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Sua Eccellenza Il Palazzo vuole sterminare il mondo dei manga, così ordina ad Excel di iniziare uccidendo Koshi Rikdo, ma la ragazza é contrastata dall'intervento della sua coscienza.

Across ha un nuovo rivale per il suo piano di dominazione del mondo, un'invasione in arrivo da Marte. C'è solo una persona abbastanza energica e folle per fermarla, Excel.

Essendo stata catturata dall'esercito dopo essere finita in una zona di guerra, Excel si trova intrappolata nella tortura peggiore di sempre: far parte di un film d'azione di serie b. Intanto Il Palazzo manda la nuova agente Hyatt a cercare Excel.

Quando Il Palazzo inizia a giocare a un videogioco di appuntamenti, inizia a realizzare che le scelte del gioco colpiscono nella vita reale Watanabe mentre cerca di passare del tempo con la sua nuova vicina Hyatt.

Per scoprire quanto sono corrotti gli ufficiali della Città F, Excel e Hyatt si infiltrano nel municipio, dove si ritrovano invischiate in un mare di cose subdole, ingannevoli e folli.

Quando Il Palazzo manda Excel e Hyatt in missione per ottenere più risorse per l'Across, le due si ritrovano nelle montagne innevate. Intanto Watanabe, Iwata e Sumiyoshi iniziano il loro addestramento per funzionari statali.

Quando Watanabe e i suoi vengono mandati a controllare le fogne vicino alla base dell'Across, Il Palazzo manda Excel e Hyatt ad occuparsi degli intrusi.

In una puntata in cui compaiono solo donne, Excel e Hyatt vanno in piscina accompagnate dalla loro piccola vicina Cosette. Ma la bambina sembra nascondere un segreto.

Quando Il Palazzo ordina a Excel e Hyatt di controllare le masse attraverso lo sport più popolare, le due finiscono a lavorare in un Bowling, che viene preso d'assalto da un terrorista di mezza età fanatico del bowling.

Frattaglia riesce finalmente a scappare dalla casa di Excel e si avventura alla ricerca del suo vecchio padrone, un gentile anziano. Durante il suo cammino incontra un gruppo di cani randagi, che decidono di aiutarlo.

Il futuro é grigio per via della cattiva educazione dei giovani, così Il Palazzo manda Excel e Hyatt a lavorare come insegnanti, ma le due finiscono per allenare il club di baseball della scuola.

Avendo deciso che i suoi impiegati hanno bisogno di allenamento extra, Kababu manda Watanabe e gli altri a lavorare come detective. Intanto Excel ha qualche problema quando Hyatt viene presa in ostaggio da dei rapinatori.

In questo episodio riassuntivo, realizzato per far riposare i produttori, Excel e Hyatt competono con le loro squadre. I giudici che decideranno il vincitore sono: Kababu, Pedro, Frattaglia, Nabeshin e la Grande Volontà del Grande Universo.

Per cercare di aumentare l'audience, gli autori di Excel Saga introducono un nuovo personaggio: l'androide Ropponmatsu, che viene assegnata all'ufficio per la sicurezza e la garanzia ambientale.

Iwata cerca di sopportare Ropponmatsu 2, una fastidiosa e carina versione dell'originale Ropponmatsu. Excel e Hyatt riprovano la loro precedente missione, questa volta con un robot gigante.

Dopo essere state distrutte nello scorso episodio, delle nuove copie di Ropponmatsu 1 e 2 vengono consegnate all'appartamento di Watanabe. Ma per errore, Excel e Hyatt attivano i nuovi modelli, che immediatamente diventano attratte da loro.

In una missione per investigare sulla situazione in America, Excel e Hyatt incontrano Sandro, il figlio di Pedro, che lavora come animatore per supportare sua madre.

Disperati per altro materiale, i produttori prendono il vecchio prodotto di Koshi Rikdo, Daitenjin. I ruoli degli eroi vengono affidati a Watanabe, Iwata, Sumiyoshi, Matsuya e le due Ropponmatsu, che formano la squadra comunal-combattente Daitenjin.

Mentre Excel e Hyatt sono fuori città in missione, Frattaglia riesce a scappare di nuovo ed incontra Ann Anzai, una giovane ragazza che deve girare il mondo in 80 ore per ottenere l'eredità di suo nonno.

In questo episodio, mentre Excel e Hyatt si trovano a bere in un bar, viene mostrato quello che é successo a Pedro a partire dal primo episodio. Inoltre Nabeshin ha preparato un nuovo filmato che mostra il seguito con la lotta tra Pedro e Quell'Uomo.

Il quartier generale dell'Across manda a Il Palazzo Key, un agente di un'altra sede, per consegnare un importante messaggio. Ma Key una volta arrivato non riesce a cantarlo perché privo dell'ispirazione.

Il Palazzo, stanco dei continui fallimenti di Excel, le comunica che non farà parte della prossima missione, che verrà svolta solo da Hyatt. Ma Hyatt viene rapita da un'astronave di Puchuu che vuole impedire la distruzione della terra da parte di loro simili.

La Città F é ormai solo un deserto e gli unici sopravvissuti vengono attaccati da bande di teppisti. L'unica persona in grado di fermarli é Excel, con la sua arte marziale Across.

Excel viene ritrovata dai membri dell'Ufficio sicurezza e garanzia ambientale, ma ha perso la memoria. Intanto Il Palazzo ha una crisi di identità.

I membri dell'Ufficio per la sicurezza e garanzia ambientale riesce ad infiltrarsi nella base dell'Across, mentre Excel cerca di recuperare la memoria e fermare la distruzione della città.

In questo episodio in cui vengono superati i confini del buon gusto Excel e Hyatt si scambiano i corpi, Cosette ritorna per poi incontrare il dottor Shioji, mentre Watanabe cerca di dichiararsi ad Hyatt.