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Una ragazza di nome Towa Higurashi è stata catturata da due uomini. Dopo averle fatto delle domande, il più anziano dei due le racconta di un fatto avvenuto dieci anni prima, riguardo un mezzo demone di nome Inuyasha e una sacerdotessa di nome Kagome.

Le gemelle mezzo demoni Towa e Setsuna vengono separate quando un misterioso tunnel invia Towa nel futuro, dove viene trovata e cresciuta dal fratello di Kagome Higurashi, Sota.

Nel presente, un demone esce fuori dall'albero sacro, insieme a Setsuna e Moroha. Il suo obiettivo è la Perla dell'arcobaleno di Towa, così le tre devono unire le forze.

Towa decide di tornare nell'epoca sengoku per aiutare Setsuna a recuperare i suoi ricordi. Le tre entrano nel portale, ma si ritrovano davanti lo spirito di una sacerdotessa.

Dopo essere tornata nell'epoca sengoku, Moroha raggiunge il commerciante di cadaveri per ottenere una ricompensa. Intanto Towa e Setsuna accettano di uccidere Jakotsumaru, un demone che ruba le ossa delle persone.

Towa, Setsuna e Moroha partono per le montagne del nord, per scoprire come mai i viaggiatori continuano a sparire, ma trovano solo un villaggio infestato da demoni gatto.

Mentre cerca la farfalla dei sogni, Towa incontra uno strano giovane di nome Riku. Towa gli offre una mela e lui per ringraziarla, le regala l'originale spada Kikujumonji.

Il demone gufo Yotsume dopo essere scappato, raggiunge la base di Kyuki, che decide di prestargli una Perla dell'Arcobaleno per aiutarlo a combattere contro Towa, Setsuna e Moroha usando il suo potere della porta dei sogni.

Moroha accetta l'incarico di uccidere Konton, una delle quattro bestie. Inizialmente Setsuna e Towa decidono di non seguirla, ma cambiano idea quando Jyubei suggerisce loro di usare i soldi della taglia come ricompensa per ottenere informazioni sulla farfalla dei sogni.

Towa, Setsuna e Moroha ricevono la richiesta di uccidere Kinka e Ginka, due fratelli demoni che condividono lo stesso corpo e che continuano a combattersi fino alla morte di uno dei due, causando distruzione ovunque.

Qualcosa di malvagio si nasconde nel Lago Mangiauomini, che divora qualsiasi essere umano o animale che si avvicini. Sulla strada per uccidere la creatura, Towa e Setsuna incontrano Hikomaru e Chiyo, due fratelli i cui genitori sono stati divorati dal lago.

Konton ordina a Nikosen, un umano che ha consumato la sua anima trasformandosi in un demone, di rubare le Perle dell'Arcobaleno di Towa, Setsuna e Moroha.

Totetsu, l'ultima delle quattro bestie, sta divorando monaci e sacerdoti, così Kohaku manda Hisui, Towa e Setsuna a proteggere Miroku, che sta facendo un allenamento di mille giorni per ottenere il potere divino.

Towa, Setsuna e Moroha ricevono l'incarico di uccidere Homura, un demone di montagna ossessionato da una ragazza di nome Tamano. Homura rimane però sorpreso quando vede le due gemelle, si scopre infatti che era coinvolto nell'incendio che le ha separate.

Riku racconta una storia iniziata 18 anni prima, in cui viene raccontata la nascita di Towa e Setsuna, insieme al destino di Inuyasha, Kagome e Sesshomaru.

Moroha anni fa aveva una maestra di nome Yawaragi, che aveva un segreto che metteva in pericolo la sua vita. Per risolvere la sua situazione e per proteggere la sua allieva, fece un accordo con Jyubei.

Konton studia un piano per distruggere le Principesse Mezzo-Demoni. Riku si offre di aiutarlo, facendo sapere alle ragazze che Totetsu è riapparso.

Towa e Setsuna continuano il loro scontro con Konton, che spiega loro alcune cose che non sapevano su Kirinmaru.

La principessa Aiya, figlia dello Shogun, propone a Hisui di organizzare una battaglia tra i cacciatori di demoni e i cacciatori di taglie, promettendogli che in caso di vittoria potranno lavorare per suo padre. Setsuna accetta di partecipare, ma dice di non dire nulla a Towa.

Setsuna porta Towa in un luogo sconosciuto, e inizia a raccontarle quello che le è successo dopo l'incendio che le ha separate, quando ha incontrato una ragazza mezzodemone di nome Shiori, che l'ha portata in un villaggio con altri bambini.

Durante la notte di novilunio, Towa scopre di più su sua madre, Rin. Dopo aver visto la Farfalla dei Sogni, Towa incontra Riku, ma anche Totetsu è diretto verso la sua posizione.

Zero rimuove il sigillo che Miroku aveva usato su Setsuna per controllare il suo potere demoniaco. Towa e Moroha cercano con difficoltà di fermare la Setsuna trasformata.

Setsuna e Towa chiedono l'aiuto di Moroha per dare la caccia a Zero. Le tre riescono a trovarla, ma Riku è lì per proteggerla.

Zero taglia i legami con suo fratello e se ne va. Towa, Setsuna e Moroha devono affrontare Kirinmaru, ma di fronte al suo potere travolgente, devono pagare un caro prezzo.

Dopo la morte di Setsuna, Sesshomaru affida Tenseiga a Towa, che deve riuscire ad infondere il potere demoniaco nella lama per poterla riportare in vita.

Mentre Setsuna e Moroha cercano informazioni su Bokusen'ou, Towa viene a sapere di un demone che attacca le ragazze che hanno i capelli lunghi.

Mentre Towa, Setsuna e Moroha cercano Bokusen'ou, Jaken ripensa a quello che è successo a Rin quattordici anni prima.

Towa, Setsuna e Moroha si recano al monte Musubi, ma una volta superata la barriera vengono separate. Moroha incontra una ragazza di nome Rion, la figlia di Kirinmaru.

Rion viaggiava per il mondo con suo padre Kirinmaru, ma un giorno la sua anima è stata sigillata nel Monte Musubi. Stanca di essere bloccata lì, chiede a Setsuna di tagliare il filo del destino che la lega a suo padre.

Setsuna viene rapita dalla Principessa Aiya, figlia dello shogun. Volendo evitare di studiare, chiede a Setsuna di prendere il suo posto per un giorno, ma l'insegnante si rivela essere nientemeno che Hisui, che ha sostituito la sorella Kin'u.

Takechiyo assume Moroha come guardia del corpo per accompagnarlo nella sua terra natia, in cui è Signore del Clan Mamidaira.

Zero tende una trappola nel giardino di Nanahoshi, un demone che si nutre di tristezza. Kirinmaru fa visita a Towa, Riku e Rion. Kohaku, Hisui e Setsuna assistono il capo dei cacciatori di demoni del nord.

Kohaku e i cacciatori di demoni lottano per spegnere gli incendi causati dai tori delle fiamme. Mayonaka, che era una divinità locale, chiede alla gente del villaggio di Gokoku di consegnare l'oggetto divino della città.

Moroha viene a sapere della battaglia dei suoi genitori contro Mamiana Shogen, del sigillo del Tanuki della Luna Piena e dell'esilio di Takechiyo dal suo clan. Setsuna e Towa vengono prese di mira.

Mentre Towa cade nella trappola di Zero, Moroha cerca di entrare nel villaggio dei tanuki per riprendersi l'arco e le frecce.

Zero porta alla luce la tristezza di Towa per la sua infanzia nel mondo moderno e la mette all'angolo con i suoi ricordi di solitudine e sofferenza. Sesshomaru raggiunge i cacciatori di demoni e dice a Setsuna di andare all'Albero del Tempo.

Towa è consumata dalla rabbia e dalla solitudine. Setsuna cerca di impedirle di uccidere Zero perché la maledizione sulla loro madre non può essere rimossa a meno che Zero non lasci andare i suoi rimpianti. Sesshomaru dà a Moroha la Perla Nera.

Towa e Setsuna lasciano Riku e Rion per incontrare la loro madre. Moroha si scontra con Kirinmaru per riavere la perla nera.

All'interno della Perla Nera, Moroha si riunisce finalmente con i suoi genitori, Inuyasha e Kagome. Inuyasha inizia a vedere una via d'uscita dalla Perla Nera. Nel frattempo, l'attacco di Kirinmaru lascia Sesshomaru gravemente ferito.

Volendo dimostrare la sua forza, Kirinmaru affronta Sesshomaru. Towa evoca Tenseiga. Shippo aspetta Inuyasha e gli altri al cancello di Gozu e Mezu.

Nel presente, Kirin vede avvicinarsi la Stella dello Spirito Demoniaco. Nel frattempo, la vita di Towa è in pericolo dopo che ha usato la Zanseiken.

Per distruggere la Stella dello Spirito Demoniaco, Towa, Moroha e Setsuna devono viaggiare fino ai giorni nostri usando La Girandola del Tempo, ma Meidomaru si frappone sulla loro strada. Kirinmaru prende Rion e cerca di viaggiare nel tempo con la forza.

Osamu Kirin ha sterminato silenziosamente i demoni che sono apparsi nel presente. Tuttavia, i demoni continuano ad aumentare e non può più farcela da solo.

Inuyasha e gli altri si liberano dei demoni che fuoriescono dal portale che collega i due mondi. Le tre ragazze e Osamu Kirin cercano di impedire alla Stella dello Spirito Demoniaco di cadere sulla Terra.

Osamu Kirin porta la Stella dello Spirito Demoniaco nell'era sengoku. Convince Rion che entrambi sperano nello stesso mondo e promette di trasformarlo in realtà. Nel frattempo, Towa, Setsuna e Moroha sono bloccate nel presente.

Towa, Setsuna e Moroha devono salvare Rion, che ha legato il suo destino alla Farfalla, ma Kirin Osamu si mette sulla loro strada. Kirin dichiara che lui e Rion dovrebbero regnare sul mondo per portare la vera pace.

Setsuna dirige Towa e Moroha mentre continuano a recidere i fili del destino di Rion. Ogni volta che un filo viene interrotto, vengono rivelati i veri sentimenti di Rion. Mentre Kirinmaru affronta Sesshomaru, si rende conto del vero motivo per cui ha perso Rion.

L'epoca sengoku è stata salvata dall'era della degenerazione. Inuyasha aiuta Moroha a ripagare il suo debito. Towa e Setsuna ricevono dei kimono dalla madre, Rin.