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I Russo e Mason finalmente fanno ritorno a casa, ma sono senza poteri. Mentre tutta la famiglia cerca di restare tranquilla, Alex e Mason intervengono, rivelando ai giornalisti che i Russo sono maghi e che gli altri maghi sono stati imprigionati dal governo. Il Preside Crumbs appare e dice ad Alex che tutto quello che era successo era un test che ha fallito miseramente. Lo stesso accade a Justin che ha rivelato intanto di essere un mago all'agente Lambwood. Quando i Russo arrivano al tribunale, i giudici dichiarano Alex e Justin colpevoli ed il Preside Crumbs li costringe a retrocedere al livello uno della competizione dei maghi della famiglia. Quindi è probabile che sia Max a diventare il mago di famiglia, essendo al terzo livello.

Alex, convinta di essere retrocessa troppo nella competizione magica per poter recuperare, decide di abbandonare la competizione dei maghi per trascorrere più tempo con Mason. Il cancelliere Tootietootie dice ad Alex che lei e Mason non possono stare insieme, perché una legge dice che i lupi mannari non possono stare insieme agli umani. Una foto di Max sulla copertina della rivista "Future Wizards" attira la figlia di una famiglia di Cucuy (mitico mostro Latino) e questi invitano i Russo ad una festa sul loro yacht. Alex invita alla festa il cancelliere Tootietootie, sperando che, per la riconoscenza, egli elimini la legge che dice che lupi mannari e mortali non possono stare insieme.

Harper cerca di insegnare ad Alex come vivere senza magia, ma il fatto di assumersi la responsabilità delle sue azioni invece di usare delle scorciatoie causa un disaccordo tra le due migliori amiche. Alex si mette nei guai per aver danneggiato involontariamente l'auto del signor Laritate. Come punizione, la ragazza deve pulire i bidoni della spazzatura della scuola. Il signor Laritate perdona Alex dopo aver visto il suo impegno e la giovane si rende conto che potrà vivere bene anche senza magia. Volendo ringraziare Harper, Alex usa Leilani, una bambolina posta sul cofano dell'auto, trasformandosi appunto nella bambolina e suggerendo ad Harper come guidare durante il suo esame, sapendo che la sua migliore amica potrebbe essere bocciata all'esame di guida. Alla fine, Harper passa la sua prova. Nel frattempo, Jerry vuole far indossare la veste magica a Max, ma Justin, che tempo fa la possedeva, l'ha rovinata.

Dopo che Alex si è ritirata dalla competizione fra maghi, è costretta a lasciarsi con Mason e decidono di rimanere solo amici, perché una legge vieta che i lupi mannari possano stare insieme agli umani. Ma proprio quando decidono di rompere definitivamente si presenta Dean Moriarty, l'ex fidanzato di Alex, alle porte della paninoteca. All'inizio Alex rimane stupita nel rivedere Dean, ma poi inizia a passare molto tempo con lui. Così Mason si ingelosisce e si arrabbia tanto da mangiare Dean. Subito dopo che Alex lo viene a sapere chiede aiuto a Justin per riportare Dean in salvo. Con l'aiuto dei maghi a cui Justin ora da lezioni, Alex, Justin e Max entrano nel corpo di Mason e recuperano Dean. Mentre si trovano all'interno del cervello di Mason, Alex nota che Mason non fa altro che pensare a lei. Alla fine Mason spiega ad Alex il motivo per cui si è arrabbiato così tanto e i due tornano insieme, ed Alex decide di rientrare nella competizione

Jerry è fermamente deciso a far entrare Max nel gruppo dei maghi raffinati, ma questi lo usano solo come pagliaccio. Quando però si accorgono che Justin potrebbe entrare nel gruppo e diventare direttore, suggeriscono a Max di anticipare la data della competizione tra maghi; solo il ragazzo, essendo notevolmente più avanti dei suoi fratelli nella gara di magia, può compiere ciò, ottenendo che Justin, perdendo inevitabilmente la sfida, non entri a far parte del club.

La solita colazione con frittelle, dedicata ad Alex e Jerry, viene rovinata da Maxine poiché Jerry da più attenzione a lei che ad Alex, così la maga alla fine si ingelosisce. Intanto la famiglia Russo chiede ad Harper di far allontanare il più possibile Zeke dal locale, finché Maxine non tornerà Max, ma Harper combina un guaio facendo credere a Zeke che i Russo lo odiano. Justin intanto accompagna Maxine alla sua lezione di Karate e dopo alcune umiliazioni subite da Maxine, Justin alla fine la mette al tappeto. Infine Jerry spiega ad Alex che è più legato a Maxine perché gli ricorda lei da piccola.

Durante una delle lezioni di Justin, entra una ragazza (Rosie), che vuole entrare nella classe di Justin. Justin però si innamora di lei, senza concentrarsi sulla sua classe. Ma i delinquenti stanno organizzando una esibizione delle bacchette che potrebbe fare tornare loro alla scuola di magia e far salire di livello Alex e Justin, in modo da farli rientrare nella competizione magica di famiglia, e Rosie non riesce ad utilizzare la bacchetta. Alex inizialmente vuole mandare via Rosie, ma poi si rende conto che Justin tiene a lei e, per aiutarla, fa un incantesimo, in modo che Rosie faccia tutto ciò che fa lei. Durante l'esibizione però succede un imprevisto e la prova diventa un disastro perché Rosie togliendosi il mantello mostra di essere un angelo.

Justin e Rosie sono al loro primo appuntamento, ma i Russo gli rovinano la serata e così decidono di organizzare un secondo primo appuntamento. Alex suggerisce un locale esclusivo solo per angeli che si trova a Los Angeles. Così si travestono da angeli e riescono ad entrare nel locale, insieme ad Harper. Una volta dentro, la guardia comincia ad avere sospetti e sottopone i Russo a delle prove. Nel frattempo Maxine promette ad Alex che non avrebbe fatto la spia se quest'ultima le avesse portato la stella di Ozzy Osbourne dalla Walk of Fame. Così Jerry e Teresa per convincere Maxine a parlare la iscrivono ad un concorso di bellezza per bambine, che alla fine vincerà pur avendo detto dove si trovavano Alex e Justin. Al locale, intanto, scoprono l'inganno dei Russo e credono che siano angeli delle tenebre e tutti iniziano a fuggire. Infine Rosie e Justin si abbracciano davanti alla scritta Hollywood e Rosie mostra le sue ali nere, dimostrando così di essere un angelo delle tenebre.

Alex nota che Justin si comporta male, man mano che passa il tempo con Rosie. Quando va al centro smistamento degli angeli per chiedere un angelo custode per suo fratello, Tina, un aspirante angelo, decide di aiutarla. Tina riconosce Rosie perché una volta era la sua insegnante, prima che diventasse un angelo delle tenebre.

Justin invita il professor Crumbs a vedere i progressi fatti dai suoi studenti così per farli rientrare in gara. Maxine vuole chiedere al preside se c'è un rimedio per farla ritornare in Max, ma se il preside Crumbs avesse scoperto che Alex e Justin hanno trasformato Max in Maxine non li avrebbe fatti rientrare nella competizione magica. Per tenere lontana Maxine, Harper la fa entrare nello spettacolo scolastico in cui ottiene la parte dell'assolo. Nel frattempo Alex, Justin e la sua classe cercano di trovare un rimedio prima dell'arrivo di Crumbs ma per sbaglio trasformano quest'ultimo in un bambino che comincia a fare le cose che il vecchio Crumbs non poteva più fare. Durante la caccia al piccolo preside, Alex trova un rimedio per far ritornare Maxine in Max ed il preside se stesso. La pozione però avrà un effetto ritardato e avrà effetto durante lo spettacolo scolastico.

Zeke, per colpa di un incantesimo di Alex, crede di essere un vero mago. Purtroppo Max lo ingaggia per una festa di compleanno alla Substation e, per non fargli fare una brutta figura, Alex e Justin aggiusteranno le sue "magie". Justin decide così che è ora di rivelare a Zeke il loro segreto e, fermando il tempo, gli dice tutto.

Quando un ex leggendario Wrestler "Muy Macho" visita la Sub Station, Alex scopre il motivo per cui ha smesso di fare wrestling, e così cerca di ristabilire il suo onore organizzando un incontro tra lui e Jerry. Nel frattempo, Zeke fa troppe domande sulla magia, in modo da concedergli un desiderio magico se avesse smesso di interrogarlo sulla magia. Purtroppo, il desiderio di Zeke è quello di sconfiggere Muy Macho nella partita.

Quando Alex chiede a Mason se può incontrare i suoi genitori, Mason mostra ad Alex i suoi falsi genitori e lei lo scopre poco dopo. Alex si arrabbia con Mason e gli chiede di portarla dai suoi veri genitori. Mason la porta alla "Festa della Luna d'autunno" per incontrare i suoi genitori. Poco dopo Alex viene a sapere che Mason ha detto ai suoi genitori che lei è un lupo mannaro ed è sconvolta. Così usa un incantesimo per trasformare se stessa e Harper in licantropi e cerca in tutti i modi di rendersi ridicola per costringere Mason a dire la verità, senza però avere successo.

Quando Mason ignora l'invito di Alex per andare al "Beast Bowl", così da poter lavorare su un regalo di anniversario, Alex decide di andarci comunque ed incontra un ragazzo di nome Chase. Al "Beast Bowl", Justin vuole dimostrare che i cacciatori di mostri sono professionisti come i domatori e Max vuole fare una foto con il mostro ma vengono cacciati e si travestono da pagliacci per entrare. Mason porta il regalo di Alex al "Beast Bowl" ma lui e Alex vengono attaccati dalla bestia. Chase viene in soccorso ad Alex e Mason mostra poi il regalo ad Alex.

Alex vince il premio Mago dell'anno per aver salvato il mondo dagli Angeli delle tenebre e viene invitata alla premiazione con tutta la sua famiglia, riuscendo a rientrare nella competizione magica. Chase Reprock, per congratularsi, la va a trovare seguito dai Paparazzi, ma Alex dice erroneamente alla stampa che lei e Chase sono fidanzati. Quando Mason lo viene a sapere si infuria con Alex e decide di non andare alla cerimonia di premiazione. Alla fine, presentandosi alla cena, tenta di chiedere scusa ad Alex per come si era comportato ma la vede con Chase e, arrabbiandosi, lo attacca. Intanto, Justin realizza un video dicendo che Alex non merita il premio e per andare alla cena Harper finge di essere la fidanzata di Max. L'episodio finisce con Alex che lascia Mason.

A Waverly Place fa molto caldo e i Russo decidono di andare al mare. Alex guarda nel futuro grazie ad un indovino (Zelzar), che gli dice di dire addio alla sua vita infatti sarà una giornata sfortunata per lei. Alla fine Alex riesce ad annullare il messaggio di Zelzar trasferendolo ad un'altra persona ma alla fine una bambina riceve il messaggio di Alex e vince un premio.

Il Professor Laritate informa Alex che molto probabilmente quest'anno verrà bocciata e la maga decide di nasconderlo ai genitori. Nel frattempo, la Reporter annuncia una tragica notizia alla comunità: la NASA ha individuato un asteroide in mezzo allo spazio che si sta dirigendo verso la Terra per distruggerla. Justin e Zeke affermano che l'asteroide non ha la possibilità di colpire il pianeta Terra, ma si sbagliano. Mentre l'asteroide si avvicina sempre più alla Terra, la famiglia Russo, insieme ad Harper, Zeke e la stella marina di Max, decide di trasferirsi nel mondo magico tramite il Portale della Tana per non morire. Alex, Justin e Max, però, dicono che il loro compito è quello di fermare l'asteroide e salvare il mondo

La classe di Justin ha completato gli studi ma manca ancora il test finale prima di ritornare alla scuola di magia. Il Preside Crumbs dice che non hanno passato il test ma alla fine si scopre che è l'opposto e che il mago che gliel'aveva fatto fare era stufo del preside Crumbs. Intanto Jerry, Theresa e Harper replicano i risultati dell'infanzia di Max dato che non ne avevano conservato nessuno. Justin torna in gara per la competizione magica, contro Alex e Max.si scopre anche che Felix è un lontano antenato di un grande mago.

Alex e Harper decidono di andare a vivere assieme in una casa tutta per loro. Ma Theresa dice loro che servono soldi, perciò esse decidono di organizzare uno spettacolino con le marionette. Alex però si rende conto che Harper è molto più brava di lei perciò trasforma Justin e Zeke in marionette rubando tutti i clienti ad Harper. Nel frattempo Max si trova una fidanzata. I genitori di questa però vogliono incontrare quelli di Max e, quando li conoscono, rimangono delusi vietando alla figlia di uscire con Max. Ma Max troverà una soluzione.

Alex è triste perché non sta più con Mason e sta tutto il tempo con Zeke e Harper che però non vedono la sua compagnia di buon occhio; Alex capendo che era di intralcio nella loro storia gli lascia un po' di tranquillità. Nel frattempo Max, Justin e Jerry cercano un modo per risparmiare aprendo un locale nel mondo magico ma la cosa non è così facile come sembra. Alex non avendo più la migliore amica accanto decide di creare un clone di Harper ma quest'ultima è gelosa perché il clone bacerà Zeke, così chiede ad Alex di liberarsi del clone ma lei le dice che il clone è l'unica con cui può sfogarsi; Harper allora capisce che deve stare un po' più di tempo con Alex per consolarla e la maga rimanda indietro il clone.

Alex e Harper sono alla disperata ricerca di un hotel e Justin cerca di farglielo trovare perché vuole vivere senza le continue assillazioni della sorella. Un volantino trasportato dal vento, rivela un'abitazione che per le due amiche è perfetto. Una volta arrivate lì, conoscono il proprietario dell'hotel, Dexter, che le mostra un appartamento stregato chiamato "13B" riservato solo per maghi, elfi, folletti e tutte le creature magiche, tra cui uno sportello della pattuniera con una mano che ti indica il posto in cui devi buttare.

Alex e Harper hanno difficoltà a pagare le bollette dell'appartamento, così che Dexter raccomanda un compagno di stanza e trovano un fantasma di nome Lucy. Nel frattempo, Justin crea un robot per aiutare Zeke alla Substation. Il robot perde il controllo, e Dexter (Gorog) lo sostituisce con un robot maligno per spiare Justin e passargli le informazioni. Mentre Zeke e il robot stanno lavorando, quest'ultimo chiede a Justin della competizione magica, cosa che confonde Zeke, poiché nessuno ne aveva parlato di fronte a lui. Più tardi quella notte, Lucy comincia a piangere e spiega che il suo fidanzato Donny era scomparso 60 anni prima in un incidente aereo.

Alex e Harper stanno andando al loro appartamento quando si imbattono nel Sig. Laritate, che vive anche lui nel palazzo. Felix dice a Justin che ha rotto la sua bacchetta (la più potente del mondo magico) e Justin lo informa che la bacchetta è un falso, poiché al suo interno sono presenti delle batterie. Egli conclude che qualcuno ha rubato la bacchetta di Felix. Dexter sta mostrando il 13º piano ad uno zombie che conosce Alex e Harper. Mason, che non smette di chiedere Alex di rimettersi insieme a lui, la incontra nell'ascensore. Quando Alex lo ignora, Mason combina guai con i tasti, così da poter trascorrere più tempo con lei e atterrano al secondo piano

Dexter si rivela come Gorog. Lui sta cercando di ricostruire il suo esercito delle tenebre per conquistare il mondo magico e inoltre vuole vendicarsi di quando Alex lo ha sconfitto. Felix, corrotto dalla magia nera di Gorog, diventa il suo schiavo e fa in modo di portare tutti gli inquilini del tredicesimo piano, incluso Mason, nel covo del suo nuovo padrone usando la sua potentissima bacchetta. Tutti tranne Alex, Justin e Harper, che sono rimasti bloccati lì perché Gorog vuole sbarazzarsi di loro. Justin cerca di scappare attraverso un condotto ma ricompare nella stessa stanza. Justin si rende conto che solo i mortali possono uscire da li e quindi Harper scappa e arriva poi nella tana dei maghi dove cerca aiuto.

Il padrone di casa decide di vendere la sub station, sfrattando i Russo, così come il loro appartamento e la tana, che contiene il loro portale. Senza il portale, i Russo perderanno ogni contatto con il mondo magico. Così, l'intera famiglia Russo e Harper tornano indietro al 1977 per colpa di Justin e poi al 1957 per fermare il padre di Jerry (il precedente proprietario della sub station) di vendere il negozio al proprietario, in modo che non ottengono la vendita. Il padre di Jerry si impegna a non vendere il negozio e i Russo ritorno ai giorni nostri. Tuttavia, essi accidentalmente lasciano indietro Harper perché è distratta da una donna con un barboncino, alla quale suggerisce di mettere la foto di un barboncino sulla gonna, creando una gonna barboncino, popolari nel 1950.

Harper dopo aver letto Cenerentola dal libro magico delle fiabe di Alex, diventa la protagonista della storia e dovrà fare affidamento sulla sua fata madrina: Alex, per portare le cose alla normalità dovrà aspettare che la fiaba finisca prima di tornare alla sua vita, ma Alex non ama leggere e prima di dare il libro ad Harper ha strappato delle pagine, o come dice lei:"non amo leggere quindi accorcio i libri", quindi la storia di Harperentola si unisce ai 3 porcellini, che sarebbero Justin, Max e Zeke, mentre il lupo è Mason, a alla fine Alex trova le pagine Mancanti e Harper torna alla sua vita.

Durante una cena che ha fatto Alex per la famiglia, il preside Crumbs annuncià finalmente che i fratelli Russo potranno fare la competizione magica. Ai fratelli Russo, verranno proposte delle domande sulla magia. Nel frattempo Zeke annusa una pozione e lo fa diventare tutto viola e, così, assieme ad Harper si precipita alla competizione magica per chiedere aiuto ai Russo. Arrivati alla competizione, però, Harper e Zeke vengono catturati da un grifone e, così, Alex, Justin e Max andranno a salvarli ma solo ad una condizione: i ragazzi dovranno tornare in tempo alla competizione prima che scadano 45 minuti.