Tutti gli episodi

Sono passati tre mesi da quando Dukat ha ucciso Jadzia e ha provocato la chiusura del wormhole e la vita su Deep Space Nine è cambiata. Kira, ora facente funzione di comandante della stazione, è assai adirata dalla notizia che i Romulani apriranno un ufficio sulla stazione. Sisko, nel frattempo, si è ritirato sulla Terra per contemplare una possibilità di contattare gli alieni che mantenevano aperto il wormhole.

Data Stellare 52152.6: Sisko incontra Ezri, il nuovo ospite di Dax, prima di partire con il padre e Jake per il pianeta Tyree, dove lui ritiene che si trovi il Cristallo dell'Emissario. Su Deep Space Nine Kira si prepara a bloccare i Romulani, che stanno ammassando armi su una luna di Bajor. Nel frattempo, Worf, O'Brien, Bashir e Quark si imbarcano su una nave klingon per distruggere un cantiere navale di astronavi del Dominio per assicurare un posto nello Sto-vo-kor allo spirito della defunta moglie di Worf.

Ezri deve confrontarsi sia con i ricordi delle vite passate di Dax sia con le reazioni dei suoi nuovi compagni di Deep Space Nine.

Di passaggio su Deep Space Nine per delle riparazioni, il Capitano Solok, vecchio amico di Sisko, è convinto che lui e il suo equipaggio di Vulcaniani possano battere Sisko a baseball. Il Capitano della base si ritrova con due sole settimane di tempo per addestrare una squadra di giocatori di baseball.

Un gruppo di Umani potenziati geneticamente, un tempo sotto la protezione di Bashir, scappa dalla clinica in cui vengono curati e si reca da Bashir, nella speranza che riesca a curare Sarina: le cure genetiche che ha ricevuto l'hanno lasciata in uno stato catatonico da cui non riesce ad uscire. Il dottore tenta allora una nuova procedura, che sembra non dare effetto finché Sarina non inizia a parlare.

Weyoun attira con l'inganno Odo in un posto segreto in cui il Vorta annuncia la propria intenzione di richiedere asilo politico alla Federazione in cambio di preziose informazioni che potrebbero portare ad una svolta del conflitto. Quando i due salgono a bordo del Rio Grande, la nave riceve una comunicazione dai Cardassiani in cui si vede Weyoun a fianco di Damar.

Con sua grande sorpresa, Worf riceve una visita di Kor: l'anziano eroe klingon ammette che la sua ambizione gli ha portato talmente tanti nemici da non poter più comandare nemmeno un'astronave. Worf gli promette di procurargli il comando di una nave e trasmette la richiesta a Martok, che rifiuta con rabbia: il generale spiega a Worf che anni prima Kor gli aveva negato lo status di ufficiale perché era il discendente di una Casa comune.

Sisko e il suo equipaggio sono costretti a combattere per la propria vita durante una missione di rifornimento ad un avamposto.

Il monaco ed ex insegnante di Kira Vedek Fala le fa visita su Deep Space Nine e le dona un cristallo che la trasporta su Empok Nor. Qui Kira incontra Dukat, che si presenta come il leader di una fazione religiosa bajoriana che adora i Pah-wraiths.

Dopo aver perso una gamba in battaglia, un Nog abbattutissimo torna su Deep Space Nine in convalescenza. Benché gli amici facciano di tutto per tenerlo su di morale e il nuovo impianto biosintetico sia praticamente identico alla vecchia gamba, il giovane Guardiamarina si sente molto debilitato, sia emozionalmente sia fisicamente.

Sisko è furioso quando scopre che O'Brien è scomparso mentre era in viaggio per una missione segreta verso New Sidney senza che lui fosse al corrente. Dal momento che la famiglia di Ezri gestisce le operazioni minerarie nel sistema in cui è scomparso O'Brien, Sisko chiede il suo aiuto per ritrovare Miles.

Il Grande Nagus Zek risulta sparito dopo che aveva condotto degli affari nell'Universo dello Specchio. Secondo Ezri, il Nagus è prigioniero dell'Alleanza e verrà ucciso a meno che Quark non procuri all'Alleanza un dispositivo di occultamento.

Il giovane Tenente Ilario viene trovato morto nel suo alloggio; le indagini rivelano che l'arma del delitto è il fucile sperimentale modello TR-116, un'arma mai distribuita all'interno della Flotta Stellare. Nel frattempo, Ezri si trova faccia a faccia in un incubo con uno degli ospiti di Dax, l'assassino Joran. Al risveglio, Ezri apprende che su Deep Space Nine c'è stato un altro omicidio.

Di ritorno da una conferenza, Odo e O'Brien si imbattono con una strana astronave che si rivela essere un mutaforma che ha avvertito la presenza di un suo simile sul runabout. Dopo alcuni minuti di conversazione con l'altro mutaforma, Odo capisce che non si trova davanti ad un membro del Dominio, bensì ad uno dei tanti della sua specie che sono stati inviati da bambini nello spazio profondo per raccogliere informazioni sulle altre specie.

Una caratteristica nascosta nel programma di Vic Fontaine trascina l'equipaggio nella vita pericolosa dei casino di Las Vegas degli anni '60.

Appena prima della partenza per una conferenza che si tiene su Romulus, Bashir riceve la visita di Sloan, il direttore della Sezione 31, che chiede a Bashir di acquisire la maggior quantità di informazioni possibile sulla leadership del governo romulano. Bashir, recalcitrante a soddisfare la richiesta di Sloan, riferisce dell'accaduto a Sisko, preoccupato del fatto che, malgrado la Flotta abbia ufficialmente condannato la Sezione 31, ci sia ancora qualcuno che la protegga. Dopo essersi consultato con l'Ammiraglio Ross, Sisko chiede a Bashir di accondiscendere alle richieste di Sloan per capire quali siano le sue vere intenzioni.

Data Stellare 52576.2: Su Deep Space Nine si apprende che Worf è disperso dopo una violenta battaglia contro il Dominio. A causa di necessità strategiche, Sisko è costretto ad abbandonare la ricerca della capsula di salvataggio con Worf a bordo, ma Ezri ruba un runabout e si lancia alla ricerca di Worf.

Kai Winn arriva su Deep Space Nine per assistere Sisko durante la cerimonia del suo matrimonio; durante l'incontro con la Kai, Sisko ammette che i Profeti l'hanno avvisato che dovrà affrontare un cammino molto difficoltoso. Più tardi, Winn ha una visione dei Profeti, che le rivelano che una Guida la visiterà; i Profeti sperano che, assieme, potranno guidare la ricostruzione di Bajor. Nel frattempo, Dukat, modificato chirurgicamente per assumere sembianze bajoriane, fa la propria apparizione sulla Passeggiata della stazione spaziale e si reca in visita dalla Kai.

Worf e Ezri vengono trasportati a bordo di una nave jem'hadar, dove la leader dei Fondatori e Thot Gor, i leader della nuova alleanza tra il Dominio e i Breen, si preparano a firmare un trattato che porterebbe alla distruzione della Federazione e alla fine della guerra. Damar, tuttavia, ha delle riserve, in quanto alcune concessioni riconosciute a Thot Gor potrebbero mettere Cardassia in serio pericolo. Nel frattempo, Kai Winn e Gul Dukat stringono alleanza per la restaurazione di Bajor.

I festeggiamenti per il ritorno di Worf ed Ezri durano poco: i Breen hanno attaccato il quartier generale della Flotta Stellare sulla Terra. Mentre i capi del Dominio e dei Breen esultano per il riuscito attacco di sorpresa, il loro presunto alleato, Damar, sta mettendo a punto un piano segreto per liberare Cardassia dall'occupazione del Dominio. Nel frattempo, su Bajor Dukat convince Kai Winn a liberare i Pah-wraiths, i nemici dei Profeti, dalle grotte di fuoco del pianeta secondo le procedure descritte nel vecchio testo proibito del Kosst Amojan.

Con l'intenzione di aiutare il movimento di Damar per liberare Cardassia dal Dominio, Sisko ordina a Kira di mettere da parte l'antipatia verso i Cardassiani e di recarsi alla base segreta di Damar con Odo e Garak per addestrare i Cardassiani alle tattiche di guerriglia e di resistenza. Su Bajor, Kai Winn studia il testo proibito del Kosst Amojan per capire come poter liberare i malvagi Pah-wraiths. Su Deep Space Nine Bashir scopre che la Sezione 31 è coinvolta nell'epidemia dei Fondatori.

Mentre Kira sta mettendo a punto la pianificazione tattica con i capi della resistenza cardassiana, Odo torna da una missione assai indebolito dalla medesima malattia che ha contagiato la sua specie. Intanto su Deep Space Nine, Bashir tenta di trovare una cura per la malattia di Odo.

Data Stellare 52645.7: Kira trasporta Odo, oramai in fin di vita, su Deep Space Nine per cure mediche e lui le chiede di essere lasciato solo e che Kira torni a combattere a fianco della resistenza cardassiana. Più tardi, O'Brien e Bashir mettono a punto un piano per acquisire informazioni da un operativo della Sezione 31, che potrebbe avere informazioni necessarie per curare Odo. Il piano sembra funzionare quando Sloan arriva su Deep Space Nine; ma quando Bashir tenta di acquisire informazioni da Sloan utilizzando una sonda mentale romulana, questi tenta di suicidarsi con una sostanza neuro-depolarizzatrice.

Data Stellare 52861.3: Mentre Sisko assume il comando di una nuova nave di classe Defiant, Kira, Garak e Damar riescono a sfuggire ad un agguato su Cardassia e sono costretti a nascondersi di nuovo. Nel frattempo, Quark riceve un messaggio molto disturbato dal Grande Nagus Zek che gli annuncia che è stato nominato suo successore. Odo, curato dall'epidemia letale che ha infettato la sua gente, è furioso quando viene a sapere che è stata la Sezione 31 a produrre il virus della malattia.

La Defiant, comandata da Sisko, si unisce alla flotta della Federazione, dei Klingon e dei Romulani che si prepara ad invadere Cardassia, su cui Kira, Damar e Garak stanno mettendo a punto i piani per sabotare un impianto energetico e di comunicazioni del Dominio. Nel frattempo, su Bajor, Kai Winn chiede a Dukat di unirsi a lei mentre libera i Pah-wraiths dalle Caverne di Fuoco.

La guerra contro il Dominio è terminata e su Deep Space Nine lo staff di comando si ritrova da Vic Fontaine per festeggiare la fine delle ostilità. Ma il destino di Sisko e dell'intero quadrante non è ancora al sicuro, e il Capitano si trova costretto a fronteggiare per l'ultima volta Dukat, autoproclamatosi emissario dei Pah-wraiths.