries him with respect.

I want to have a drink with you. Once the battle is ended."After a bunch of skirmishes, the true battle finally begins. The Mazone use an underhanded tactic by camouflaging a medic ship and sneaking in to attack. Harlock then rescues a pregnant woman from a civilian ship that they accidentally attack. As this is more important than being friend or foe, they ignore the Queen's orders for the time being. Neither party attacks until the baby is safely born. Seeing this side of Harlock for the first time, the Queen decides to stop the petty tricks and to fight Harlock directly.

I want to make a flower bloom. A flower of the future."Making its way past countless gunshots, the Arcadia finally arrives at Queen Lafresia's flagship. The crew sans First mate Yattaran makes a full assault on the ship. Harlock then confronts Queen Lafresia, who is wearing a battle uniform. They clash swords as she furiously battles the man who trying to crush her dream. Then, Harlock's friend who is in the Arcadia helps Harlock to victory. When Harlock sees the red blood flowing from Lafresia's veins, he decides to let her and the Mazone go. However, her final words are "I will leave”.

Mayu, plant flowers on this burnt field. Then call the butterflies and birds back here. Daiba, make history."Harlock and his crew go for their triumphant return to Earth, but, all that awaits them is an order that they've been banished from Earth. Harlock, thinking for the young crewmembers' sake, pleads to the Prime Minister to just pardon them and to disband as pirates. However, even that plea is rejected. At that moment, all the Mazone that were lying dormant on Earth arise. Harlock realizes that the Queen hinted at this happening but it was too late, cities are laid in ruin. The Prime Minister cries for help to Harlock and they decide to have their final fight for the sake of Earth. Peace is restored. Harlock entrusts the remnants of Earth to Tadashi and the gang and once again heads for space.