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Bob è tornato. L'operazione al cervello ha provocato un'infezione che lo ha lasciato in cattive condizioni ed ora è stato messo in uno stato di coma farmacologico. Nel frattempo, il resto della squadra viaggia fino in Messico per tentare di dare una risposta al diffondersi fra i rivoluzionari zapatisti di un'epidemia di tubercolosi che sembra essere resistente ad ogni tipo di antibiotico.

Carlos sembra essere scomparso da due giorni. David si reca in Messico per ritrovare il collega e per aiutare il governo messicano a debellare la nuova epidemia di tubercolosi resistente ai farmaci che ha già mietuto decine di vittime in tutta la nazione. Mayko e Rachel lavorano instancabilmente per trovare una cura al morbo e per scoprire per quale motivo alcuni abitanti della città di Hudson Point, in Illinois, sembrano essere insensibili al dolore.

Wes viene accidentalmente infettato da una fiala contenente il virus dell'epatite C. Questo potrebbe avere notevoli ripercussioni sulla sua salute dal momento che l'uomo è sieropositivo.

Bob continua ad essere perseguitato dai ricordi inerenti il tempo trascorso nel laboratorio di Roth. Wes insiste con Rachel affinché gli sia inoculato un composto sperimentale per debellare il virus dell'epatite con il quale è stato accidentalmente infettato. In una piccola cittadina, un virus in grado di provocare un'infiammazione del cervello sembra essere divenuto contagioso.

Dopo che il trattamento sperimentale contro il virus dell'epatite lo ha quasi ucciso, Wes lascia il NorBAC per entrare in un programma di cura a Stoccolma. Un consigliere razzista dichiara che sua figlia è stata avvelenata da un gruppo di estremisti islamici. La Food & Drug Administration valuta se rendere o meno disponibili alcuni farmaci allo scopo di salvare una donna immuno-deficiente che è appena stata infettata dal vaiolo.

Il laboratorio del NorBAC indaga su di un misterioso virus che ha colpito alcuni ciclisti durante l'annuale Tour Cycle Quebec. Nel frattempo, Bob pensa di utilizzare un controverso trattamento all'interno di una camera iperbarica allo scopo di curare la sua infezione al cervello e la conseguente perdita della memoria.

Una multinazionale farmaceutica finisce sotto accusa quando un nuovo medicinale immuno-soppressore da poco immesso sul mercato inizia a manifestare un pericoloso effetto collaterale di natura congestizia al cuore. David prova a trovare un rimpiazzo per Wes. Bob soffre di alcuni disturbi che gli provocano una serie di ricordi romantici inerenti una ragazza di nome Nina.

Bob finalmente riesce a rintracciare Nina, ma una visita al laboratorio di Roth lo porta ad una scioccate scoperta, la quale suggerisce l'eventualità che l'esperimento condotto sulla ragazza non sia andato per il verso giusto. La squadra del NorBAC indaga nel frattempo su alcuni corvi che sembrano aver preso di mira la zona degli aeroporti militari.

Una cellula terroristica riesce a penetrare all'interno del laboratorio del NorBAC con lo scopo di costringere gli scienziati a produrre una versione mutata del virus del morbillo da poter utilizzare come arma batteriologica in una guerra chimica.

David ignora il protocollo ed assume la sua amante Enuka. Mayko viene contattata dai genitori di un bimbo malato, i quali sono convinti che la ragazza sia la loro unica speranza di salvezza. Il comportamento di Nina diventa estremamente violento, così gli scienziati debbono ora trovare un modo per disattivare il suo organo di Jacobson.

Alcune prove forensi rinvenute sulla scena dell'omicidio di un giovane ragazzo inducono gli scienziati a ritenere che una specie di gatto preistorico, estinto in Nord America all'incirca 10.000 anni fa, potrebbe essere in realtà ancora in giro. Una complicazione mette in pericolo il tentativo degli uomini del NorBAC di disattivare l'organo di Jacobson di Nina.

David affronta un'orribile verità: Nina aspetta un bambino e si tratta del clone di Bob. Inoltre, lo scienziato scopre che Roth ha ceduto a Riddlemeyer e ad altri importanti leader mondiali una cura sperimentale prodotta mediante l'uso di cellule staminali che produce effetti collaterali simili alla paranoia. David deve ora individuare Roth prima che uno dei solo dei governanti inizi l'utilizzo del trattamento che potrebbe condurre letteralmente alla fine del mondo. Jack Bowden, un amico di Carlos, chiede aiuto al NorBAC per aiutarlo a risolvere il problema di una misteriosa epidemia scoppiata in Moldavia. In seguito, l'uomo invia un messaggio nel quale dichiara che il morbo è stato identificato e quindi debellato. Successivamente, Bowden scompare nel nulla, così Carlos decide di recarsi in Moldavia per scoprire che cosa è realmente accaduto al suo amico.

David ha la possibilità di gettare un rapido sguardo a quanto accadrà nel futuro. Nina ha dato alla luce Robert Melnikov Jr., il primo clone umano. Il giovane è intenzionato a realizzare il sogno dei suoi genitori dando vita ad una clinica della fertilità nella quale le famiglie che desiderano un bambino possano trovare un valido aiuto tramite l'acquisto del suo ricercatissimo sperma. Quello che il giovane non sa è che il suo DNA è mutato durante la violenta epidemia di influenza del 2010, così la sua clinica diventa il punto di partenza per tutte le nuove e mortali pandemie degli anni a venire. David ha sempre saputo che la decisione di Nina e Bob di mettere al mondo il loro bambino avrebbe avuto delle gravi ripercussioni. Grazie a ciò che ha visto del futuro, lo scienziato è ora più che mai determinato nel presente a fare in modo che il piccolo non venga mai al mondo.