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Nella Caprica City di qualche anno prima dello scoppio della guerra che porterà alla caduta delle Dodici Colonie, il magnate e genio della cibernetica Daniel Graystone viene colpito da un grave lutto. Nello stesso attentato periscono anche la moglie e la figlia di Joseph Adama, prominente avvocato proveniente da Tauron.

In seguito all'attentato in cui ha perso la vita la figlia, Daniel Graystone si immerge nel lavoro, cercando di capire come mai riesce a creare un solo robot intelligente, senza comprendere che la risposta dipende dal fatto che parte della figlia è sopravvissuta all'esplosione e gli è più vicina di quanto si aspetti. Tormentata dal dolore, Amanda Graystone è ossessionata dalla scoperta di quello che la figlia era in realtà e lentamente comincia a mettere insieme i pezzi della vita di Zoe.

In seguito alla dichiarazione pubblica di Amanda riguardo il coinvolgimento della figlia nella tragedia, i Graystone devono affrontare la rabbia dei concittadini. Per Daniel questo comprende un confronto con Sam e Joseph Adama, in cui Joseph chiede di potere rincontrare l'avatar della figlia. Daniel si rende conto di non poter affrontare la sua sofferenza in privato.

I Graystone devono occuparsi di gestire la situazione mentre la vendetta nei loro confronti inizia a prendere forma.

Joseph Adama cerca di dimostrarsi disponibile nei confronti del figlio, mentre la figlia Tamara scopre un nuovo aspetto del mondo virtuale. Danile propone un nuovo prodotto alla Graystone Industries.

Danile Graystone deve affrontare un suo rivale, mentre Suor Clarice si avvicina sempre di più al'avatar di Zoe.

Amanda teme per la propria sanità mentale, mentre Daniel e Joseph si avvicinano sempre di più alle proprie figlie.

Daniel inizia a sospettare che l'avatar di Zoe sia nel robot, ma le sue richieste alla figlia di uscire allo scoperto restano senza risposta. Nel tentativo di forzarla, lancia una campagna di torture psicologiche, che la forzano a prendere una decisione da cui non può tornare indietro.

Quando Daniel stabilisce una scadenza per il reset del Cylone U-87, interrompendo l'esistenza di Zoe, lei fa un disperato tentativo per salvarsi. Quando il suo piano le si ritorce contro, si ritrova senza più tempo e senza opzioni. Daniel fa una confessione ad Amanda, spingendola oltre il limite.

Daniel cerca di riconquistare il controllo della Graystone Industries stringendo un accordo con l'Ha'la'tha. Nel frattempo Clarice porta avanti il proprio progetto religioso, convinta che la tecnologia sviluppata da Zoe possa diventare il fondamento di una nuova forma di fede.

Daniel ricorre al ricatto per ottenere i voti necessari a riprendere il controllo della Graystone Industries. Intanto un attentato fallito porta Clarice e Barnabas allo scontro finale, mentre Amanda comincia a sospettare sempre di più del coinvolgimento di Clarice nella morte di Zoe.

Zoe cerca Tamara nel mondo virtuale, convinta che possa aiutarla a raggiungere un obiettivo più grande. Lacy, invece, deve proteggere i segreti di Zoe mentre subisce le pressioni e le torture psicologiche di Clarice. Il conflitto tra Daniel e Vergis arriva infine a un punto di rottura.

Amanda si trasferisce a casa di Clarice ma fatica a inserirsi nella famiglia. Daniel, sempre più ossessionato dall'avatar di Amanda, perde di vista ciò che conta davvero. Sam sfrutta invece la tecnologia di Graystone per risolvere una questione personale legata al mondo taurone.

Lacy raggiunge Gemenon, ma durante il viaggio verso il ritiro spirituale lei e le altre reclute vengono rapite. Daniel scopre che il Guatrau sta usando la Graystone Industries per sostenere attività terroristiche, mentre Clarice riesce a ottenere la password necessaria per accedere ai dati di Zoe.

Attraverso alcuni flashback emergono gli eventi che hanno segnato l'infanzia di Joseph e Sam su Tauron e le scelte decisive compiute dai due fratelli. Daniel scopre di essere diventato un bersaglio del Guatrau, mentre Zoe e Tamara acquistano notorietà nel mondo virtuale come gli Angeli Vendicatori.

L'agente Duram viene estromesso dal GDD, ma continua a collaborare con Amanda e le chiede di recuperare l'holoband di Clarice come prova. Nel frattempo Clarice e la sua famiglia scoprono di aver colpito la persona sbagliata, mentre i Graystone continuano la ricerca di Zoe nel mondo virtuale.

Amanda e Daniel entrano nel mondo virtuale per cercare di riconciliarsi con Zoe, che però non è pronta a perdonarli. Mentre i Graystone sono impegnati nella realtà virtuale, Clarice e i suoi seguaci irrompono nella loro casa. Intanto il Guatrau scopre il tradimento degli Adama e ordina di eliminarli.

Daniel, Amanda e Zoe cercano di fermare il piano di Clarice e impedire un attentato nell'arena di Caprica. I Cylon intervengono contro i terroristi e contribuiscono a salvare migliaia di persone, cambiando profondamente il modo in cui la società li considera. Intanto la STO, pur sconfitta, inizia a elaborare una nuova strategia.