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Dopo essere stato giudicato da una corte marziale, il Maggiore Gus Bonner, veterano dei viaggi attraverso lo Stargate, è costretto ad arginare insieme ad un gruppo di cadetti l'invasione del Comando da parte di un gruppo di alieni Tlak'kahn. Questi ultimi sono alla ricerca di una creatura fuoriuscita da un sarcofago che potrebbe rivelare alcuni misteri degli Antichi.

Intrappolati su di un pianeta giungla, i membri della squadra debbono fare fronte ad una nuova invasione dei Tlak'kahn, mentre cercano di saperne di più sulla creatura contenuta all'interno della crisalide. Bonner scopre con orrore che una precedente missione Stargate potrebbe aver contribuito a diffondere una malattia che ora sta uccidendo la popolazione del pianeta.

La squadra guidata dal Maggiore Bonner arriva in un pianeta caratterizzato dal fango dove i suoi abitanti nutrono una profonda venerazione per una pietra definita la "Guida". Bonner è convinto che il masso potrebbe fornire l'ubicazione del pianeta di origine degli Antichi. I Tlak'khan attaccano nuovamente e i membri della squadra si ritrovano su di un mondo dove lo Stargate non ha alcun potere.

Gus e Ec'co raggiungono il pianeta natale di quest'ultimo e ben presto vengono fatti prigionieri dagli Hrathi. Nel frattempo, una tempesta elettrica manda in corto circuito lo Stargate separando di fatto i due componenti dal resto della squadra. Dopo essersi guadagnati il rispetto degli Hrathi sul campo di battaglia, Bonner e Ec'co provano a scoprire il contenuto di alcuni cristalli che sono stati trovati su di un vascello Tlak'khan.

Gus ed il suo team di cadetti raggiungono un pianeta dove si imbattono in Andy Sheperd, un vecchio elemento del Comando Stargate, che per molti anni è stato fonte di ispirazione per il Maggiore Bonner. Nel nuovo mondo in cui ha deciso di stabilirsi, la parola di Sheperd vale quanto la legge. Vedendo minacciata la sua posizione di privilegio, l'anziano uomo si mette in contatto con i Tlak'khan.

La squadra guidata dal Maggiore Bonner arriva su di un pianeta acquatico dove Harrison può mettere in mostra le sue capacità di nuotatore. Nel frattempo, due cacciatori di taglie incaricati dal Consiglio dei Tlak'khan arrivano sullo stesso mondo e convincono uno degli abitanti a tradire gli umani per poter finalmente catturare Braga.

Dopo essere stata terrorizzata dalla scoperta di una gigantesca ragnatela su di un nuovo pianeta abitato da esseri di forma aracnoide, Stacey reagisce in modo eccessivo e colpisce uno dei nativi, ferendolo gravemente. Ora, la giovane deve subire un processo. Il procedimento viene però interrotto dall'ennesimo attacco perpetrato dai Tlak'khan.

Arrivati su di un nuovo pianeta, i componenti della squadra si adoperano per salvare una piccola creatura dalle grinfie di un predatore alato. Seattle decide di adottare la bestiola e di trattarla come se fosse un animale domestico. Ben presto il cucciolo si trasforma in un gigantesco esemplare di oltre novanta chili che inizia a causare non pochi problemi alla squadra.

La squadra capitanata dal Maggiore Bonner arriva su di un pianeta abitato da mutaforma, gli stessi che hanno permesso ai Tlak'khan di irrompere in massa al Comando Stargate. I componenti del gruppo devono affidarsi alla conoscenza reciproca per stabilire chi sono i loro veri compagni di viaggio e chi invece è il nemico.

L'avidità contagia i cadetti della squadra quando il gruppo atterra su di un pianeta dove viene individuata una miniera di diamanti. Mentre il gruppo lavora all'estrazione del prezioso minerale, Bonner e Draga vengono catturati da alcuni cacciatori di taglie che intendono consegnare i due ai Tlak'khan ed ottenere una lauta ricompensa.

Mentre si trova su di un pianeta insieme con il resto della squadra, Stacey tenta di utilizzare il potere contenuto all'interno di alcune pietre al fine di incrementare la sua forza e la sua agilità fisica. Ben presto, la ragazza inizia a subire gli effetti collaterali delle pietre, dalle quali è divenuta a tutti gli effetti dipendente. Bonner prova ad aiutare la nipote.

Su di un'isola aliena minacciata dall'imminente esplosione di un vulcano, Harrison si imbatte in un giovane che si sta sottoponendo ad un pericoloso rituale di iniziazione al fine di dimostrare il suo valore ed il suo coraggio. Nel frattempo, il Maggiore Bonner prova a convincere il resto della tribù del pericolo che stanno correndo.

Un'intelligentissima inventrice inganna Ec'co al fine di ottenere la tecnologia dei convertitori in mano alla squadra Stargate. Senza i loro potenti mezzi, gli uomini del Maggiore Bonner diventano una preda facile per i Tlak'khan che sono appena sbarcati sul pianeta. Una serie di gigantesche esplosioni salvano i cadetti dai loro predatori.

La squadra arriva su di un pianeta dove tutti gli abitanti sono divenuti schiavi della realtà virtuale. Gli uomini del Maggiore Bonner si incaricano di proteggere questa società da una pericolosa tempesta elettrice prodotta da una serie di eruzioni solari, le quali finiscono con lo scaricare al suolo un considerevole numero di fulmini globulari.

Bonner e i cadetti Stargate arrivano su di un pianeta nel quale si trova un museo alieno interamente dedicato alla storia della Terra. Mentre cerca di saperne di più sull'immenso edificio, il gruppo si ritrova nel bel mezzo di un conflitto armato fra un Napoleone ed un Cesare di natura robotica. Harrison viene catturato e si risveglia nel Colosseo insieme a due leoni.

In un nuovo pianeta, Draga si imbatte negli Otsorok, una razza di creature molto simili a lei. Presa dall'euforia dell'incontro, l'aliena non si accorge che i nuovi amici considerano i suoi compagni di squadra come esseri inferiori. L'arrivo dei Tlak'khan sconvolge la vita tranquilla degli Otsorok e li costringe a fare i conti con un nemico potente quanto loro.

I componenti della squadra si uniscono in una battaglia che vede contrapposti gli abitanti di un pianeta ghiacciato contro i Tlak'khan. Più tardi, Bonner e i suoi scoprono che in quel mondo i loro nemici sono dei pacifici contadini perseguitati ed uccisi dal popolo che hanno deciso di aiutare nello scontro. Il team prova a far fuggire un gruppo di prigionieri.

In un pianeta dove ogni comunicazione è di tipo vocale ed elettronico e sono stati banditi tutti i testi scritti, la squadra Stargate scopre che una cometa sta per abbattersi su di loro. L'unico modo per salvare quel mondo è decifrare uno dei testi antichi che però nessun abitante del pianeta sembra essere in grado di leggere.

La squadra Stargate "prende in prestito" una nave spaziale abbandonata su di un pianeta e decide con essa di dirigersi verso la Terra. Con grande sorpresa, Bonner e i suoi scoprono invece di essere atterrati su Ka'an, il pianeta natale dei loro più acerrimi nemici. Da'Kyll rivendica di fronte al Consiglio dei Tlak'khan la proprietà sui prigionieri.

Su di un pianeta alieno, il Maggiore Bonner decide di prendere contatto con Keri Mason, una vecchia conoscenza del Comando Stargate. La scienziata informa i membri della squadra che il collega Bre-Sal ha messo a punto un dispositivo per la comunicazione telepatica che potrebbe finalmente portare la pace universale. Ma Stacey ha appena sorpreso Bre-Sal insieme con un gruppo di Tlak'khan.

Bonner e i cadetti arrivano su di un mondo dove sembra che la legge in vigore più importante sia quella della moda. Un gruppo di donne mettono in pericolo la loro vita pur di entrare in possesso di una pianta utilizzata come raro e prezioso copricapo. Stacey, Seattle e Harrison decidono di aiutare una di queste ad ottenere l'accessorio tanto in voga.

Dopo aver aiutato il popolo Mardan a sconfiggere le conseguenze di una terribile epidemia, i componenti della squadra Stargate vengono consegnati nelle mani dei Tlak'khan, nei confronti dei quali i Mardan nutrono una profonda venerazione. Ben presto, uno degli alieni realizza quanto i Tlak'khan siano spietati e crudeli e sobilla una vera e propria ribellione.

Su di un pianeta alieno caratterizzato dalla presenza in pianura di pericolose esalazioni sulfuree, la squadra fa amicizia con una razza aliena che per spostarsi si serve di giganteschi rettili alati. Convinto della sua indiscutibile abilità nel volo, Harrison realizza di essere l'unico cadetto a non essere in grado di cavalcare le possenti creature.

Seattle vuole aiutare a tutti i costi il popolo Motai mettendo in piedi un gigantesco impianto di irrigazione utilizzando l'energia di una roccia luminosa rinvenuta nel sottosuolo dell'arido pianeta. Gli eventi prendono ben presto una piega sbagliata e la squadra Stargate è costretta a fronteggiare un'emergenza dalle catastrofiche conseguenze.

Dopo aver permesso ad un gruppo di alieni di dipingere sul suo volto un bellissimo tatuaggio, Stacey scopre che per realizzare il disegno essi hanno utilizzato una pianta contenente un microbo che ben presto inizia a diffondersi in tutto il suo organismo. Per cancellare il tatuaggio, Stacey e suo zio sono costretti ad imbarcarsi in un viaggio pericoloso.

L'ennesimo viaggio attraverso lo Stargate conduce la squadra ad uno scavo archeologico nello Yucatan, sulla Terra, dove da poco è stato scoperto un nuovo portale. L'ufficiale del Comando mandato ad indagare sul ritorno di Bonner è Nephestis, il mutaforma traditore, il quale si mette subito in contatto con i Tlak'khan.