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Nei dieci anni da quando il capitano Nathan Bridger e l'equipaggio della SEAQUEST misteriosamente scomparso dalla faccia della Terra, il capitano Oliver Hudson conduce una ricerca del sottomarino perso come un fascista australiano confederazione cresce la sua sfera di influenza sopra e sotto il mare. Quando SEAQUEST riappare sulla Terra, potrebbe essere solo il miracolo della UEO ha bisogno di fermare l'Alleanza di intenti di Macronesia del dominio del mondo.

Mentre l'equipaggio irrita contro l'atteggiamento duro-come-chiodi del capitano Hudson, Larry Deon di trame Deon internazionali per inviare un iceberg delle dimensioni di New England verso l'Arabia Saudita , che, una volta sciolto, sarebbe inondare il deserto saudita, aumentando la domanda di le sue tecnologie di depurazione delle acque. Per evitare di distruggere Hudson iceberg, Deon piante rifugiati Macronesian sulla sua superficie, guidato da un ex membro di SEAQUEST ' equipaggio s: tenente Benjamin Krieg.

Quando autotrasportatori UEO cominciano a sparire misteriosamente, la SEAQUEST viene ordinato di stare di guardia e difendere le navi. Tuttavia, questa missione si riunisce Hudson con il suo amore perduto. Nel frattempo, quando Dagwood incontra un gruppo di Pugnali up-mondo, egli considera che lasciano SEAQUEST , e Lucas deve conoscere le responsabilità di essere un ufficiale.

Quando un nuovo treno sottomarino rivoluzionaria dirige fuori il suo viaggio inaugurale, Lucas viene ordinato dal capitano Hudson di andare avanti e osservare, mentre il comandante Ford e Henderson anche fare un giro su una data segreta. Tuttavia, quando Deon internazionale traccia per mantenere l'attività viaggi aerei al numero uno, sabotano il treno e uccidono l'ingegnere, lasciando Lucas per fermare la locomotiva prima che si schianti.

Quando i missili lanciati contro UEO sono avamposto Macronesian, il capitano Hudson è ordinato per alleviare il suo ex comandante, l'ammiraglio Vanalden, che ha preso il controllo di una base militare segreta e prevede di far precipitare la razza umana in uno stato di guerra nucleare .

Alla vigilia della firma della nuova Carta UEO, il presidente Alexander Bourne e Larry Deon cospirano per ottenere il controllo del tenente Fredericks' psiche-impianto, al fine di programmare la sua di assassinare il segretario generale McGath e paralizzare l'UEO irreparabile.

Dopo aver salvato un gruppo di bambini da un attacco Macronesian, Henderson viene catturato e condannato a morte dal presidente Alexander Bourne. Non volendo accettare questo, il capitano Hudson organizza una missione di salvataggio, uno che mette la vita del tenente Brody in estrema pericolo.

Dopo aver scoperto un'epidemia virale causata da una missione di salvataggio montato dal originale SEAQUEST più di dieci anni prima, Lucas si sviluppa un metodo per contrastare l'agente. Tuttavia, quando il capitano Bridger arriva sulla scena e si propone di lasciare che il patogeno rompere naturalmente verso il basso, SEAQUEST trova presto in sé bloccati in un combattimento mortale con il suo ex capitano.

Il capitano Bridger, Lucas, comandante Ford, e Dagwood infiltrarsi in una ex base UEO, ora nelle mani di Macronesia, per individuare una serie di cristalli di dati top-secret contenenti informazioni sui crimini contro l'umanità-crimini che Bridger e Ford erano accessori da.

Uno squilibrio freak in una delle SEAQUEST ' noccioli dei reattori s crea uno spostamento sfera di tempo intorno alla barca che i razzi la nave in tempo per ottobre 1962, dove scoprono che tutta l'umanità è stata distrutta a causa della crisi missilistica cubana . Senza scelta, l'equipaggio deve viaggiare indietro nel tempo per cercare di impedire l'olocausto.

Dopo aver salvato un gruppo di bambini da un attacco Macronesian, Henderson viene catturato e condannato a morte dal presidente Alexander Bourne. Non volendo accettare questo, il capitano Hudson organizza una missione di salvataggio, uno che mette la vita del tenente Brody in estrema pericolo.

In una missione diplomatica, Henderson scopre che il suo ex amore è ormai prigioniero e costretto a lavorare come schiavi. Scopre anche che Mason Freeman, sicario di Larry Deon, è anche un prigioniero. Quando i due di loro istigare una pausa prigione e rubare un sottomarino, catturano un UEO scienza avamposto e tengono in ostaggio il team scientifico.

Come SEAQUEST pattuglie una zona di libero scambio tra l'UEO e Macronesia, romanticismo on-line del tenente O'Neill si rivela essere un disertore da una potenza asiatica inafferrabile noto come il Chaodai; un potere che attacca sia l'UEO e Macronesia con la sua imponente capacità sub-combattente. In questa avventura finale, un membro del SEAQUEST ' equipaggio s non vivere per vedere un altro giorno.