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Haruhi, grazie all'assegnazione di una borsa di studio, giunge alla prestigiosa scuola privata Ouran Academy riservata alle élite. Si imbatte immediatamente nell'Host Club, che ha la sua sede in quella che una volta era la 3° sala di musica, mentre sta andando alla ricerca di un posto tranquillo dove poter studiare.

L'Host Club scopre che una delle sue clienti abituali, Kanako, sta attualmente avendo difficoltà con Tohru, un ragazzo di cui è innamorata ma a cui non ha il coraggio di dichiararsi: il gruppo mette allora in atto un piano per aiutarla, tramite una festa danzante.

Alla Ouran è il periodo della visita medica per tutti gli studenti; l'Host Club deve così cercar di trovare il modo di mantenere a tutti i costi il segreto riguardante l'autentica identità di Haruhi.

I membri dell'Host Club si trovano di fronte la giovane Renge, un'otaku proveniente dalla Francia che sostiene esser la fidanzata di Kyoya, in quanto questi somiglia al protagonista del suo videogioco preferito

I due gemelli chiedono di poter andar a far visita a casa di Haruhi, ma questa rifiuta; i commenti della ragazza sembrano innescare una lotta tra i fratelli i quali da inseparabili che erano iniziano tutto ad un tratto a litigare ferocemente ed infine evitarsi.

Un bambino delle elementari di nome Shiro cerca l'aiuto dell'Host Club: vuole che gli insegnino il più velocemente possibile come far per conquistare il cuore delle donne.

I membri dell'Host Club trascinano Haruhi in un parco acquatico tropicale artificiale, ma un'improvvisa ondata proveniente dall'enorme piscina separa 'Honey' dal resto del gruppo.

I membri dell'Host Club, in compagnia di alcune delle clienti più assidue, sono in vacanza in una spiaggia privata nei pressi di Okinawa. Hikaru e Kaoru sfidano gli altri a scoprire quale sia la segreta fobia di Haruhi, che apparentemente sembra non aver paura di nulla.

Benio, la leader del club del giglio presso l'accademia femminile Lobelia, si presenta cercando di convincere Haruhi a trasferirsi da loro; ha difatti immediatamente riconosciuto in lei una ragazza e prova ad attrarla con l'intento di inserirla nel loro club.

Volendo far esperienza sulla vita dei comuni cittadini, i ragazzi dell'Host si presentano senza preavviso a casa di Haruhi con l'intento di conoscere finalmente la sua famiglia e vedere come lei vive al di fuori della scuola.

Una bambina di nome Kirimi sta cercando suo fratello, studente all'accademia; la piccola si imbatte nell'Host Club e racconta ai ragazzi la sua storia, credendo che sia il bel biondo Tamaki il fratello maggiore che sta cercando.

A Mitsukuni, a forza di mangiar dolciumi, è venuta una carie ai denti, pertanto vengono provvisoriamente banditi dall'Host Club ogni tipo di torte e pasticcini.

Haruhi si ritrova a vagare in una strana versione dell'Ouran Academy che può essere descritta solo come un paese delle meraviglie in cui Tamaki è il Cappellaio Matto.

Il giornale scolastico sta per chiudere in quanto più nessuno sembra essere interessato a leggere i suoi fasulli pettegolezzi; ma il presidente del club di giornalismo, Akira, chiede ai membri dell'Host Club di farsi intervistare al fine di evitare che il club venga sciolto.

Durante il periodo delle vacanze estive Haruhi ottiene di poter lavorare come inserviente e cameriera in una pensione a gestione familiare di Karuizawa.

Il ragazzo conosciuto da Haruhi si chiama Arai e fa le consegne per il negozio di alimentari del paese; Hikaru, saputo che lui aveva avuto una grande cotta per Haruhi, diventa tremendamente geloso e fa una scenata.

Kyoya viene trascinato dagli altri , ancora mezzo addormentato, al centro commerciale; qui però si dimenticano presto di lui e lo lasciano seduto in una panchina. Poco dopo essersi risvegliato incontra Haruhi.

Mitsukuni ha un fratello minore di nome Yasuchika; i due sono in forte competizione e non perdono occasione, ogni volta che si incontrano, di sfidarsi. I duelli si susseguono oramai da molto tempo, ma 'Honey' risulta alla fine esser sempre il vincitore.

Andando a trovare Haruhi a casa sua, i membri dell'Host Club vengono a sapere che lo Zuka Club è infine riuscito a "rapire" Haruhi e portarla all'accademia femminile Lobelia.

Viene spiegato come Hikaru e Kaoru sono stati infine convinti da Tamaki a far parte dell'Host Club: quand'erano ancora bambini avevano una cameriera che li ha portati a credere che nessuno sarebbe mai stato capace di distinguerli. Quando Tamaki propose loro di unirsi a lui per contribuire a formare l'Host Club, loro accettarono, a patto che fosse stato capace di riconoscerli.

La classe di Haruhi decide di festeggiare Halloween con un apposito torneo notturno per testare il coraggio degli studenti; ci si divide in gruppi ed ognuno deve cercar di far del proprio meglio per terrorizzare gli altri.

Il figlio di un famoso capo della yakuza, Ritsu, chiede a "Mori" di prenderlo come apprendista per insegnargli a fare come lui che, pur avendo una personalità antisociale riesce lo stesso ad attrarre una schiera di amici e fan.

Ritsu sembra proprio essersi innamorato di Haruhi ed inizia a frequentare l'Host Club come cliente. Questo fa innervosire soprattutto i gemelli e Tamaki, mentre le altre clienti si eccitano un sacco nell'assistere ad un corteggiamento tra maschi.

Kyoya ricorda il suo incontro, quattro anni addietro, con Tamaki: gli era stato chiesto inizialmente dal padre di diventargli amico in quanto erede degli avversari in affari Suo.

L'Host Club al gran completo partecipa al festival scolastico di fine d'anno. Anche il padre di Tamaki, il preside dell'accademia Yuzuru e la nonna paterna Shizue sono presenti.

Kyoya avvisa Haruhi che il contratto per la rottura del vaso prezioso è stato saldato e che pertanto da quel momento in poi è libera d'andarsene dall'Host Club non appena ne abbia voglia.