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Thomas Veil è un eccellente fotografo. Una sera, dopo aver presenziato alla mostra di alcuni suoi lavori, la sua vita viene scombussolata da una serie di fatti bizzarri: la moglie Alyson vive con un altro uomo e non lo riconosce più, la madre nega di averlo mai visto, il suo migliore amico viene barbaramente ucciso. Veil finisce in un manicomio dove fa la conoscenza del Dottor Bellamy. Dietro a tutto si muove un'organizzazione interessata ad una delle fotografie di Veil chiamata "Hidden Agenda", nella quale è ritratto il momento prima di una esecuzione sulla gogna di quattro uomini col cappuccio.

Credendo che sia il dottor Bellamy, alcuni agenti conducono Veil in una clinica usata dagli uomini della cospirazione ai suoi danni. Qui, Veil deve curare una donna che ha perso la sua identità e la sua famiglia.

Tom rintraccia il veicolo militare della foto in una piccola cittadina della Georgia. Qui rintraccia un poco amichevole soldato che ha un'aquila tatuata sul braccio come quella del militare ritratto nella foto, ed un bimbo di 10 anni che sembra avere delle percezioni su quanto sta accadendo.

Veil viene assoggettato ad un dispositivo che può alterare la mente, il quale gli fa credere di stare vivendo una romantica storia d'amore con una bellissima fotografa. Quest'ultima, dopo la fuga di Veil, viene rapita a sua volta.

Veil arriva in una ridente cittadina chiamata New Phoenix, dove gli abitanti hanno subito il medesimo trattamento, ma si sono uniti in una sorta di utopico sogno collettivo. Qui Thomas diventa amico di Paul, il leader della comunità. Quest'ultima però sembra nascondere un oscuro segreto.

La missione di Thomas Veil continua e coinvolge un popolare show televisivo, che sembra avere molti punti in comune con gli ultimi avvenimenti della vita del fotografo.

Il nuovo lavoro di Thomas, consegna di pizze a domicilio, porta il fotografo ad incontrare Scott, un hacker che vive come un recluso in casa. Scott riunisce Veil e la moglie Alyson nello spazio virtuale.

Continuando le indagini sulle misteriose ricerche del Dottor Bellamy, Veil arriva in una scuola del New England dove aiuta lo sceriffo ad investigare sul sospetto suicidio di uno degli studenti.

Un uomo salva la vita di Veil e lo costringe poi a seguirlo in un viaggio che potrebbe condurre il fotografo a scoprire la verità su quanto sta accadendo intorno a lui.

Veil ritorna nella sua città natale nel Missouri e ritrova, sebbene non felicemente, il padre, che aveva lasciato la famiglia venti anni prima. Ora l'uomo si è ricostruito una nuova vita.

Veil, dopo essere stato colpito da una pallottola, viene soccorso da una donna che vive in una zona rurale della Pennsylvania. Questa si prende cura del fotografo e se ne innamora, nonostante l'opposizione della gente del paese.

Il viaggio di Thomas Veil sembra essere arrivato al capolinea: alcuni agenti del Governo lo convincono ad una riunione di famiglia per Natale con la moglie Alyson e la madre. E gli chiedono di testimoniare contro l'Organizzazione che lo sta perseguitando.

Veil viene contattato da alcuni elementi che appartengono all'organizzazione e costretto ad assassinare Richard Grace, un politico molto influente ed in vista.

Grazie al suo contatto nell' Organizzazione, Veil riesce ad infiltrarsi nella Guardia Americana, un gruppo di attivisti politici, i quali potrebbero essere legati all'esecuzione ritratta nella foto "Hidden Agenda".

Investigando sulla morte di una donna in una clinica del Missouri, Veil scopre l'esistenza di un esperimento legato alla Fontana della giovinezza.

In una cittadina del Colorado, Veil cerca un uomo, la cui figlia Helen ed altri del posto sono convinti essere stato rapito dagli alieni.

In una cittadina dello stato di New York tutti sono entusiasti di una popolare trasmissione televisiva e di un politico, eccetto un insegnante che è appena stato licenziato.

Veil conosce finalmente il suo contatto, il quale però è stato individuato dagli uomini della misteriosa Organizzazione.

Veil arriva nell'Ohio per trovare un collega, il quale potrebbe essere collegato con "Hidden Agenda". Qui, Thomas scopre che un suo "doppio" ha assunto la sua identità ed anche la sua professione.

Veil si ritrova in una proprietà nel deserto, dove un uomo dell'organizzazione lo tortura col ricordo del suo primo amore.

Dopo essere stato aggredito da una gang e privato dei negativi, Veil deve ad ogni costo rintracciare il suo assalitore. Ma quest'ultimo è stato ammazzato ed i negativi sono caduti nelle mani di un agente della misteriosa organizzazione.

Veil, in preda all'insonnia, fa ritorno al manicomio dove tutto è cominciato nove mesi prima. E qui riconosce un medico che in precedenza era stato un paziente di nome JC.

Alyson prova a convincere Thomas che la sua odissea è il frutto di un coma durato tre mesi. Ma il fotografo non crede a questa nuova versione dei fatti.

A Washington, Veil scambia alcune informazioni con il suo nuovo alleato in seno ai federali. Queste riguardano una "super segreta organizzazione" dedita alla sicurezza della nazione.

Veil entra in possesso di un dossier relativo ad un agente federale conosciuto con il nome in codice Gemini. Inoltre scopre che l'esecuzione ritratta nella foto "Hidden Agenda" potrebbe riguardare alcuni membri in vista del Congresso degli Stati Uniti, ora sostituiti con dei "doppi". Le prove conducono Veil in un edificio abbandonato dove egli ritrova delle nuove fotografie. Quando cerca di scambiare le informazioni la sua vita viene nuovamente sconvolta da una ennesima rivelazione: Thomas Veil non è il suo vero nome. Prima del "trattamento" egli era Gemini, l'agente dell'FBI che sta disperatamente cercando.