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Un agente del servizio segreto inglese decide di dimettersi dal suo incarico, tornato a casa viene rapito e portato con la forza in luogo sconosciuto. L'atmosfera del posto, chiamato genericamente 'Il Villaggio', ricorda sotto molti aspetti una dittatura assoluta. Con stupore, l'uomo scopre di avere una nuova identità (gli abitanti si riferiscono a lui come Numero 6), mentre il Villaggio fa capo al Numero 2; quest'ultimo, a sua volta, risponde ad un fantomatico Numero 1 che ha potere di sostituire i propri subalterni qualora si dimostrino incompetenti. Ogni tentativo di fuga appare impossibile.

Una nuova arrivata, Nadia, cattura la simpatia del Numero 6. Ella dichiara di conoscere la locazione del Villaggio e di avere un piano di fuga. Con uno stratagemma, i due costruiscono una semplice imbarcazione e, via mare, riescono a giungere con una nave Londra. Qui, il Numero 6 viene interrogato da funzionari governativi, ma poco prima di rivelare il motivo per cui ha dato le dimissioni, egli scopre che tutto è una messinscena. In realtà, non si è mai allontanato dal Villaggio e Nadia si rivela essere al servizio del Numero 2.

Un nuovo tipo di droga viene utilizzato sul Numero 6, allo scopo di generare nel suo cervello un sogno controllato artificialmente. L'obiettivo consiste nel ricavare le informazioni che egli si rifiuta di rivelare. Per non creare sospetti, il nuovo Numero 2 introduce apparizioni oniriche di tre personaggi che il Numero 6 conosceva in passato (chiamati 'A', 'B' e 'C'). Mentre il personaggio 'A' non pare sortire gli effetti sperati, nel secondo sogno 'B', abilmente manipolata dalla scienziata che ha prodotto l'allucinogeno, implora il Numero 6 di svelare le informazioni, ma l'inconscio di quest'ultimo comincia a percepire inquietanti segnali di irrealtà.

Nel Villaggio si tengono regolari elezioni per il posto di Numero 2. Curiosamente è lo stesso Numero 6 ad essere fra i candidati, supportato da una campagna pubblicitaria a dir poco grottesca. Una ragazza di origine russa (che non parla inglese) si incarica di aiutarlo nella scalata al potere. Per il Numero 6 si presenta l'occasione di restituire la libertà a tutti gli altri Numeri e - forse - di smascherare il Numero 1. Inaspettatamente, è il Numero 6 a vincere: dopo aver occupato l'ufficio del Numero 2, egli non esita a gridare a tutti che la libertà arrivata e che ognuno può andarsene. Lo sforzo si rivela inutile, visto che la sua accompagnatrice si rivela essere il nuovo - e unico - Numero 2.

Allo scopo di spezzare la resistenza del Numero 6, il nuovo Numero 2 introduce nel Villaggio un sosia perfettamente identico al Nostro. Durante un periodo di incoscienza, il Numero 6 è condizionato ad alterare la propria identità: a questo punto, egli diviene il Numero 12, mentre il sosia acquista lo status di Numero 6. Grazie ad un confuso ricordo legato ad un particolare, il vero Numero 6 riprende il controllo di sè e durante uno scontro con il sosia, quest'ultimo viene ucciso da una delle sonde robot per errore. Il Numero 6 non può fare altro che impersonare, a sua volta, il vero Numero 12 per tentare la fuga dal Villaggio. Un banale particolare manderà all'aria i suoi piani.

Un nuovo sistema di apprendimento istantaneo sta facendo nuovi proseliti nel Villaggio. Merito del Professore, uno scienziato di indubbia abilità e del fantomatico Generale. Lo stesso Numero 6, dopo una lezione di soli tre minuti, diventa un esperto di storia del secolo diciannovesimo. Ma c'è un inganno: il Generale non è altro che un computer ed il programma di apprendimento risulta essere un nuovo tipo di propaganda subliminale assai pericolosa. Con uno stratagemma, il Numero 6 riesce ad introdursi nell'abitazione del Numero 2, dove, dopo essere stato scoperto, pone al Generale la domanda che non ha risposta ovvero 'perchè?'. Trovando il quesito irrisolvibile, il calcolatore esplode, uccidendo con sè il Professore ed il suo assistente.

Ancora un risveglio brusco per il Numero 6: questa volta, egli scopre di essere l'unico abitante del Villaggio. Superate le prime esitazioni, costruisce una semplice zattera e, dopo alcune traversie, riesce a raggiungere la costa inglese. Finalmente a Londra, il primo passo consiste nel avvisare i suoi ex-superiori della presenza del Villaggio; purtroppo, chi lo ascolta fa fatica a credere che quello che dice corrisponda alla realtà. Nel frattempo, il Numero 6 ha l'amara sorpresa di trovare il vecchio alloggio londinese occupato da una donna che, ad ogni modo, gli dà piena fiducia e promette che lo aiuterà.

Il Numero 6 ritrova il cadavere di un uomo annegato. Dopo essersi impadronito di una minuscola radio appartenente allo sventurato e avere infilato negli abiti un messaggio di soccorso, restituisce il corpo alle onde del mare. è tuttavia osservato da un altro Numero, che gli confessa di essere stato messo alle strette dagli sgherri del nuovo Numero 2, ai quali ha già confessato tutto, senza però che questi gli credano. Gli è stato concesso un breve periodo di quiete, al termine del quale verrà riportato nell'Ospedale. Ancora turbato da questo colloquio, il Numero 6 viene raggiunto dal Numero 2, che lo invita alla festa di Carnevale. Allo stesso tempo, il Numero 6 è sorpreso con la radio appena trovata, fatto di per sè grave per la legge del Villaggio. Durante la festa, tenuta nella dimora del Numero 2, il Nostro ha occasione di scoprire che il cadavere è stato ritrovato; la speranza di comunicare con il mondo esterno appare perduta. Ancora più grave, durante un processo inscenato da alcune figure in maschera e lo stesso Numero 2, il Numero 6 viene riconosciuto colpevole e condannato a morte. Verrà salvato dallo stesso Numero 2, che gli rivelerà che il biglietto lasciato accanto al cadavere è stato manomesso, per far accettare al resto del mondo la morte del Numero 6.

Durante una partita vivente di scacchi, il Numero 6 mette a punto una nuova, personale teoria, secondo cui sia possibile riconoscere potenziali alleati a seconda del loro comportamento durante il gioco. Il piano consiste nell'attuare un'evasione del Villaggio, evitando la presenza di uno dei Numeri (che impersona il ruolo della Regina) che è indotto a pedinarlo. Purtoppo, la teoria del Numero 6 gli si ritorcerà contro, visto che le persone da lui scelte come fidate lo reputeranno un collaboratore del Numero 2.

Una giovane donna è spinta al suicidio dal nuovo Numero 2, che si rivela essere un sadico. Il Numero 6, che ha assistito impotente alla scena, non può fare a meno di vendicarla. Manovrando abilmente le nevrosi dell'uomo e creando una sorta di complotto (inesistente) alla sua spalle, il Numero 6 risce a creare un clima di paranoia e di sospetto che non può che condurre dapprima al crollo nervoso del Numero 2 e alla sua immediata sostituzione.

Il Numero 6 viene avvertito di un complotto destinato ad uccidere il Numero 2. Preoccupato per possibili ritorsioni sugli abitanti del Villaggio, il Nostro non esita ad informare il Numero 2 di quanto accadrà. In seguito, il Numero 6 scopre che colui che ha avvertito è in realtà un aspirante al potere, mentre il vero Numero 2, ignaro di tutto, sta per essere ucciso.

Il Numero 6 viene considerato asociale dagli abitanti del Villaggio. Mentre un primo, iniziale periodo di isolamento pare non sortire alcun cambiamento, il Numero 2 decide di effettuare una lobotomia sul Nostro. Si tratta, naturalmente, di una finzione ed il Numero 6 scopre l'inganno osservando il comportamento del medico cha ha l'incarico di osservarlo. A questo punto, il Numero 6 riesce a dimostrare che il vero 'asociale' è lo stesso Numero 2. La folla gli si rivolta contro.

Una nuova tecnica di 'downloading' del cervello umano è stata messa a punto dal Professor Seltzman. Egli è in grado di scambiare l'intera personalità di un uomo in un altro, ma saggiamente, ha deciso di rendersi irreperibile. Il nuovo Numero 2, accanito segugio, non indugia a sottoporre il Numero 6 al nuovo trattamento, impiantando la sua personalità nel corpo del Colonnello, un collaboratore. Il Numero 6, nel suo nuovo corpo, viene riportato a Londra ed abbandonato a se stesso. è ovvio che, per ripredenre possesso delle sue sembianze, dovrà contattare a tutti i costi il Professor Seltzman. Dopo un inseguimento che si protrae fino in Austria, il Numero 6 riuscirà ad effettuare lo scambio e, allo stesso tempo, a salvare la vita al Professore.

Fin dalla prima scena, il Numero 6 appare vestito da cowboy. Ha appena rassegnato le dimissioni dal posto di sceriffo di un paese della Nuova Frontiera e si prepara ad andarsene. Verrà trattenuto dal Giudice, un boss privo di scrupoli e dal suo aiutante (Kid), un ragazzo muto e disturbato, ma abilissimo nel manovrare la colt. Coinvolto in una storia sentimentale con una delle entraineuse del saloon del paese, il cowboy dovrà affrontare ancora una volta un duello mortale, quando Kid uccide la ragazza. Lo scontro si risolve in un bagno di sangue, in cui alla fine, lo stesso cowboy viene colpito. è la fine di un'illusione creata artificialmente, in cui il Numero 6 impersonava il cowboy, il Numero 2 il Giudice e altri due collaboratori Kid e la ragazza. Il Numero 6 riprende subito possesso di se stesso, ma così non è per gli altri due, che non distinguono più realtà da illusione. Kid uccide la ragazza per morire subito dopo.

Nuovamente, il Numero 6 è coinvolto in un'avventura, più che incredibile, totalmente surreale. Tornato di nuovo a Londra, egli deve sventare il diabolico piano dello scienziato matto Schnipps e dalla sadica figlia Sonia (ama farsi chiamare Death). Solo alla fine, si apprende che tutta la storia è poco più di una fiaba raccontata dal Numero 6 ai bambini del Villaggio. Anche questa volta, egli è riuscito a a non tradirsi, con disappunto del nuovo Numero 2.

Uno dei precedenti Numeri 2 è convinto di poter forzare la resistenza psicologica del Numero 6 con un nuovo trattamento psicologico, che consiste nel riportare gradualmente l'individuo al periodo dell'infanzia. In un duello non solo verbale, i due (assistiti dal Maggiordomo) si sfidano per una settimana in un gioco che ha un solo vincitore. Il Numero 2 ha un attacco cardiaco e muore, lasciando al Numero 6 il privilegio di incontrare, per la prima volta, il Numero 1.

Scortato dal Maggiordomo e dal Supervisore, il Numero 6 viene condotto in una caverna, dove, curiosamente, riappaiono Kid e il precedente Numero 2, resuscitati. A questo punto, ha inizio un confuso processo in presenza di un tribunale, in cui il Numero 6, questa volta chiamato 'Signore' viene concesso il diritto di andarsene o di diventare leader del Villaggio. In un crescendo di isteria, il Numero 6, Kid e il Maggiordomo riescono a prendere possesso della sala di controllo di un razzo . Qui il Numero 6 è a tu per tu con il Numero 1, sotto la cui maschera da scimmia si nascond...Lo stesso Numero 6!. In un'orgia di distruzione, il Villaggio viene annientato, mentre i tre si dirigono verso Londra. Ognuno va per la sua strada ed il Numero 6, a bordo della sua Lotus 7, ritorna nella direzione da cui era venuto. Questa volta, come uomo libero.