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Vulcana, una donna dotata di poteri pirocinetici, compie diversi furti. Indagando, Clark scopre che il suo vero nome è Claire Selton ed è un'ex allieva di una scuola per ragazzi con poteri paranormali. Dopo essere rimasta lì è stata presa dal governo, e in seguito è fuggita. Superman, comprendendo che Vulcana è, in fin dei conti, una vittima, va da lei tentando di farla costituire, ma un uomo, che in passato lavorava per il governo, la rapisce con l'intento di venderla a dei ricercatori scientifici. Tuttavia Superman riesce a liberarla e a farla fuggire.

Superman scopre che da un po' di tempo Batman è sparito dalla circolazione, così decide di andare a Gotham City dove scopre da Robin (l'aiutante di Batman), che Bruce Wayne ha lasciato la sua azienda e se n'è andato senza dare spiegazioni a nessuno. Sfruttando la sua abilità di imitare alla perfezione le voci altrui, Superman finge di essere Batman, indossando il suo costume e, indagando, scopre che Wayne è stato "infettato" da alcuni mini-robot, i nanites, che gli hanno fatto il lavaggio del cervello.

Nell'anno 2979 Brainiac torna indietro nel tempo quando Clark era un ragazzo, in modo da eliminarlo allora. Il suddetto viene però seguito da Chameleon Boy, Cosmic Boy e Saturn Girl, membri della Legione dei Super-Eroi, intenti a fermarlo. Brainiac attacca così Clark, causando parecchi danni a Smallville. I tre supereroi, aiutati dallo stesso Clark, riescono a sconfiggerlo, e successivamente Saturn Girl modifica la memoria dei presenti, facendo credere loro che i danni siano stati causati da un uragano.

La modella Darci Mason, che lavora per Lana, viene presa di mira dal Giocattolaio, che lo attacca più volte. Lana scopre poi con sorpresa che in realtà Darci è un robot creato dallo stesso Giocattolaio per avere una compagna, ma lei, ritenendosi sua prigioniera, è fuggita, e lui sta cercando di riprenderla. Quando riesce a rapirla, Superman parte in suo soccorso, finendo in trappola. Mentre il Giocattolaio sta portando via Darci in elicottero, la suddetta riesce a rompere il mezzo, che finisce in mare. Sia il Giocattolaio che Darci sembrano spariti nel nulla, ma quest'ultima è in realtà ancora viva.

Bizzarro vive felicemente nel mondo dove lo ha portato Superman, ma Mxyzptlk va da lui e lo convince che il supereroe lo abbia mandato via dalla Terra per liberarsene. Infuriato, Bizzarro torna sulla Terra e attacca Superman, che però riesce a spiegargli come stanno in realtà le cose. Intanto Mxyzptlk si ritrova al cospetto dei sovrani della Quinta Dimensione che, per punirlo per aver disturbato i terrestri, lo condanna a vivere nella loro dimensione per alcuni mesi senza superpoteri, liberandolo solo se compirà una buona azione nei confronti di una delle sue vittime. Mxyzptlk si ritrova così a dover scontare la sua pena nel mondo di Bizzarro.

Superman, durante un viaggio nello spazio, scopre un pianeta governato da Mala e Jax-Ur, che sono riusciti a fuggire dalla Zona Fantasma per poi arrivare sul pianeta, conquistandolo. All'apparenza i due sembrano governare pacificamente il pianeta, ma Superman si rende presto conto che, segretamente, stanno costruendo delle armi da guerra per attaccare la Terra. Superman decide quindi di scontrarsi con loro due, che finiscono all'interno di un buco nero. Il pianeta è perciò salvo.

Un membro del gruppo di guerrieri galattici delle Lanterne Verdi muore dopo essere atterrato sulla Terra, e come suo successore viene scelto Kyle Rayner, un illustratore amico di Jimmy. Ora Kyle può trasformarsi nel supereroe Lanterna Verde e, con l'aiuto di Superman, riesce a sconfiggere il perfido Sinestro, ex membro delle Lanterne Verdi che, dopo aver tradito il gruppo, vuole impossessarsi dei poteri di Kyle.

Jimmy Olsen capita accidentalmente nel mezzo di un'impresa eroica di Superman, finisce al notiziario e l'intera città inizia a riconoscerlo erroneamente come grande amico dell'eroe. Jimmy all'inizio prende bene l'improvvisa popolarità, ma le attenzioni da parte di tutta Metropolis si fanno però ben presto pesanti ed indesiderate. Dopo numerose disavventure, Jimmy viene rapito dal supercriminale Metallo, che intende usare la sua presunta vicinanza con Superman per attirare quest'ultimo a sé e sconfiggerlo.

Lois indaga sull'anomalo e improvviso comportamento aggressivo della fauna marina; scopre che Lex Luthor sta conducendo dei test bellici segreti sul fondale marino, ma viene rapita dai suoi uomini. Luthor ha catturato anche il re di Atlantide, Aquaman, il quale avverte che, se i test non si interromperanno, scoppierà una guerra tra il popolo sottomarino e quello terrestre.

Dopo una settimana di vacanza trascorsa a Metropolis, Kara torna a Smallville solo per scoprire che tutti gli abitanti della cittadina sono stati infettati da un parassita alieno che si fa chiamare "l'unico". L'alieno intende sottomettere l'intero pianeta ed annettere l'umanità alla sua mente alveare, tocca a Superman e Supergirl fermarlo.

Superman e Batman si ritrovano nuovamente a collaborare dopo che Talia al Ghul ruba uno strano bastone tribale destinato al museo di Metropolis. Talia successivamente usa il manufatto per catturare Superman, che si ritrova al cospetto di un decrepito R'as al Ghul, ridotto in sedia a rotelle. R'as rivela che il pozzo di Lazzaro, che lo ha tenuto in vita per secoli, sta perdendo i suoi effetti e che ora intende rubare la forza di Superman, usando i poteri magici del bastone.

Darkseid fa il lavaggio del cervello a Superman, impiantandogli falsi ricordi nei quali al posto di arrivare sulla terra da Krypton, arriva su Apokolips. Tormentato dall'affiorare dei suoi reali ricordi della sua vita sulla terra, viene mandato proprio lì da Derkseid per conquistarla.

Superman è sopravvissuto ed ha riottenuto tutti i suoi ricordi, tuttavia è tenuto prigioniero dall'esercito degli Stati Uniti, che lo considera un traditore ed intende giustiziare sia lui sia Kara.