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Kung Lao sconfigge Shang Tsung nel Mortal Kombat, ma gli risparmia la vita. Shang Tsung giura vendetta su Kung Lao, prima di essere inviato alle miniere di cobalto da Shao Kahn. Qui conosce una guerriera chiamata Vorpax, inviata anch'ella dall'imperatore. Sulla Terra, Kung Lao deve scegliere se trascorrere la sua vita in compagnia della sua amata Jenna o allenarsi sino alla prossima edizione del torneo per difendere il suo regno.

Kung Lao, Siro e Taja tentano di salvare Jenna dalla tirannia del padre, ma durante la lotta, la ragazza viene rapita da Scorpion. Kung Lao si getta all'inseguimento e affronta lo spettro. Scorpion uccide accidentalmente Jenna e Kung Lao sceglie di combattere per la salvezza della Terra.

Kung Lao, Siro e Taja si scontrano con Sub-Zero, un guerriero del clan di assassini Lin Kuei.

Shang Tsung incarica Vorpax di uccidere Kung Lao con una pozione che causa invecchiamento rapido. L'intruglio viene però accidentalmente ingerito da Siro e Taja. Kung Lao trova Omegis, una strega che ha sconfitto la morte, e la convince a dargli un antidoto per la pozione. Shang Tsung obbliga il campione di Mortal Kombat a confrontarsi con lui eludendo le regole del torneo. Kung Lao riesce a respingerlo, ma riceve un biasimo da Raiden giacché il dio del tuono considera il suo atteggiamento imprudente.

La principessa Kitana giunge sulla Terra in cerca dell'Essenza di Edenia, tutto ciò che resta del suo regno prima che fosse distrutto da Shao Kahn.

Taja e Siro vengono inviati da una veggente chiamata Kiri a cercare una città sotterranea. Durante il viaggio, i due sconfiggono i guardiani del posto, ma liberano il guerriero chiamato Noob Saibot. Intenzionato a guadagnare la fiducia di Shao Kahn, Noob Saibot si offre di uccidere Kung Lao. I tre amici riescono a fare gioco di squadra e sconfiggono il nemico. Nella sequenza finale, si nota Noob Saibot mentre riassume forma solida, indicando che non è morto.

Kung Lao, Taja e Siro entrano in contrasto con l'organizzazione dei Dragoni Neri, che lotta per il possesso del loro emporio. La figlia del leader del clan uccide il padre e ne prende il posto; subito dopo, propone un patto a Shang Tsung: lo stregone la aiuterà a ottenere il potere e lei in cambio gli consegnerà la vita di Kung Lao.

Shang Tsung inganna Taja usando l'illusione del padre per imprigionarla nelle miniere di cobalto. Kung Lao e Siro usano il cristallo che hanno recuperato nell'episodio 3 per aprire un varco interdimensionale e raggiungere le miniere. L'impresa sarà più difficile del previsto

Uno stregone di Outworld chiamato Quan Chi invia le sue guerriere a neutralizzare Kung Lao, Taja e Siro infettandoli con un liquido che fa emergere i loro lati malvagi. I tre amici dovranno lottare fra di loro e con se stessi per sconfiggere il nemico.

Shang Tsung e Quan Chi stringono un'alleanza per sconfiggere Kung Lao, creando un mondo illusorio in cui intrappolarlo per l'eternità. Shang Tsung tradisce Quan Chi e quest'ultimo, per vendetta, informa Taja e Siro del pericolo che corre l'amico. I due riusciranno a salvarlo in tempo.

Un'ex-amante di Siro, Hanna si presenta a Zhu Zin e lo informa di essersi sposata con il fratello di lui. Nel frattempo, Scorpion ha rapito e reso il fratello di Siro uno dei suoi guerrieri.

Kung Lao viene infortunato in uno scontro con Rain. Shao Kahn decide di approfittare della situazione e invia Mileena a sedurre e uccidere il campione, convinto che quest'ultimo la scambi per Kitana.

Un uomo chiamato Tomas si presenta ai tre protagonisti e chiede di unirsi a loro per difendere l'Earthrealm. Improvvisamente però, il ritrovamento di donne assassinate sembra indicare lui come responsabile degli omicidi. In realtà si tratta di un piano orchestrato da Shang Tsung e Vorpax per mettere Kung Lao e Tomas l'uno contro l'altro. Un guerriero di Zaterra interferisce nella lotta e tenta di uccidere Kung Lao. Tomas si frappone fra i due e viene colpito in pieno, ma salva la vita a Kung Lao. Solo adesso il campione si convince dell'innocenza di Tomas.

Un circo mobile attira l'attenzione dei tre protagonisti: essi sospettano che al suo interno si applichino rituali di magia nera. I sospetti sono confermati quando scoprono che Quan Chi è a capo del circo

Sub-Zero e il Lin Kuei ora sono al servizio di Shao Kahn. I rapporti si complicano quando l'imperatore di Outworld ordina loro di collaborare con Scorpion e la sua compagna, Peron. I due assassini dimostrano infatti un pessimo spirito di squadra.

Kung Lao, Siro e Taja entrano in contatto con un'antica tribù di guerriere amazzoni e la loro leader, la regina Kreeya.

Vorpax libera il vecchio maestro di Shang Tsung dalle miniere di cobalto e gli offre di unire le forze per vendicarsi dello stregone. Shang Tsung deve chiedere aiuto alla strega, nonché sua ex-amante Omegis.

La Terra è in pericolo per via dell'imperatrice Kreeya e delle sue guerriere; ella unisce le forze con Reptile e Kiri per avere la meglio su Kung Lao. I guerrieri della Terra devono escogitare un piano in fretta per neutralizzare la minaccia una volta per tutte.

Shang Tsung si trasferisce sulla Terra per ringiovanire rubando le anime ai terrestri. Shao Kahn incarica Quan Chi di eliminarlo, mentre Kung Lao e i suoi amici tentano di salvare gli abitanti della Terra.

Mentre Shao Kahn elabora un piano per vendicarsi di Shang Tsung, Vorpax recluta un esercito per detronizzare Kreeya e diventare la nuova regina.

Taja incontra una sua amica d'infanzia e convince Siro e Kung Lao ad addentrarsi in una città, popolata da fedeli del dio Shaaka. I tre capiranno in seguito di essere stati tratti in inganno e che Shaaka altri non è che Shao Kahn, ritenuto un dio dalla popolazione locale.

Shao Kahn si prepara ad affrontare Raiden. Il dio del tuono oltrepassa il portale e raggiunge l'imperatore in una dimensione situata tra il regno della Terra e Outworld, iniziando con lui un lungo dialogo; nel frattempo, i Sacerdoti oscuri, dei guerrieri fedeli a Shao Kahn, eliminano tutti i nemici dell'imperatore. I personaggi che vengono uccisi sono, nell'ordine, Reptile, Kiri, Mika, Quan Chi, Vorpax, Shang Tsung, Kitana, Siro, Taja e Kung Lao. Shao Kahn rivela a Raiden di aver aperto il portale per distrarre la sua attenzione in modo che i Sacerdoti potessero agire indisturbati. A questo punto i due iniziano il combattimento che, in un primo momento, vede prevalere Raiden. Proprio mentre sta per sferrare il colpo di grazia, il dio del tuono nota di aver perso i suoi poteri e Shao Kahn spiega che questo colpo di scena faceva parte del suo piano: il dialogo con Raiden serviva solo a fargli guadagnare tempo per trasferire se stesso e il dio del tuono in Outworld, dove Raiden non ha poteri. L'imperatore prende il sopravvento e sconfigge Raiden in pochi istanti. Poco dopo, Raiden, ormai inerme prigioniero dell'imperatore, viene condotto al suo cospetto. Shao Kahn lo sbeffeggia mostrandogli gli abiti e le armi dei guerrieri uccisi dai Sacerdoti, come se fossero trofei. L'imperatore costringe Raiden ad un'ultima umiliazione facendolo inginocchiare al suo cospetto e colpendolo al volto. La serie si conclude mostrando la residenza di Kung Lao, Siro e Taja ormai deserta e il medaglione di Kung Lao.