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Usando i dati inviati da Franz Hopper attraverso la rete, Jeremy e Aelita riescono a ricostruire parte di Lyoko: il Settore Cinque.

Jeremy crea una copia digitale di se stesso per andare alla lezione di educazione fisica, così può continuare a lavorare per recuperare William da Lyoko.

Tutta la scuola Kadic è in fermento: il batterista del famoso gruppo rock Subdigital farà visita a scuola!

S'inaugura una sala ricreativa per gli studenti della scuola. La copia di William è eletta supervisore degli studenti.

Jeremy e Aelita hanno quasi ultimato la creazione di una nave digitale in grado di portare i Guerrieri Lyoko nelle profondità del World Wide Web.

Messo sotto pressione dagli impazienti Guerrieri Lyoko, Jeremy accetta di far salpare la nave virtuale Skid per il suo primo viaggio.

XANA prende di mira Jeremy e Aelita con i suoi attacchi. Questo preoccupa Jeremy, visto che gli altri non sanno come usare il Supercomputer da soli.

I Guerrieri Lyoko tornano in missione sul Mare Digitale per esplorare un nuovo mondo virtuale che XANA sembra aver creato ispirandosi a Lyoko.

Jeremy è convinto che il gruppo dei Guerrieri Lyoko abbia bisogno di rimettersi in forma per combattere meglio contro XANA.

Usando un satellite militare, XANA riesce a modificare il percorso di una cometa, che ora rischia di schiantarsi sulla scuola e sulla fabbrica!

Per spiegare gli ecosistemi, la signora Hertz porta tutta la prima superiore a fare una gita in un campeggio su un'isola remota in mezzo a un lago.

Cercando di fare colpo su Milly con uno scoop per il giornale, Hiroki sfoglia il diario personale di sua sorella, sperando di ricavarci qualche segreto.

I Guerrieri Lyoko stanno pianificando una missione "cerca e distruggi" contro il Supercomputer che ha creato la prima Replika.

I nostri eroi tornano al laboratorio nella giungla, determinati a distruggere una volta per tutte il Supercomputer al suo interno.

Durante una missione di routine, Odd prende l'iniziativa di portare Kiwi su Lyoko con lui, contro il volere di Jeremy.

Jeremy è imbarazzato e turbato per via del comportamento sempre più umano del clone di William e ne parla ai suoi amici.

I Guerrieri Lyoko tornano dalle rispettive famiglie per le vacanze invernali, tranne Aelita, il cui passato rimane un capitolo doloroso.

I nostri eroi fanno un altro viaggio alla base militare nel deserto e s'imbattono in una scoperta inquietante. Odd sembra essersi trascinato dietro solo sfortuna.

Grazie a Odd, Jeremy vince un volo sul sedile posteriore di un jet da combattimento. Ma cosa può fare all'interno di un caccia se XANA attacca?

Sissi ospita un'amica di penna islandese bellissima e affascinante, un vero schianto che fa impazzire tutti ragazzi della scuola.

I Guerrieri Lyoko sono stufi di Kiwi, il cane di Odd, e decidono di allontanarlo per due settimane.

Durante un'ispezione a sorpresa nel dormitorio, Odd supplica Yumi di nascondere Kiwi a casa dei suoi genitori. Nel frattempo Jeremy ha trovato un'altra Replika.

Patrick, il cugino di Jeremy, arriva alla scuola Kadic. Il resto dei Guerrieri Lyoko lo trova affascinante, ma Jeremy ha sempre detestato suo cugino.

Stasera è la serata di Aelita: farà la DJ all'apertura del concerto dei Subdigital.

All'Hermitage, Aelita trova una sua foto con Franz Hopper, da cui Jeremy cerca di estrapolare informazioni.

XANA attacca mentre i genitori di Odd sono in visita, utilizzando i telefoni cellulari per renderne i proprietari particolarmente aggressivi.

Mentre Ulrich e Aelita combattono contro un nuovo mostro gigante e indistruttibile, Odd e Yumi sono teletrasportati in una base in Siberia.

I Guerrieri Lyoko tornano in Siberia nel tentativo di liberare finalmente William dalle grinfie di XANA.

Avendo rinunciato a distruggere tutte le Replike, Jeremy concentra di nuovo i suoi sforzi sui sistemi multi agente.

Dopo la loro vittoria contro XANA i nostri eroi si ritrovano per l'ultima volta per spegnere in maniera definitiva il Supercomputer.