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1961. John Loengard e Kimberly Sayers arrivano a Washington. John viene assunto al Campidoglio come assistente di Charles Pratt, membro del Congresso degli Stati Uniti e Kim entra nello staff di Jackie Kennedy. Durante un'indagine voluta da Pratt per individuare progetti governativi da eliminare, John s'imbatte nel Blue Book, un progetto nato per studiare i fenomeni alieni. Una coppia racconta a Loengard l'avvistamento di un UFO. In seguito John viene aggredito da un gruppo di uomini capeggiati dal capitano Bach, il quale gli intima di stare alla larga dal Blue Book. Bach decide di reclutare John nel Majestic 12 e gli mostra alcune prove inconfutabili dell'esistenza degli extraterrestri, gli Hive, provenienti da un UFO precipitato a Roswell nel 1947.

Kennedy è morto. Loengard rintraccia Marcel a Dallas e lo induce a raccontare che cosa accadde nel 1947 a Roswell. Un alieno scese da un disco volante e venne ricevuto da Truman. Poi il disco fu abbattuto dai militari. Sayers assiste di nascosto ad un incontro fra Jim Steele e Jack Ruby.

Kim è ossessionata dalla visione di un astronauta che le tende la mano chiedendo il suo aiuto. Insieme a John, raggiunge la base spaziale di Cape Kennedy dove incontra l'uomo della sua visione. Sotto regressione ipnotica, Kim rivive la terribile esperienza del rapimento alieno.

Gli Hive intendono uccidere tutti i rinviati, cioè coloro che sono stati rapiti ma che, per incompatibilità biologica, non hanno subito l'impianto di un ganglio e sono stati rimandati sulla Terra, attraverso l'immissione di messaggi subliminali durante la trasmissione televisiva di un concerto dei Beatles.

Sayers e Loengard arrivano a Las Vegas. Qui Kimberly scopre che gli Hive riescono a vincere enormi somme di denaro. Howard Hughes fa prelevare Loengard e Sayers perché lo aiutino a smascherare la macchinazione comunista. Gli Hive stanno costruendo un tunnel che conduce all'area 51.

Loengard e Sayers si recano in una fattoria dove si è verificata la morte di una mucca, trovata sventrata, contestualmente all'apparizione di alcune misteriose luci. Durante l'indagine, John scopre che l'animale morto presentava alcuni misteriosi fori triangolari su di un fianco.

1964. John e Kim, insieme ad un vecchio sciamano indiano e suo nipote, scoprono un'astronave sepolta da migliaia di anni. Bach, giunto sul posto, cerca di recuperarla per analizzarla, ma John, seguendo un'antica leggenda indiana, lo ferma prima che l'esplosione distrugga il pianeta.

Socorro. Un agente di Polizia assiste all'atterraggio di un disco volante con due uomini a bordo. Viene mobilitata la stampa. Kim si reca a Denver per il matrimonio della sorella, John indaga con Marcel per ritrovare i progetti originali di un disco volante che il Governo cercò di riprodurre nella mitica Area 51.

Nel Mississippi, devastato dagli odi razziali, spariscono tre lavoratori per i Diritti Civili. John e Kim si recano sul posto per incontrare l'ex-capo dell'ufficio di Pratt, il quale rivela di aver fatto parte del gruppo dei lavoratori e di aver assistito ad uno strano rito officiato dal Reverendo Poole, in realtà un Hive.

Dewey, un vecchio amico di Loengard e Sayers, si toglie la vita ingerendo dell'insetticida. Durante il funerale, i due scoprono che alcuni misteriosi individui hanno trafugato il cadavere del loro amico. Kim incontra Jim Morrison che le rivela di aver filmato la sottrazione del cadavere.

Loengard torna dalla sua famiglia con Sayers per procurarsi del denaro. I suoi lo accolgono con grande affetto, mentre il fratello maggiore Ray si mostra ostile. Tutti pensano che sia a causa di un episodio del passato, mentre in realtà Ray è stato impiantato ed ora gli è stato ordinato di uccidere il fratello.

Bob Kennedy chiede a Loengard di testimoniare di fronte alla Commissione Warren, che sta indagando sull'assassinio del Presidente Kennedy. John accetta, considerando che questa potrebbe l'occasione per rivelare alla nazione tutta la verità sul Majestic 12 e sul piano degli alieni.

Loengard viene arruolato dal Majestic contro la sua volontà e inviato in Vietnam per recuperare il relitto di un'astronave abbattuta dai sovietici del Comando Aura-Zeta. Bach si reca sul posto con lui. I due ritrovano il relitto e si mettono alla ricerca di eventuali superstiti alieni, attraverso alcune gallerie.

Bach riammette John al Majestic per controllare lui e Kim da vicino. John riesce a decifrare alcuni simboli incisi su un dispositivo alieno avuto da Juliet e propone al Majestic di riprodurre alcuni dei simboli sul grano per attirare in una trappola qualche essere grigio. L'operazione ha parziale successo.

Kim è incinta, ma la sua gravidanza è stranamente insolita. Bach decide di mandarla a Los Angeles per farla visitare. Kim disegna di continui uno strano oggetto che l'essere grigio, ancora in coma, le ha trasmesso. Durante la rivolta di Watts, Kim viene rapita dagli Hive senza che Juliet possa impedirlo.

Gli Hive sanno che il Majestic 12 si finanzia con i fondi stanziati per la guerra, quindi, per intralciare l'organizzazione, decidono di appoggiare i pacifisti di Rubin. John, in California, rintraccia Kim che sta per toccare la sfera luminosa che le trasmetterà la Singolarità. Juliet sventa un piano degli Hive.

Dagli archivi del Majestic 12 sono spariti alcuni metri di pellicola girati a Roswell, contenenti importanti rivelazioni che potrebbero sconvolgere il mondo. Il Majestic vuole recuperare il filmato e sguinzaglia John e Juliet. Hertzog ammette di aver rubato il film e di averlo consegnato ad una giornalista di New York.

Loengard, Juliet, Halligan e il Maggiore Powell vengono inviati in Russia, presso Aura-Zeta, per verificare la situazione dopo un preoccupante messaggio radio. Tutto il personale è stato trucidato. Uno dei superstiti racconta di un esperimento che è terminato in tragedia.

John decide di fare da cavia per il Progetto Intrusione che lo condurrà dentro una nave Hive per ritrovare suo figlio. Bach viene destituito dal suo incarico, mentre uno dei suoi più stretti collaboratori si rivela essere uno degli alieni Hive.