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Pilot Nagate Tanikaze is now renowned for his actions in the recent battle, but Nagate is more concerned with the disappearance of the ena Hoshijiro.

Nagate e la squadra affrontano in uno scontro micidiale Gauna 549, coadiuvato dall'ibrido Tsumugi Shiraui.

Dopo aver sconfitto gli avversari, Kobayashi dirige la Sidonia sul Pianeta Nove nel vicino Sistema Lem: il conflitto ormai è inevitabile.

La nuova minaccia nemica Gauna 550 espelle un'infinità di nuclei più piccoli sulla traiettoria della Sidonia.

Benché fondamentale per la vittoria, Tsumugi subisce gravi danni per difendere la Sidonia, mentre Izana, gravemente ferita, prende una decisione coraggiosa.

Sfrattato e senza più un tetto, Nagate chiede ospitalità per una notte a Izana. Intanto, Tsumugi ha un crollo emotivo per una brutta esperienza.

Il test della nuova arma è un successo, ma l'equipaggio della Sidonia non riesce più a fermarla. Yuhata invia i piloti dei Guardiani per cercare di risolvere il problema.

Insieme a Tsumugi, i piloti riparano i danni causati dall'emettitore del raggio gravitazionale. L'ibrido è turbato per aver causato un incidente benché di lieve entità.

Izana scopre che l'appuntamento con Nagate era una trappola e si precipita a casa. Poco dopo, entra a far parte della squadra incaricata di individuare il Pianeta Nove.

La squadra di ricognizione è attaccata dai Gauna ma Izana e il suo capo riescono a fuggire nell'atmosfera del Pianeta Nove.

Izana e il capo della squadra di ricognizione sono inseguiti da un enorme umanoide gauna. Nel frattempo, Tsumugi affronta Crimson Hawk Moth.

Nagate soccorre Tsumugi, ma viene sopraffatto da Crimson Hawk Moth, mentre lo scenario si complica per i sopravvissuti con l'arrivo di una moltitudine di Gauna.