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Frank ha delle visioni che gli dimostrano come uno strano incidente aereo sia legato al virus che ha ucciso Catherine. Dopo essere tornato all'FBI, indaga insieme agli agenti Barry Baldwin ed Emma Hollis sugli strani avvenimenti, ma sembra che qualcuno anticipi le sue mosse.

Frank scopre che il virus mortale è la conseguenza di un esperimento genetico fatto dal governo per creare agenti segreti con poteri speciali. Una donna coinvolta gli confessa in punto di morte che il vero scopo del Millennium Group è la fine del mondo.

Gli agenti Barry Baldwin e Emma Hollis indagano su un pluriomicidio avvenuto in un liceo. Grazie all'aiuto di Frank scoprono che un gruppo di genitori, ossessionati dai possibili disastri legati al "millennium bug", ha ucciso i propri figli.

Frank è sorpreso dall'interesse di Emma per la caccia a due assassini che uccidono per puro divertimento. Decide però di aiutare la collega quando scopre i fantasmi del suo passato: la sorellina di Emma è stata infatti uccisa senza motivo e l'assassino non è mai stato preso.

Frank scopre che hanno girato un film che riprende la storia di un serial killer che lui ha catturato 13 anni fa. Quando un pazzo emula le gesta dell'omicida, Frank scopre che l'assassino è l'attore stesso che interpreta il suo personaggio nel film.

Frank ed Emma cercano risposte quando uno strano uomo rivela alcuni dettagli su dei cadaveri trovati in una fossa. Scoprono presto che alcuni di quei corpi sono collegati al Millennium Group, anche se Peter cerca di intralciare le loro indagini.

Frank e Emma indagano sulla scomparsa di una bambina. I sospetti ricadono su Brunelli, appena rilasciato dopo 20 anni di galera. Frank scopre che il vero assassino è il suo avvocato, che ipnotizzava il povero Brunelli.

Emma cerca di aiutare sua sorella, che ha dei problemi di droga; scopre che molti tossico-dipendenti della zona sembrano aver subito strane mutazioni, dovute probabilmente ad una contaminazione dell'eroina con una sostanza prodotta dall'esercito per scopi bellici. Emma si trova in difficoltà quando l'FBI la trova in possesso della droga, e rischia di perdere il posto.

Frank porta Jordan in montagna per le vacanze di Natale, le prime senza Catherine. Nella cittadina del Vermont accadono strane cose: un mafioso morto anni prima appare nella foresta, accompagnato da lupi minacciosi.

Frank e Emma scoprono che l'elemento comune di tutte le vittime di un presunto assassino è quello di avere scampato la morte in precedenza. Frank si preoccupa quando vede, in una visione, una delle vittime al capezzale di Jordan, che è gravemente malata.

Un veterano del Vietnam rapisce la figlia di Peter Watts, per costringere il Millennium Group a confessare i crimini che ha commesso. Frank e Emma si rendono conto che Peter è pronto a sacrificare la figlia pur di non tradire il gruppo e rivelarne i segreti.

Varie persone muoiono a causa di una audiocassetta che provoca fortissime allucinazioni. Frank, sperimentando la cassetta, ha una visione di Catherine. La moglie gli lascia intendere che la sua morte è legata alla vera missione del Millennium Group.

Lucy Butler, da sempre nemica di Frank, ricompare come prima sospettata nel caso dell'omicidio di un uomo politico. La diabolica criminale sembra essere in cerca di vendetta per la morte della figlia.

Frank e Emma investigano sul suicidio di un ex agente dell'FBI. Nonostante Peter Watts neghi un rapporto tra il suicida e il Millennium Group, Frank scopre che l'agente era stato costretto dal gruppo a partecipare a un esperimento nucleare molto pericoloso.

Un gruppo di fanatici religiosi ebrei rapisce una donna incinta col proposito di far nascere un bambino "puro" e costringerlo a diventare il nuovo Messia. L'interesse di Watts per il caso nasconde un coinvolgimento del Millennium Group.

Jordan ha una strana visione nel momento in cui una nuova famiglia giunge nel vicinato. Frank comincia a preoccuparsi quando la figlia si mette nei guai a scuola a causa di un amico immaginario: sembra infatti che i nuovi poteri che sta sviluppando le permettano di vedere le presenze demoniache. Emma intanto, che comincia a provare qualcosa per Frank, vorrebbe aiutarli.

Una ragazza, già accusata di aver ucciso i genitori, scappa da un istituto psichiatrico tenendo in ostaggio un giovane poliziotto. Frank e la sua collega Emma si danno da fare per trovarla, ma nel frattempo il padre di Emma si ammala gravemente.

Emma e Frank indagano sulle misteriose ricerche biologiche condotte da uno scienziato, ex membro del Millennium Group, che ora sta morendo a causa di una malattia sconosciuta.

Frank riceve delle foto scattate con una Polaroid che lo ritraggono morto. Comincia a sospettare che qualcuno stia progettando di ucciderlo, ma le autorità ritengono che egli stia avendo un esaurimento nervoso e lo credono pazzo.

Frank ed Emma indagano su una serie di omicidi di giovani donne avvenuti nella piccola comunità dove Emma ha vissuto da bambina. Grazie ai suoi poteri Frank riesce a rivelare l'identità dell'assassino, sebbene egli non lasci nessuna traccia.

Frank ed Emma si confessano il loro amore reciproco, ma sono messi a dura prova quando Peter Watts offre ad Emma la possibilità di salvare il padre dalla morte in cambio di una collaborazione con il Millennium Group.

L'agente Barry muore e l'FBI ne approfitta per accusare Frank e licenziarlo definitivamente. Emma, Peter e Frank hanno un violentissimo scontro in cui ognuno tenta di capire i rapporti degli altri col gruppo, ma tutto finisce nell'incertezza.