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Sulle tracce di Adam, Magnus torna nella Londra di Jack lo squartatore nel tentativo di evitare che la linea del tempo venga compromessa. Nelle sue indagini, viene aiutata da Watson che resta ovviamente affascinato dalla tecnologia che Magnus porta con sé.

Mentre gli Anormali continuano a invadere la superficie, Will, Kate e Big Guy cercano di prevenire una guerra totale con la Lotus Security Force, cercando nel frattempo di scoprire che fine ha fatto Magnus.

La Squadra del Rifugio è sottoposta all’attacco di un ispettore dell’ONU che minaccia di tagliar loro i fondi e di far cessare la loro attività, tentando di trascinare Magnus in un processo in cui Will sarebbe un testimone dell’accusa.

Per incontrare un suo nuovo misterioso consulente finanziario, Magnus vola fino a una lontana isola africana, e si trova presa in ostaggio e coinvolta in una pericolosa situazione. Nel frattempo, al Rifugio, Will e Henry si trovano alle prese con uno Steno fuggito e con imprevisti compagni di avventura…

Magnus ed Henry riescono ad infiltrarsi in un laboratorio segreto dove l’U-S-A-I conduce esperimenti sugli anormali. Scoprono che una loro vecchia conoscenza, Nikola Tesla, è a capo della sperimentazione.

Will fa un viaggio in Monrovia per incontrare Yusuf, il capo del Rifugio locale, e consegnargli un finanziamento in contanti. Viene aggredito e derubato, e a causa dei colpi subisce un distaccamento della retina. Durante la temporanea cecità rivive dei flashback sul rapporto col padre.

Henry, Declan ed una squadra di ricerca arrivano su un rimorchiatore bloccato dal ghiaccio presso il circolo polare che si presume abbia a bordo un gruppo di anormali catturati da contrabbandieri. A bordo sono tutti morti e le prime indagini portano a pensare che tra gli anormali ci siano degli esemplari di Migoi, una razza di anormali in grado di influenzare la mente di chiunque entri in contatto con loro.

Betty viene contagiata da un organismo misterioso che ne modifica l’aspetto, conferendole inoltre una forza smisurata. L’unico modo per riuscire a comunicare con lei è attraverso il canto e l’intera squadra del Rifugio è impegnata per trovare una cura. Un’intuizione di Magnus sembrerebbe poter avere successo, ma la sua pericolosità scatena la reazione di Will.

Proprio quando Magnus crede che Adam Worth sia sparito per sempre, viene intrappolata con Tesla in un Rifugio virtuale, in cui sono attaccati da un avatar di Worth, assolutamente determinato a entrare nel “mondo reale”.

Kate, di ritorno dalla Terra Cava, dà a Magnus, Henry e Will la notizia che i ribelli stanno per colpire un bersaglio della Superficie. E, tra di loro, potrebbe esserci un membro della Squadra del Rifugio.

Magnus e Will sono sulle tracce di una squadra della SCIU che è alla ricerca di un mitologico serpente piumato nascosto in una caverna delle Ande. Il serpente si rivela per essere invece una realtà, così come anche le proprietà miracolose del’acqua di una sorgente sotterranea.

Magnus viene incaricata di arbitrare un trattato di pace tra Caleb, un leader degli abitanti della Terra Cava e i Governi del pianeta esterno, un accordo che permetta agli Anormali di vivere in superficie. Addison si prepara a lanciare un attacco contro le forze degli Anormabli, portando Will in forze al Governo Federale e dividendo sempre di più il team di Sanctuary.

Sarà solo grazie al tempestivo intervento dei protagonisti che si riuscirà a fermare la rivolta. I problemi con gli anormali della Terra Cava però continuano...