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L'esercito alieno di Muge Zorbados scaglia una massiccia invasione del pianeta Terra e sbaraglia senza fatica le forze di difesa convenzionali. In difficoltà contro il nemico, l'esercito terrestre chiama a combattere anche i più giovani tra cui i cadetti dell'Accademia Spaziale australiana, ma senza ottenere alcun successo. Nel bel mezzo della battaglia il cadetto Shinobu Fujiwara si accorge che il suo ufficiale di volo, Shapiro Keats, diserta dal suo plotone e decolla verso lo spazio, seguito dalla sua ragazza, il cadetto Sara Yuki. Shinobu abbatte Sara per evitare la sua diserzione ma Shapiro riesce a fuggire. Tornato alla base Shinobu interroga Sara sulle intenzioni di Shapiro ma un attacco a sorpresa delle forze di Muge coglie i militari di sorpresa e Shinobu salva Sara da una pericolosa esplosione. L'accademia è andata distrutta e ogni resistenza sembra ormai inutile. Shinobu Fujiwara riceve nuovi ordini: il cadetto deve recarsi presso una base militare segreta in Giappone, nome in codice Jyusenkitai (Pattuglia Zoodroide). Il giovane riceve le congratulazioni di Sara Yuki prima di partire per il territorio nipponico: egli non sa cosa gli aspetta o quale destino aspetti alla Terra a seguito della terribile invasione aliena ma messi da parte i suoi timori affronta il suo futuro con un motto che diventerà un emblema: "Yatte yaruze!" (Let's go for it!)

Shinobu si reca in Giappone, dove viene accolto dal Generale Igor Ross e dal professor Kotaro Hazuki. Il dossier su Shinobu indica che il ragazzo è dotato quanto spericolato, e spesso ha problemi nei confronti dell'autorità. Hazuki è preoccupato ma Igor è consapevole della scelta fatta sul giovane. Shinobu non nasconde il suo disappunto quando scopre che egli è l'unico cadetto alla base, poichè credeva di essere stato coinvolto in un grande progetto, ma il generale lo riprende impietosamente, ordinandogli di tacere e di preoccuparsi di studiare le specifiche del mezzo che dovrà pilotare, l'Eagle Fighter. Shinobu si ritira nei suoi alloggi, e dopo aver sfogliato un paio di pagine del manuale lo richiude, certo che l'unica cosa da fare per imparare sia quella di pilotare direttamente il caccia. Più tardi Shinobu viene inviato nella sua prima misione come pilota dell'Eagle Fighter per assistere dei ribelli che stanno affrontando l'esercito Muge sul territorio degli Stati Uniti. Il giovane disobbedisce agli ordini e punta direttamente alla base nordamericana degli alieni. Shinobu mette a ferro e a fuoco la base nemica e tutti i caccia alieni sono costretti a ripiegare e inseguire il mezzo solitario che a suo modo è riuscito nell'intento di aiutare i guerriglieri terrestri. Il professore è stupito delle abilità mostrate da Shinobu, convinto che il giovane abbia letto tutto il manuale ma Igor smorza gli entusiasmi: conoscendo la disciplina del pilota è sicuro che egli non l'abbia letto tutto, anche perchè se l'avesse fatto userebbe un'arma letale rimasta ancora inutilizzata. Esauriti i missili, Shinobu finge di essere abbattuto per ingannare i mezzi nemici; uno di essi però non abbocca e insegue il caccia terrestre. A corto di munizioni Shinobu è ormai disperato: la rabbia del pilota però attiva l'arma segreta del mezzo, l'Eagle Fighter in Modalità Bestia Aggressiva (Eagle Fighter's aggressive beast mode) che distrugge facilmente l'unica nave alie

Shapiro Keats è stato catturato dalle forze aliene presenti nell'orbita terrestre, ed è stato trattato e torturato come una spia. L'ufficiale viene portato al cospetto dell'Imperatore Muge ed egli offre i suoi servigi all'Impero di Muge Zorbados, dichiarando di poter ottenere risultati migliori dei tre generali alieni in carica. Shapiro suggerisce di scagliare un attacco a sorpresa ad un deposito segreto di armi situato a Nazca, in Perù. Nel frattempo alla base Jyusenkitai arriva il secondo membro del progetto destinato a pilotare il Land Cougar, Sara Yuki, la ragazza di Shapiro. Quando gli alieni attaccano la base di Nazca il Comando Militare si interroga su come gli alieni potessero conoscere l'ubicazione dell'installazione che doveva essere segreta. Immediatamente Sara realizza che proprio Shapiro le aveva menzionato l'esistenza di tale base, e la ragazza si deve interrogare sulla lealtà del suo ragazzo.Shinobu aveva già dei sospetti a riguardo, e rimane diffidente anche nei confronti della ragazza. I due piloti vengono inviati sul luogo dell'attacco per difendere la base di Nazca; durante la battaglia Sara attiva la Modalità Bestia Aggressiva del Land Cougar e sbaraglia gli aggressori, ma un caccia nemico abbattuto precipita in un deposito di munizioni e causa un'esplosione a catena che distrugge l'intera installazione. Gli alieni hanno avuto successo nel tentativo di indebolire la resistenza nordamericana e Shapiro guadagna i suoi primi favori nei confronti dell'Imperatore Muge.

Masato Shikibu, terzo membro del team, è finalmente giunto alla base nonostante lunghe peripezie. Lui e Shinobu divengono presto amici, accomunati dalla passione per le moto con le quali scorrazzano nei pressi della base. Il generale Igor ordina a Sara di recuperare i compagni, perchè l'esercito di Muge Zorbados sta architettando un altro diabolico piano. Il perfido Shapiro Keats ha congegnato un altro stratagemma per contribuire a sconfiggere i suoi ex compagni terrestri. L'esercito di Muge Zorbados dota le navi di videocamere, capaci di penetrare nel sistema protettivo congegnato da Igor e Hazuki per proteggere una via di rifornimento segreta. Questo percorso viene utilizzato dai mezzi che trasportano il super combustibile impiegato dalle bestie meccaniche della base. Di scorta al convoglio, Masato si accorge dell'espediente del nemico, e i dubbi sul coinvolgimento di Shapiro nelle operazioni aliene divengono delle certezze. Al termine della battaglia si scopre che Masato ha combattuto con una grave contusione, rimediata durante la corsa in moto. Il Generale Igor riesce a scoprirlo ma Shinobu rimane shockato per non essersene accorto e realizza che dovrà essere molto più attento se vorrà diventare un vero leader...

Il nemico sferra un nuovo attacco negli Stati Uniti e la Pattuglia Biodroide, ancora incompleta, deve intervenire. Nel frattempo alla base il generale Igor e il professore portano a termine gli ultimi controlli sull'ultimo mezzo appena completato, il Big Moth, che sarà destinato ad un quarto pilota. La squadra difensiva terrestre semina distruzione fra le forze nemiche mentre un misterioso individuo osserva di nascosto gli eventi, prima di apparire nella loro nave di trasporto. L'instruso si rivela essere Ryo Shiba, un ex compagno di scuola dei tre membri del team, che aveva abbandonato la scena per dedicarsi al perfezionamento delle arti marziali. Ryo diventa il quarto e ultimo membro della Pattuglia, dopo essere stato contattato dal generale Igor per pilotare il Big Moth, grazie alle sue abilità e alla padronanza nelle arti marziali. Poco dopo essere giunti in Giappone gli alieni lanciano un altro attacco: Ryo viene esonerato dall'azione, a causa della sua inesperienza con il suo nuovo mezzo, ma il ragazzo insiste per partecipare. Ryo viene quasi ucciso in battaglia ma grazie alla trasformazione in Modalità Bestia Aggressiva del Big Moth gli invasori vengono sopraffatti.

The CBF is tasked with supporting resistance forces and sets out on a new mission. Out in the field they encounter a local girl named Laura who gets caught in the crossfire.

L'accademia militare dove i 4 piloti della squadra sono stati addestrati viene attaccata dagli alieni. Il generale Igor si interroga sul motivo dell'attacco, visto che l'accademia non ha alcun interesse strategico ed è ormai abbandonata da tempo. Presto però si scopre che nella base c'è ancora un occupante, Ted "Dean" Kaigel, il quale privo di familiari, non ha mai lasciato il suo posto. Il generale concede il permesso alla squadra di intervenire per salvare il compagno, facendo attenzione che non si tratti di una trappola, poichè sembra che gli alieni abbiano compreso il valore affettivo che il posto rapppresenta per la squadra. In effetti si tratta di un'idea di Shapiro, il quale spera di cogliere in fallo il team, utilizzando un drone spia che possa rivelare qualche informazione interessante e magari la loro base segreta. La squadra si sbarazza senza difficoltà del nemico trovato alla base e i ragazzi, una volta a terra, vengono accolti dal loro vecchio compagno. Death Gaia approfitta del momento per attaccare e chiama in gioco tre suoi sottoposti, Gerego, Halcon e Tigore, ognuno al comando di macchine Zeifa speciali. Bistorl è contrario all'incursione, poichè doveva essere solo una missione di spionaggio ma Death Gaia non vuole sentire ragioni. Gli alieni quasi riescono nell'intento di abbattere la Pattuglia Zoodroide ma Dean interviene facendo esplodere delle cisterne di carburante della base che distruggono i tre mostri nemici. Dean compie il suo ultimo gesto estremo tenendo fra le mani la foto del figlio defunto, certo di raggiungerlo presto. L'uomo rimane coinvolto nell'esplosione e la rabbia di Masato scaccia nuovamente gli invasori. Ispezionando la base Ryo scopre il drone spia che viene abbattuto, constatando che si trattava proprio di una trappola crudele, che sfruttava i loro ricordi più belli per i loschi fini degli alieni.

Sara, udendo una ragazzina cantare la canzone "Harmony Love", riconosce il lei Laura Sullivan, la giovane a cui Shinobu tempo fa salvò la vita. Sara la conduce alla base, intrigata e incuriosita dalla favolosa canzone "Harmony Love", la quale fu composta tempo fa da Shapiro proprio per lei. Il Professor Hazuki accoglie la ragazzina, nonostante le reticenze del generale Igor. Nel frattempo l'Impero di Muge Zorbados ha completato la sua occupazione del Nordamerica e si sta preparando a muoversi verso sud, attraverso l'Amazzonia. Shinobu si rende conto che finora l'unica cosa che la squadra è riuscita a fare è rallentare il ritmo di conquista degli alieni. In Amazzonia le truppe di Muge trovano difficoltà con gli animali selvaggi della fitta giungla, che presto identificano come "bestie dell'inferno". Death Gaia crea un gigantesco mezzo tentacolato chiamato Greythus, con il quale intende radere al suolo l'intera foresta pluviale. Il team interviene per affrontare Greythus, e il Big Moth di Ryo giocherà la parte del protagonista.

Un filmato recuperato da un apparecchio alieno riesce a destare l'interesse del generale Igor: sembra che uno sparuto gruppo di guerriglieri peruviani riesca a tenere testa agli invasori extraterrestri. Sembra infatti che in occasione degli attacchi delle truppe di Muge compaia in cielo un misterioso bagliore di luce, capace di ribaltare le sorti della battaglia e respingere gli invasori. La Pattuglia Biodroide viene inviata in Perù, dove incontrano il vecchio guerrigliero Bazuru e Allen, un energumeno che si infatua di Sara. Bazuru racconta che tutto è riconducibile a quanto si narra nella leggenda di un cavaliere, in grado di sconfiggere i nemici delle montagne. Nel frattempo Shapiro elabora una nuova strategia per affrontare i guerriglieri, poichè le sconfitte riportate in quella zona demoralizzano le truppe. Il malvagio ufficiale disperde nella zona montana un terribile virus, che mette in ginocchio gli abitanti della zona. Dai sintomi dei primi contagiati, Shinobu riesce presto a riconoscere il germe poichè, cresciuto sulle montagne giapponesi, da piccolo aveva contratto una malattia molto simile. La situazione è drammatica, poichè i guerriglieri malati devono essere allontanati in meno di due ore, per scongiurarne la morte. Sara, colma di rabbia per la morte di Allen e molti altri, attiva il suo Land Cougar e sconfigge Death Gaia. Durante la battaglia il misterioso bagliore svela la sua natura: si tratta di un caccia supertecnologico, guidato da un misterioso pilota, che si permette di commentare che la Pattuglia Biodroide è ancora lontana dal raggiungere il suo pieno potenziale, riuscendo a irritare non poco il il focoso Shinobu. Il team non riesce a scoprire molto di più sul misterioso personaggio e il generale richiama all'ordine la pattuglia, sentenziando che chiunque sia quel "cavaliere", possiede un armamentario avanzatissimo e che bisognerà saperne qualcosa in più. I guerriglieri infine verranno ricoverati in strutture ospedaliere e Al

Una misteriora meteora sta per precipitare sulla Terra e da attente analisi si rivela essere una gigantesca fortezza mobile. L'obiettivo del corpo volante sembra essere l'osservatorio collocato sul Monte Wilson, un istituto di rilevanza strategica grazie al quale le forze terrestri monitorano lo spazio. La fortezza aliena è stata lanciata direttamente dallo spazio e il generale Death Gaia non sopporta che la sua autorità venga prevaricata, così decide di ostacolarla, salvando così indirettamente la Pattuglia Biodroide, la quale non si era rivelata in grado di fermare il corpo alieno. Il dottor Hazuki, realizzato che la squadra necessiti di incrementare la sua capacità combattiva, rivela che le mecchine guidate dai quattro piloti sono in grado di convertirsi in forma umanoide. Impiegando tale forma la squadra potrà rallentare ma non fermare la fortezza. Shinobu intuisce che la parte inferiore della fortezza non è corazzata come il resto, così Ryo usa il suo Big Moth come ariete contro il corpo volante per sfondarne la base e una raffica di missili da parte degli altri tre membri fa esplodere l'ennesima minaccia aliena.

Granbider è un soldato Muge rimasto ucciso in battaglia ma il cui cervello è stato impiantato in una gigantesca bestia meccanica che sta minacciando una città nei pressi di una base militare che custodisce testate nucleari. Risentito per la codardia mostrata dagli adulti nei confronti del mostro, il giovane John e suoi amici cercano un modo per sistemare loro stessi il nemico alieno che minaccia la terra. Nel frattempo il generale Igor invia sul posto la Pattuglia Biodroide con l'obiettivo di disinnescare le testate nucleari. Il team scopre che ad una testata è stato rimosso il detonatore e le indagini conducono direttamente a John e compagni. Si scopre che il giovane ha realizzato un veicolo-bomba (chiamato "Triceratops") utilizzando il detonatore assieme ad una testata nucleare rubata alla base. Masato comprende lo stato d'animo del giovane, perchè gli ricorda i tempi in cui si ribellava al padre e lascia John con una frase: "Non risvegliare il tuo dinosauro!". Combattendo con Granbider, John cerca di far detonare il Triceratops e sconfiggere il mostro ma il tentativo fallisce. Masato, a bordo del Land Liger, salva la vita di John e il misterioso Cavaliere Nero fa la sua apparizione per salvare Masato. Le scosse della battaglia attivano i missili rimanenti e la squadra si prodiga per salvare la città. Ryo deve abbandonare i compagni per affrontare con il Big Moth il temibile Granbider. Shinobu e Sara devono cercare di allontanare le testate ma è una missione quasi impossibile...

Gli alieni allestiscono una misteriosa installazione tecnologica nel bel mezzo dei deserto del Gobi, in Cina. Il Generale Igor e il professor Hazuki riconoscono che la struttura è identica ad una base terrestre per il disturbo delle comunicazioni nemiche, e questa costituisce un'ulteriore prova del coinvolgimento di Shapiro nelle operazioni aliene. La Pattuglia Biodroide, in missione nel deserto, riesce a penetrare nella base e collocare una bomba all'interno dell'installazione; quando però i quattro escono allo scoperto una brutta sorpresa li aspetta: la squadra viene circondata da uno stormo di caccia nemici, e facendo scattare la meschina trappola aliena. Il nemico utilizza una strategia di attacco concentrico, il "Cerchio della morte", un chiaro marchio di fabbrica di Shapiro. I ragazzi versano in terribile difficoltà e il professore capisce che c'è solo un modo per salvare la squadra: tramite il computer centrale lo scienziato si collega con l'Eagle Fighter e sbloccando un codice segreto inserisce il codice "DANCOUGA". Shinobu percepisce una scossa nella sua energia combattiva mentre i controlli del suo mezzo si bloccano e qualcosa di sconosciuto prende il controllo degli altri tre mezzi...

Ryo strappa dei fili nel suo pannello di controllo, rompendo dei circuiti e ripristinando i controlli individuali di ogni macchina. La mossa tuttavia si rivela estremamente onerosa, e ogni unità si ritrova a corto di energia. I quattro riescono a ripiegare e nascondersi ma sanno che la loro salvezza dipende dal Generale Geral, che devono raggiungere di nascosto per recuperare le capsule di energia. Ryo, sfruttando una mandria di cavalli selvaggi, riesce a riunirsi al suo ufficiale di collegamento. Ormai convinta che Shapiro è vivo ed è coinvolto con gli alieni, Sara decide di uscire allo scoperto e mostrarsi al nemico, speranzosa che il ragazzo amato possa arrendersi, ma quasi viene uccisa per mano della perfida Luna Rossa; solo l'intervento di Shinobu salva la ragazza, che ormai ha avuto la sua risposta. Il capitano Geral e il suo assistente Chris assicurano le celle di energia sui cavalli, ma è chiaro che la mandria diventa un facile obiettivo. Ryo sa che deve rischiare, e si lancia sulla via del ritorno. Geral riconosce l'eroismo del giovane e non riesce ad essere da meno: lasciate le consegne all'aiutante, il Capitano decolla con la nave da trasporto, attirandosi il fuoco nemico, distraendolo dall'obiettivo primario. L'espediente ha successo ma Geral perde la vita. Il sacrificio dell'ufficiale non risulta vano perchè Ryo riesce a raggiungere i compagni con le capsule di energia. Shinobu, disperato per la notizia della morte di Geral, si infuria come non mai e attiva nuovamente il sistema DANCOUGA. Questa volta il processo di unione e trasformazione non fallisce e nasce il grande robot Dancougar. In un battito di ciglia le unità nemiche vengono spazzate via dalla tremenda forza del nuovo combattente; Death Gaia compare sul campo di battaglia con il suo Death Girome, ma Dancougar lo distrugge con un solo pugno, ben assestato. Death Gaia è costretto alla fuga e Shinobu, sorpreso quanto il suo nemico, esclama: "E' questo il vero potere di Dancougar?"

As Death Gaia leaves the Zorbados army, he looks back on his successful tactics and missions.

The CBF is sent into a battle zone but arrives too late. The entire army has been wiped out with no signs they even left a scratch on the enemy forces. Then, in the rubble, they find a lone survivor.

An allied force, "CBF Rescue and Recovery," is found wiped out. As the Cyber-Beast Force investigates, Sara finds a strange flower which causes bizarre side-effects.

The Zorbados army plays on a town's superstitions to make them believe they are God. Amidst the chaos, a pair of children befriend an unexpected ally.

An entire town is caught in the Muge Empire's mind control and forced to believe they're at peace to further the enemy army's ambitions.

The alien army has captured the President of Europe! The CBF has 12 hours to rescue him before he is forced to make a televised statement that could cause a sway in the entire resistance force.

The Black Knight shows up again to give Shinobu and the others unsolicited advice. Later, the CBF receives a request from the European Union and deploy to the West 35th Fortress.

The CBF is saved from a dire situation by the Black Knight, but rather than feeling gratitude, Shinobu is ready to pick a fight. He meets with the knight to demand his true identity.

Emperor Muge is displeased with Gildorome's latest failure. General Helmut takes over his command and finds intel that will prove devastating to the CBF.

The intense battle between Dancouga and General Helmut's forces continue. In their weakened state, the CBF Headquarters is threatened.

Sara's mental energy is completely expended from the last battle. As she lays unconscious in the sick bay, the team looks back on past events.

Gundor needs to restore its energy reserves before the CBF can launch a decisive attack on the enemy army. Doctor Hazuki works out a plan to help Sara get back into fighting shape.

The enemy army has completed their moon base. In order to take the Zorbados army down once and for all, Shinobu has one request for Dr. Hazuki: "Make Dancouga fly!"

Sara's father, Takeru Yuki, and a Data Officer who has been assisting the Earth army, Colonel Kayama, have been captured and are being held on the Izu Peninsula. The CBF is sent out on a rescue mission.

The team prepares for their final departure to the moon. The Zorbados army anticipates their attack and is on high alert.

Following the loss of the moon base, Shapiro and Luna fight between themselves. Amidst the chaos, General Gildorome approaches Emperor Muge to rejoin the fight.

The CBF pursues a fleeing Shapiro. After an encounter with Shapiro in a Martian cave, Sara heads straight into enemy territory to take down Shapiro once and for all.

Shapiro is defeated, and the enemy army's asteroid base is destroyed. As the Dragon's energy reserves begin to dwindle, the CBF readies Gundor and prepares for a final encounter on the alien homeworld.