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Questo episodio introduce gli aspetti e le regole di base del Duello Turbo, del Mondo della Velocità e dei nuovi mostri Synchro e Tuner. Rally dà a Yusei un chip rubato per aggiornare il suo Duel Runner, ma sono braccati dalle forze di sicurezza. Yusei allontana i loro inseguitori e viene trascinato in un Duello Turbo contro Trudge, uno degli ufficiali della Sicurezza.

Yusei riflette sulla sua battaglia passata con Jack, giurando di riconquistare la sua carta Stardust Dragon che Jack gli ha tolto. Più tardi, Tank, Nervin e Blitz vengono sfidati da un gruppo di teppisti, guidati da una persona di nome Uryu. Yusei interviene per aiutare i suoi amici e finisce in un duello contro Uryu con il suo Duel Runner in gioco.

Yusei riflette sulla sua battaglia passata con Jack, giurando di riconquistare la sua carta Stardust Dragon che Jack gli ha tolto. Più tardi, Tank, Nervin e Blitz vengono sfidati da un gruppo di teppisti, guidati da una persona di nome Uryu. Yusei interviene per aiutare i suoi amici e finisce in un duello contro Uryu con il suo Duel Runner in gioco

Yusei, intenzionato a riconquistare il suo Drago di Stardust, incontra Jack e lo sfida a un Duello Turbo. La battaglia inizia nell'ormai deserto Duel Stadium. Yusei si trova ad affrontare non solo il temibile Arcidemone Drago Rosso, ma anche il suo stesso Drago di Stardust che Jack ha piazzato nel suo mazzo.

La battaglia tra Yusei e Jack continua, con Yusei che finalmente riprende il controllo di Stardust Dragon. Sia Yusei che Jack bruciano le braccia di Yusei e Jack mentre Stardust e l'Arcidemone Drago Rosso si scontrano, ed entrambe le loro voglie a forma di drago iniziano a risplendere. Un terzo Drago appare nel cielo, rosso fuoco. Il duello si conclude senza vincitori e con la comparsa delle forze di sicurezza di New Domino City.

Yusei viene arrestato e spedito in un centro di detenzione, dove incontra un vecchio di nome Yanagi, che duella usando quello che lui chiama il suo mazzo "Tesoro nascosto". Yanagi si scontra con un altro prigioniero, Bolt Tanner - e in breve tempo si rivela essere un pessimo duellante. Sebbene manchi di abilità, tiene ancora molto alle sue carte, cosa con cui Yusei può avere a che fare. Nel frattempo, Goodwin passa in rassegna il duello di Jack con Yusei, e scopre che, se non fossero stati interrotti dalla comparsa del Drago Cremisi, Jack sarebbe stato sconfitto.

Yusei ne ha abbastanza di sentire Tanner che si prende gioco delle carte di Yanagi e delle sue abilità da duellante, così prende il mazzo di Yanagi e sfida Tanner a duello, con grande sorpresa di tutti, visto che Yusei non sta duellando con le sue solite carte. Yusei vuole insegnare a Tanner che ogni mazzo ha una strategia vincente, indipendentemente dal suo valore per gli altri. Goodwin rivela a Jack la leggenda del Popolo delle Stelle, dei Signers e del Drago Cremisi.

Yusei viene interrogato per avere informazioni sul suo Marchio del Drago, e Goodwin viene al centro di detenzione per parlare ulteriormente con lui. Yanagi dice a Yusei cosa sa dei Signers e dei cinque draghi, e sospetta che il Drago di Stardust di Yusei possa essere uno dei cinque. Nel frattempo Jack duella di nuovo con Hunter, ma è fuori gioco dopo la sua sconfitta contro Yusei.

Yusei viene trasferito in un'altra cella, lontano da Yanagi. Il suo nuovo compagno di cella, Alex, progetta di fuggire e si offre di portare Yusei con sé, ma si rifiuta di andarsene senza Yanagi e Tanner. Nel frattempo Armstrong tormenta Tanner, e Yusei finisce in un duello contro di lui, usando un mazzo costruito con carte preziose che gli sono state date da tutti gli altri prigionieri.

Yusei è intrappolato nella trappola di Armstrong - non solo è costretto a scartare dieci carte ad ogni turno, ma ogni Life Point perso fornisce anche una dolorosa scossa elettrica. Armstrong ha disattivato la corrente elettrica al suo Duel Disk, e quindi non sente alcun dolore, finché Alex non irrompe nella sala di controllo. Riprende a scorrere la corrente, ma Armstrong si rialza e continua ad andare avanti. Nonostante le probabilità schiaccianti, Yusei riesce a cavarsela e a vincere il duello. Gli è permesso di lasciare la prigione.

Anche se ora è fuori dal centro di detenzione, Yusei ha notato che è seguito dagli agenti di Goodwin. Per fortuna, viene preso da un ex duellante di nome Blister, l'uomo che Tanner gli ha detto che potrebbe aiutarlo a recuperare il suo Duel Runner e il suo mazzo di duelli. Dopo aver scoperto il passato di Blister, Yusei si infiltra nella torre di Goodwin e recupera finalmente il suo Duel Runner e il suo mazzo da duello, ma non prima che Trudge si faccia vivo e lo sfidi a un altro Turbo Duel.

Yusei continua ad evitare i brutali attacchi diretti di Trudge mentre cerca di fuggire con l'aiuto di Bliser, ma da lì le cose si fanno più difficili. Nonostante il pericolo, Yusei decide di ripristinare la fiducia di Blister nei legami con le altre persone. Quando Trudge fa uscire Goyo Guardian, Yusei mette a punto quattro dei suoi deboli mostri per evocare Turbo Warrior.

Yusei riesce a fuggire dalla polizia, ma si schianta con il suo Duel Runner e perde i sensi. Quando si sveglia, è stato salvato e nascosto alla polizia dai duellanti gemelli Leo e Luna, che vivono nella zona di Tops a New Domino City. Rallegrato di vedere che Yusei sta bene, Leo gli chiede un amichevole mazzo Junk di Yusei contro il mazzo Morphtronic di Leo.

Mentre si prepara per la Fortune Cup con Blister, Yusei si riunisce con Tanner e Yanagi. Mentre si preparano a testare il mazzo di Yusei, si confrontano con Jack, che restituisce il Drago di Stardust a Yusei. Più tardi, Leo racconta loro di un duellante chiamato la Strega della Rosa Nera. Quando appare davanti a loro, il Marchio del Drago sul braccio di Yusei comincia a reagire.

La Fortune Cup è ufficialmente iniziata e il primo duello si è svolto contro Leo, che si è travestito da sua sorella Luna, che non ha voluto partecipare. I mostri delle macchine aeronautiche di Krieger stanno dando del filo da torcere ai mostri Morphtronic di Leo. Intanto Zigzix, lo scienziato di Goodwin, mette alla prova la sua ultima invenzione: un dispositivo che rileva le attività dei firmatari. Ma Leo non ne è influenzato, mentre Luna lo è. Leo perde il duello e Zigzix scopre che Luna era sugli spalti durante il duello.

Il prossimo duello nella Fortune Cup prevede Gill de Randsborg contro Akiza. Randsborg ha imparato da Goodwin e Lazar che Akiza è la Rosa Nera. All'inizio, i suoi mostri livellati da Cavaliere Mascherato sembrano dargli un chiaro vantaggio, fino a quando Akiza lascia che tutti nello stadio siano testimoni dei pericoli dei suoi mostri vegetali, della sua carta degli incantesimi sul campo e, infine, del suo Drago Rosa Nera.

Il prossimo nella Fortune Cup è un duello di equitazione tra Yusei e un misterioso duellante con il mantello chiamato Shira, ma con sorpresa di Yusei e Jack, lo sfidante è in realtà Hunter Pace che ha preso il posto della vera Shira e si è travestito poco prima dell'inizio del duello. Yusei deve ora affrontare il mazzo di Pace pieno di potenti mostri di Fuoco, un mazzo migliorato che Pace ha pianificato di usare più tardi contro Jack.

Il primo turno della Fortune Cup è finito, ma Rex Goodwin sta tenendo una partita di consolazione, che si oppone al professor Frank contro la vera Luna, con grande disappunto di Leo. Non solo Luna è riluttante al duello, ma il duello stesso è programmato per scoprire le capacità di Luna come firmatario. Inoltre, il professor Frank fa un discorso commovente che manda Luna in uno stato di trance, sconvolgendo le sue capacità di duello.

Luna si impegna in un duello con il professor Frank quando sente una voce misteriosa che dice: "Hai detto... che avresti protetto il mondo degli spiriti dei Mostri Duellanti. "Poi, la voce prende forma sotto forma di Antica Fata Drago". Ora, Luna deve prendere tutto il suo coraggio e la sua abilità a portata di mano per sconfiggere l'asso nella manica del professor Frank.

Il primo giorno della Fortune Cup volge al termine. L'attenzione del pubblico è rivolta all'immagine di Krieger, che domani affronterà Yusei. Come dice Tanner che si chiede che tipo di Duel Runner Krieger usi, qualcosa viene in mente a Leo, facendolo allontanare.

Krieger convoca con successo Flying Fortress SKY FIRE e usa il suo effetto per impedire a Yusei di giocare bene le sue carte. Quello che Yusei non sa è che Krieger ritiene Goodwin responsabile della distruzione del suo villaggio natale.

Il secondo turno della finale vede Akiza contro il comandante Koda. Koda ha ricevuto l'ordine da Goodwin di esporre Akiza come firmatario, cosa che non ha funzionato nell'ultimo duello di Akiza. Inoltre, Koda può esporre il passato dei suoi avversari per metterli fuori gioco. Non ci vuole molto a smascherare la fastidiosa reputazione di Akiza come la Rosa Nera, risvegliando ad Akiza ricordi dolorosi.

Prima dell'inizio dei turni finali della Fortune Cup, Yusei si confronta e interroga Akiza all'interno di un passaggio interno dello Stadio dei Duelli sul perché chiama il Marchio del Drago "Marchio del Drago". A questa domanda risponde con rabbia che lei odia e detesta la persona che porta un marchio di nascita. Inoltre, mentre si arrabbia, Akiza sente che qualcosa rimane nascosto dentro di lei. Yusei, che è pieno di dubbi, inizia il suo Duello con Akiza.

Il duello tra Yusei e Akiza continua, e Akiza prende rapidamente il sopravvento. Yusei, da parte sua, riesce a mettere una buona difesa contro i mostri vegetali di Akiza, ma nota anche che Akiza prova un piacere immenso nell'attaccarlo senza pietà.

Yusei vince la sua partita contro Akiza, ma è riluttante perché non può aiutarla come vorrebbe. Poi si precipita alla torre di Goodwin per salvare i suoi amici, ma quello che trova è Jack insieme a Goodwin, e spiega come è cominciata la sua rivalità con Yusei. Poco dopo si svolge il duello finale tra Jack e Yusei, e con sorpresa di Yusei, i suoi amici di Satellite sono sani e salvi, liberati dal container che serviva da prigione a Satellite, e tutti guardano Yusei mentre duella.

Le finali della Fortune Cup continuano mentre Yusei convoca Stardust Dragon per combattere l'Arcidemone del Drago Rosso di Jack. Mentre la battaglia prosegue, il Drago Cremisi appare e Goodwin, rivelando di essere il quinto firmatario e di avere un braccio mozzato in un carro armato con il Marchio del firmatario finale, mostra a Yusei, Jack, Akiza e Luna bizzarre visioni del Popolo delle Stelle e del futuro di New Domino City, che vengono inghiottite da un geoglifo di fuoco a forma di ragno.

Dopo la vittoria su Jack nella Fortune Cup, Yusei viene nominato il nuovo Re dei Duelli. Mentre Yanagi informa la banda dei Signers e dei Dragon Birthmarks, Yusei viene sfidato da un uomo misterioso con una voglia a forma di ragno sul braccio che riesce a trasformare il duello in un Duello delle Ombre. Yusei è sorpreso di scoprire che il suo avversario ha un nuovo temibile tipo di mostro, un Mostro Oscuro Synchro. Nel frattempo, un reporter di nome Carly cerca di ottenere lo scoop sul nuovo Re dei Duelli.

Nonostante le difficoltà causate dal Dark Synchro Monster, Yusei riesce a vincere il suo duello contro il Dark Signer. Tuttavia, dopo il duello, il suo avversario non ha alcun ricordo di ciò che è accaduto e non ha più la voglia o i Mostri del Sincro Oscuro nel suo mazzo. Si scopre che i ragni vengono usati per controllare le persone, uno dei quali si dirige verso l'ospedale dove Jack si sta riprendendo. Trudge arriva per riportare Yusei al Satellite, e Yusei decide di andare, con l'intenzione di ottenere la verità da Goodwin.

Dopo il suo rilascio dalla sicurezza, Carly partecipa a un evento per la prima volta e incontra una modella di nome Misty, che prevede la sua morte. Quando Angela, una giornalista rivale, rivela che Jack è nato nel satellite, Carly decide di infiltrarsi nell'ospedale per intervistare Jack. In quel momento, un ragno Dark Signer possiede Trudge e sfida Jack, che sta cercando di lasciare l'ospedale, a duello. Incapace di usare il suo braccio destro fratturato, Jack decide di usare Carly come braccio. Vincono il duello, ma Jack si indebolisce e chiede a Carly di tirarlo fuori di lì senza che nessuno se ne accorga. Nel frattempo, Goodwin mostra a Yusei la verità.

Un ribelle del Satellite di nome Crow ruba diversi mazzi per i suoi amici. Viene costretto in un duello dalla Sicurezza, ma riesce a batterli con un colpo solo. Mentre Goodwin dice a Yusei la verità su Signers e Dark Signers, Luna ha incubi che coinvolgono i draghi. Mina e Trudge si presentano a casa di Carly dove trovano Jack, ma lui si rifiuta di andare con loro. Yusei viene poi rimandato al Satellite dove Crow lo aspetta.

Dopo aver raggiunto l'altro e essersi riuniti con Rally e co, Yusei e Crow sono costretti ad un Turbo Duello con la sicurezza utilizzando le regole del Tag Duel. Nel frattempo, Carly accompagna Jack in giro per la città mentre Mina e Trudge lo seguono. Jack ricorda la sua vita nel Satellite e gli amici che ha tradito. Seguendo alcuni consigli di Carly, decide di seguire la sua strada.

Rally e amici si incontrano con Yusei e Crow al loro nascondiglio, dove Crow racconta una storia sull'uomo che ha costruito il ponte Dedalo. Più tardi quella notte, mentre Yusei e Crow cercano il luogo dove si trova il Dark Signer, Kalin, un loro ex amico, invia un segnale di Dark birthmark, avvisando Yusei e gli altri Signers. Jack e Carly sono accompagnati da Mina nel luogo in cui si trova Yusei, dove Carly viene a sapere che Yusei è nato a Tops e che i suoi genitori sono stati coinvolti nell'incidente dell'Inversione Zero. Kalin fa la sua apparizione, intrappolando Yusei in un geoglifo a forma di linea di Nazca gigante e costringendolo a un Dark Turbo Duel.

Mentre si preparano al suo duello contro Kalin, Yusei, Crow e Jack ricordano quando facevano tutti parte di una banda di duellanti, gli Enforcers, che duellavano di notte con le bande rivali. Il duello inizia e Yusei prende un duro attacco a causa degli effetti del duello delle ombre, che sembra essere più pericoloso nel Turbo Duel.

Kalin convoca il suo Cento Occhio Drago, un mostro di livello -8 Dark Synchro, causando una vera e propria minaccia per Yusei. Yusei ricorda ancora una volta i suoi giorni negli Enforcers, e ricorda come Kalin gli ha salvato la vita. Quando viene quasi bruciato tra le fiamme della barriera oscura, Yusei ricorda anche quando Kalin ha ucciso un membro della Sicurezza e come la lotta tra loro abbia scatenato l'odio di Kalin nei confronti di Yusei.

Yusei sconfigge il Drago Cento Occhi usando il Drago di Stardust, ma Kalin evoca un potente mostro, un Immortale Terrestre, chiamato 'Ccapac Apu', usando le anime di tutti gli abitanti di Satellite catturati, senza essere scalfito dagli attacchi di Mostri, Incantesimi o Trappole. Prima che possa attaccare, il Duel Runner di Yusei cede e si schianta, ponendo fine al duello. Tuttavia, Yusei viene colpito da un frammento nell'addome e viene portato da un medico locale in Satellite da Crow. Nel frattempo, gli amici di Yusei cercano di recuperare il suo Duel Runner rotto mentre tengono lontani i ladri di Satellite.

Mentre Yusei si riprende dall'operazione, Leo presume che sia il quinto firmatario da quando il suo mostro, Power Tool Dragon, è apparso nel sogno di Luna. Gli viene l'idea di reclutare Akiza per combattere i Dark Signers e va con Luna, Tanner e Yanagi a visitare Sayer per vederla. Tuttavia Sayer li anestetizza, e ha un suo piano per reclutare Luna nel Movimento Arcadia, rinchiudere Tanner e Yanagi e costringere Leo a un duello con la sorella a rischio, perché se perde Luna rimarrà e diventerà membro del Movimento Arcadia, mentre Luna starà a guardare con Akiza. Leo prende temporaneamente il sopravvento convocando il Power Tool Dragon, ma viene poi sconfitto dal Mostro Synchro di Sayer e rimane incosciente.

Jack decide di tornare con Mina in città per recuperare il suo Duel Runner. Pensa che sia troppo pericoloso per Carly farsi coinvolgere, ma promette di dirle tutto quando sarà tutto finito. Carly, volendo mantenere il contatto con Jack, decide di indagare su Akiza e sul Movimento Arcadia, scopre che Misty è in qualche modo legata a loro e va ad incontrarla. Rivela che Akiza è apparentemente responsabile della morte del fratello minore.

New Domino City è scossa da un terremoto mentre un nuovo geoglifo viene incendiato. Con sorpresa di Sayer, qualcuno si presenta nel suo ufficio: Carly, viva... e in veste di Dark Signer. Sfida Sayer a un Duello delle Ombre per vendicarsi, e Sayer è scioccato dalle abilità dei suoi nuovi mostri. Notando i geoglifi, Jack si dirige verso l'azione, essendo quasi inghiottito dalle fiamme nel processo. Nel frattempo, Akiza viene avvicinata da Misty, che la sfida a duello, anche lei in veste di oscura firmataria.

Durante il loro duello, Misty informa Akiza di essere responsabile della morte del fratello, che Akiza nega. Tanner e Yanagi salvano Luna e Leo dalla loro prigionia e scoprono i due duellanti lungo la strada. Una barriera proveniente dalla voglia di Luna protegge gli altri, poiché innumerevoli anime vengono sacrificate quando Misty convoca il suo Immortale terrestre, Ccarayhua.

Akiza viene portata in ospedale dove i suoi genitori, Hideo e Setsuka, si incontrano con Jack, Leo e Luna. Jack dice loro che l'unico che può salvare Akiza è Yusei, così Hideo si reca su Satellite per parlare con lui. Gli dice che quando Akiza era giovane, non poteva passare del tempo con lei a causa del lavoro.

Sopportando il dolore degli attacchi di Akiza, Yusei convoca il Drago di Stardust per affrontare il Drago Rosa Nera e raggiungere il suo cuore. Ancora ferita dalla perdita di Sayer, Akiza scatena la sua piena potenza e indebolisce costantemente il Drago Stardust. Mentre Yusei viene colpito da altri attacchi, Hideo interviene per proteggerlo e cercare di raggiungere Akiza, subendo qualche danno nel tentativo.

Prima di visitare Goodwin, Mina mostra ad Akiza la vera natura del Movimento Arcadia, mostrando come si sono svolti esperimenti su bambini piccoli per far crescere i Duellanti Psichici. Yusei, Jack, Akiza, Luna e Leo vanno da Goodwin per scoprire la verità. Goodwin quasi nega l'ingresso a Leo, dato che non è un Firmatario, ma Luna insiste perché resti con loro.

I Signers contemplano ciò che Goodwin aveva detto loro. Yusei si sente in colpa per il fatto che Kalin sia diventato un Dark Signer, ma Jack gli dà un pugno nello stomaco e lo affronta per dargli un po' di buon senso Yusei poi risponde con un pugno. Leo è riluttante ad unirsi a Luna per andare al Satellite, dato che la sua battaglia con Sayer ha dimostrato che non era un degno eroe.

Crow riesce a riguadagnare terreno nel suo duello contro Lazar con il suo mostro, Black Feather Arms Wing, ma proprio in quel momento, una luce viola brilla dal Reattore Enerdy originale all'interno di un cratere su cui Lazar stava indagando, e una nebbia nera inizia ad avvolgere Satellite. Mentre Lazar riesce a fuggire, Crow viene catturato dalla nebbia e scompare, insieme a diversi cittadini di Satellite.

Mentre vola verso il satellite Akiza chiede del padre di Yusei e Mina spiega a tutti cosa ha fatto suo padre. Spiega anche cosa è successo 17 anni fa e che Yusei è nato in città. Yusei, Jack, Akiza, Leo, Luna, Mina e Trudge arrivano a casa di Martha dove lei e Blister stanno aspettando. Martha informa tutti che Crow, Rally e gli altri sono scomparsi e offre a tutti un pasto. Poi Yusei risponde alla domanda di Martha se la ragazza che è seduta lì a tavola è Akiza e poi Martha dichiara di averla salvata.

Mentre Roman si prepara per la sua evocazione immortale terrestre, Yusei fa del suo meglio per rimandare e Martha e Trudge si affrettano a salvare i ragazzi. Tuttavia, Roman accelera il processo ed è in grado di evocare il suo Immortale Terrestre, Uru. Per fortuna, Jack arriva in tempo e forma una barriera intorno ai ragazzi per impedire che le loro anime vengano sacrificate. Roman rivela allora che non solo era un assistente del padre di Yusei, ma è anche il fratello di Goodwin e il responsabile dell'incidente dell'Inversione Zero. Yusei riesce a sviare un colpo dall'attacco di Uru, ma colpisce un edificio in cui si nascondono Taka, Martha e Trudge.

I Dark Signers si presentano per deridere i Signers dopo il duello di Yusei con Roman. Devack si presenta e rivela di essere in possesso di Ancient Fairy Dragon e sfida Luna a venire a prenderlo. Roman annuncia che i loro duelli si svolgeranno presso le quattro stelle del destino. Mentre li insegue, Jack scopre che uno dei Dark Signers è Carly, che gli dice di trovarla se vuole sapere cosa è successo.

Quando Luna raggiunge una città nel Regno degli Spiriti, si accorge che i suoi abitanti corrono spaventati e che la gravità si comporta in modo strano. Viene scoperta da un gruppo di soldati scimmia, che imprigionano i suoi spiriti di carta in tavolette di pietra con i livelli negativi. Viene salvata da un giovane mago di nome Torunka, che decide di aiutare Luna a trovare Regolo, la serva di cui parlava il Drago Fata Antica.

Mentre Luna e Torunka riescono a trovare Regulus, Luna si accorge che sente il contrario di quello che dice Luna e diventando diffidente nei suoi confronti, ma quando Regulus si accorge che è un Firmatario, decide di aiutarli.

Il piano di Luna per liberare l'Antica Fata del Drago è ostacolato quando viene rivelato il Minus Staff che portava con sé, facendo sì che Torunka sveli accidentalmente i loro piani. Regulus riesce a distruggere Zeman, che viene contemporaneamente distrutto da Leone nel mondo reale, ma non prima che Zeman trasferisca il potere della maledizione del Minus a Devack. Questo riporta Torunka alla sua età normale, ma non libera la Fata Antica o gli spiriti minus.

Leo e Luna sconfiggono Devack, e lui scompare, liberando tutti gli spiriti intrappolati. L'Antica Fata Drago e Regolo ringraziano Luna e diventano le carte del suo mazzo. Luna inserisce la carta Antica Fata Drago Fata nell'unità di controllo, disattivandola. Assicurandosi che tutti siano al sicuro, Yusei decide di dirigersi verso Kalin. Sentendo parlare della sconfitta di Devack, Roman passa Greiger al suo fianco, e lo esegue per trasformarlo in un Dark Signer.

Crow usa le modifiche del suo Duel Runner per sopravvivere all'attacco di Greiger. Yusei decide di saltare nel geoglyph per scoprire chi stava duellando, ed è scioccato di scoprire che Greiger è un Dark Signer. Yusei cerca di calmarli entrambi, ma nessuno dei due si rifiuta di mollare. Crow ricorda che non aveva amici quando suo padre morì, ma grazie al ritrovamento di alcune carte Duel Monster, riuscì ad imparare a leggere e a fare amicizia con altri duellanti, tra cui Yusei e Jack, e ben presto crebbe per prendersi cura degli altri allo stesso modo...

Greiger convoca il suo Dark Synchro, che è Dark Flat Top, che gli permette di evocare in modo speciale un altro Flying Fortress SKY FIRE, e poi attacca Crow con esso, che riduce i punti vita di Crow a meno di 100. Crow si schianta, ma rimane determinato a vincere, e torna in gioco. Utilizzando una trappola con la sua fortuna, riesce a sconfiggere entrambi i mostri, ma questo a sua volta, permette a Greiger di evocare il suo Immortale terrestre, Chacu Challhua.

Yusei raggiunge finalmente Kalin e inizia quello che Kalin chiama "L'ultimo duello degli esecutori". Yusei spera che questo duello riaccenda la loro amicizia. Dopo che gli Enforcers hanno preso il controllo del satellite, Kalin ha continuato a cercare nemici. Quando questi nemici hanno iniziato a includere i ragazzini, Crow e Jack hanno lasciato la squadra, lasciando solo Kalin e Yusei. Quando la Sicurezza si presenta al Satellite con i Duel Runners e Kalin progetta di distruggerli, anche Yusei lascia la squadra.

Yusei sconfigge il Drago Cento Occhi, ma è pienamente consapevole del fatto che permette a Kalin di prendere in mano il suo Immortale terrestre. Negli ultimi giorni degli Enforcers, in un flash-back dei ricordi di Yusei, Yusei, Jack e Crow cercano di far ragionare Kalin, e finiscono tutti per scappare dalla Sector Security.

Con Kalin e Ccapac Apu sconfitti, tutti i residenti di Satellite vengono restituiti. Proprio in quel momento, Roman usa uno dei suoi ragni oscuri per possedere Trudge e parlare con Yusei, convincendolo a trovarlo all'Original Ener-D Reactor, sfidandolo a duello.

Dopo aver ridotto a 50 i punti vita di Yusei, Roman comincia a raccontargli quello che è successo 17 anni fa tra lui, Rex e il padre di Yusei. Stavano lavorando al Reattore Energetico Originale, ma il professor Fudo voleva fermare il progetto quando ha iniziato a sembrare instabile. Roman aveva deciso di recarsi sulle linee di Nazca, dove aveva incontrato una persona misteriosa, che diceva di essere di Yliaster, che sa della voglia di Roman. L'uomo misterioso convince Roman a guardare nella luce proveniente dal reattore, dove viene colpito da un'energia oscura e gli viene mostrata la storia degli Immortali terrestri e del potente e potente Drago Cremisi.

Con la sconfitta di Roman, tutti i cittadini di Satellite, compresi Martha e Rally, sono tornati. Jack incontra finalmente Carly, ma lei è riluttante a farsi aiutare e sfida Jack a un duello con il Turbo. Inizialmente, Jack è riluttante a combattere e subisce molti danni, ma inizia a reagire, non credendo che Carly sia una persona che farebbe del male alla gente.

Jack attiva una Trappola che permette a Carly di scegliere il risultato. Lui riesce a far breccia in Carly e lei fa la scelta giusta. Tuttavia, l'Immortale terrestre si impossessa del suo corpo, costringendola a continuare il duello. Jack tira fuori il suo Red Dragon Archfiend nella speranza di liberarla.

Akiza e Mina arrivano in un parco divertimenti abbandonato dove si trova l'unità di controllo di Ccarayhua, seguita a breve dal gruppo di Yusei e da un uomo che sostiene di essere stato mandato da Goodwin. Misty intrappola Akiza in una Sala degli Specchi, facendola duellare attraverso gli specchi. Usa delle carte che bloccano il disegno delle carte dal mazzo, e mostra ad Akiza gli eventi che coinvolgono Misty e suo fratello Toby, che a quanto pare l'ha incontrata al Movimento Arcadia. Yusei viene condotto in una stanza dove Mina viene trovata priva di sensi e viene attaccata dall'uomo che si rivela essere Sayer, sopravvissuto al suo duello con Carly, ed è determinato a reclamare Akiza.

Con le capacità fisiche dormienti di Akiza completamente risvegliate, Misty attiva il suo geoglifo. Trudge riesce a liberare Yusei e Mina e Yusei va a raggiungere Luna e Leo. Venendo a conoscenza dello stato attuale di Akiza, Yusei va ad affrontare Sayer, che rivela di controllare la sua mente e di essere stato responsabile della morte di Toby.

Mentre il geoglifo del Condor brilla nel cielo, un enorme mostro emerge dal Reattore Ener-D originale e si dirige verso il geoglifo del Condor sopra New Domino City, che era il re dell'aldilà. Il Drago Cremisi appare e manda tutti nella parte anteriore di un tempio (l'Altare della Stella del Drago), dove trovano Goodwin, che si rivela essere un Oscuro Segnatore.

Dopo aver subito alcuni danni diretti dovuti agli sforzi cooperativi di Yusei, Jack e Crow, Goodwin è in grado di evocare il suo Immortale terrestre - Wiraqocha Rasca, assorbendo le anime di New Domino City. Poi, il Re dell'Oltretomba sputa fuori diverse bestie che tentano di attaccare i giocatori. Tuttavia, essi vengono salvati da Black Rose Dragon e Ancient Fairy Dragon.

Goodwin riduce i punti vita di Jack a 1, e fa sì che il re dell'aldilà lo attacchi, facendolo schiantare. Anche i punti vita di Yusei si riducono a 1, prima che convochi il suo Drago di Stardust e approfitti delle trappole che Crow e Jack hanno piazzato in precedenza. Mentre Yusei cerca di raggiungere Goodwin, cosa che riesce a fare con successo, recupera i punti vita dei Signers da lui. Inoltre, Yusei ottiene il marchio di Roman della Testa di Drago, e il marchio della Coda che Yusei ha usato per far trasferire al Crow. Yusei prende quindi i marchi degli altri 4 firmatari e ottiene il Sigillo del Drago Cremisi. Poi, convoca il maestoso Drago Stella e distrugge l'Immortale Wiraqocha Rasca, che sconfigge Goodwin.

Sei mesi dopo la battaglia tra i Dark Signers e i Signers, una grande tavoletta di pietra cade (che è la tavoletta dell'Imperatore della Macchina Wisel Infinity) dallo spazio e atterra sulla Terra, appena fuori New Domino City. Durante le indagini, Lazar incontra tre persone di Yliaster, che sono Jakob (il leader), Lester (autoproclamatosi sub leader) e Primo (il membro di rango più basso). Lazar li interroga sulle loro intenzioni, ma dopo che Primo gli ricorda che sono i suoi leader, e un breve sfogo in cui Primo punta la punta della spada al collo di Lazar, si sottomette rapidamente al trio, e consegna loro la leadership di New Domino City.

Yusei convoca il suo Drago di Stardust e infligge qualche danno a Ghost. Tuttavia, Ghost usa la sua abilità speciale dell'Imperatore della Macchina Wisel Infinity per assorbire il Drago Stardust, che fa sì che i punti di attacco del Drago Stardust si aggiungano a quelli di Wisel, aumentando i suoi punti di attacco da 2.500 a 5.000. Yusei mette in piedi una buona difesa, ma si trova sotto pressione.

Mentre Yusei e Crow lavorano al loro nuovo motore, vengono visitati da Leo, Luna e dai loro compagni di classe, compreso il timido Sly, che è quasi tentato di rubare Stardust Dragon. A Yusei viene chiesto dal preside dell'Accademia di sistemare una cosa, che si rivela essere il capo istruttore, Rudolph Heitmann, che minaccia di espellere Leo, Luna e i loro amici per aver usato mostri di basso livello. Yusei arriva e sfida Heitmann a duello, per evitare che vengano espulsi e per dimostrare la forza dei mostri di basso livello.

Yusei, Jack e Crow fanno visita a Martha e Blister, dove Blister parla loro del cratere dell'asteroide. A Crow viene chiesto di ritrovare un vecchio di nome Bashford che si rifiuta di lasciare la sua casa a causa di legami familiari. Tuttavia, il percorso verso casa sua è pieno di trappole esplosive. Finisce in cima a una vecchia Dueling Arena...

Le famiglie si trovano sotto la pressione di uno strozzino di nome Don Pierro che prende le loro preziose carte. Crow si arrabbia con Jack per aver bevuto un caffè costoso e gli suggerisce di trovarsi un lavoro. Tuttavia, il suo ego lo fa cacciare da diversi lavori. Lui e Carly seguono un ragazzo di nome Marco in un santuario, dove lascia le sue carte ritenute indegne da Pierro.

Mentre Leo, Luna e Dexter vagano in una foresta, Luna percepisce uno spirito, perde conoscenza e lo segue, nonostante gli avvertimenti di Kuribon e Regulus. Quando si risveglia, Luna incontra un ragazzo di nome Hayley che si prende cura di una bambola che rappresenta sua sorella, Claire. Quando si accorgono della sua scomparsa, Dexter va da Yusei per chiedere aiuto, mentre Leo la insegue. Quando Leo si avvicina alla casa, Hayley si sente minacciata e va a duellare con lui.

Yusei si sveglia e si ritrova portato via in un camion dopo essere stato aggredito da un certo Ichiro che voleva reclutarlo per il Gran Premio. Quando Jack, Crow, Akiza e Mina vengono a sapere della sua cattura, vanno a cercarlo. Akiza riesce a localizzare il camion in cui Yusei viene catturato e si sorprende di non trovare nessuno alla guida.

Il duello tra Yusei e Sherry continua, con Akiza che insiste per rimanere a guardare. Yusei tira fuori Turbo Warrior e infligge qualche danno, e alla fine distrugge il suo mostro. Tuttavia, lo lascia in un punto in cui Sherry può vincere se pesca un incantesimo di velocità, usando gli effetti di Speed World 2.

Yusei ha un incubo in cui il Drago Stardust viene catturato da The Ghost e con l'offerta di Sherry. Volendo imparare a duellare senza affidarsi ai mostri di Synchro, Yusei chiede a Jack di duellare con lui. Mentre duellano, sono osservati da un personaggio misterioso....

Il misterioso duellante, conosciuto solo come Vizor, decide di addestrare Yusei ad affrontare Ghost. Inizia a sfidarlo, mettendo alla prova la capacità di Yusei di gestire le velocità della macchina. Una volta chiarito questo, inizia il duello, con Vizor che riesce a evocare due Mostri Synchro nel suo primo turno. Prima che Yusei sia in grado di contrattaccare, Vizor accelera fino alla mach-speed, eseguendo un Accel Synchro con i suoi due mostri per formarne uno nuovo.

Volendo capire cosa provano i Turbo Duelist, Akiza decide di richiedere la licenza Turbo Duel. Nonostante inizialmente abbia commesso molti errori, la sua determinazione, insieme alla tutela di Yusei, le permette di superare gli esami iniziali. Yusei la porta anche a pattinare a rotelle per aiutarla a imparare a guidare all'indietro. Yusei le costruisce poi un vero e proprio Duel Runner, con l'aiuto di Jack e Crow. Per ottenere la licenza, deve battere Trudge in un duello di qualificazione, anche se all'inizio ha difficoltà ad affrontare gli incantesimi di velocità, e il suo Black Rose Dragon viene battuto. Tuttavia, riesce a ribaltare la situazione e ad evocare la sua Splendida Rosa.

Jack e Carly indagano su alcuni furti di Duel Runner. Mentre inseguono un gruppo di loro, uno dei membri, che in realtà è un agente sotto copertura di nome Kaz, viene ferito. Jack si sente responsabile per aver causato l'incidente e cerca di indagare sulla faccenda in prima persona, ma viene incastrato e messo al tappeto. Non si arrende, e ben presto si imbatte di nuovo in tutta la banda, dove viene di nuovo picchiato.

Mentre Yusei e Akiza hanno una pratica Turbo Duel, Leo riflette su come se la caverebbe come Turbo Duelist. Nel frattempo, il trio Yliaster discutono i loro piani che coinvolgono il Drago Cremisi, e un'altra tavoletta si schianta sulla terra. Più tardi alla Duel Academy, un ragazzo di nome Lester (uno degli imperatori Yliaster travestito) si iscrive alla scuola sperando di scoprire qualcosa di più su Luna, che presto si innamora di Lester.

Rendendosi conto che Luna e Leo sono nei guai, Yusei, Jack, Crow e Akiza vanno a cercarli. Luna convoca l'Antica Fata Drago, ma viene presto assorbita dall'Imperatore della Macchina Skiel Infinity. Mentre Yusei e gli altri possono solo guardare, Leo riconosce il suo avversario come Lester, ma Lester afferma che il riconoscimento della sua identità è già arrivato troppo tardi perché possano fare qualcosa. Luna subisce presto qualche danno per proteggere Leo dagli attacchi di Skiel.

Mentre Yusei prova il suo motore, Jack e Crow guardano alle sue precedenti battaglie per cercare di capirlo. Quando si incontrano con Yusei, lui sospetta che Yliaster sia quello dietro Ghost e che stia pianificando qualcosa di grande con il WRGP. Racconta anche a Jack e Crow di Accel Synchro. Diventano determinati ad imparare questa nuova mossa, che richiederebbe un nuovo motore.

Trudge e Mina invitano Yusei, Jack e Crow per una cena elegante, anche se con un motivo. Vogliono che si prendano cura di Bruno, un ragazzo smemorato che si è da poco ritrovato a New Domino City. Mentre inizialmente si rifiutano, scoprono ben presto che è un meccanico di grande talento. Yusei si interessa particolarmente a lui, perché potrebbe aiutare a costruire il motore di cui ha bisogno per perfezionare l'Accel Synchro.

Yusei, Jack, Crow e Bruno decidono di seguire le tracce di Lazar, che aveva rubato il loro programma per Primo. Notando di essere seguito, Lazar si dirige verso il centro commerciale dove Yusei e la compagnia riescono ad arrestarlo, ma lui riesce a scappare.

Jack e Crow arrivano al complesso solo per trovarsi chiusi fuori, quindi si intrufolano attraverso un condotto di ventilazione. Mentre Yusei continua a lottare contro il Robot della Guardia, Primo completa l'installazione del loro programma nei Fantasmi, anche se uno degli altri imperatori di Yliaster, Jakob (il leader), è curioso e sospettoso delle sue azioni.

a Sector Security irrompe con un mandato d'arresto per Jack. Mina e Trudge mostrano un filmato di qualcosa di simile al Duel Runner di Jack che fa schiantare altre persone in duello usando Red Dragon Archfiend.

Volendo scoprire la verità dietro il presunto crimine di Jack, Carly incontra una coppia di hippy che hanno scattato una foto a due Duel Runner di Jack. La ragazza la ritrasmette a Yusei e Crow, che cercano sul luogo dell'incidente solo per trovare una delle carte di Jack. Il vero Jack è intrappolato in una sorta di prigione virtuale, fatta dal trio Yliaster, costretto a guardare il suo impostore rovinare la sua reputazione.

Il padrone di casa di Yusei, Zora, è depresso perché la città vuole sostituire l'orologio a cucù rotto del suo negozio di orologi. Più tardi, la banda viene visitata dal figlio di Zora, Lynden, che è tornato dopo tre anni di formazione per riparare l'orologio. Quando va di nuovo a trovare Zora, lei non è contenta di vederlo, perché è stato lui a rompere l'orologio. Prima di poter scappare, Crow lo sfida a duello, costringendolo a scusarsi se vince.

Yusei arriva in una città deserta chiamata Crash Town, dopo aver ricevuto una lettera da una donna di nome Barbara che diceva che Kalin era nei guai. Lei spiega che in questa città ci sono battaglie al tramonto tra la famiglia Malcolm e il gruppo Radley.

Kalin ha ancora i ricordi di quando era un Dark Signer, e non trova nemmeno incoraggiamento dalle parole di un giovane ragazzo. Barbara accenna a un piano che prevede l'uso della dinamite per aiutare Kalin a fuggire dopo il loro duello. Al prossimo tramonto, Yusei duella con Kalin, che mette subito in atto il suo Handless Combo. Kalin lamenta di non essere mai riuscito a perdonarsi per le azioni che ha compiuto come Dark Signer, e cerca di morire, dicendo che sarà soddisfatto se Yusei lo sconfiggerà. Yusei riesce a prendere il comando, ma Kalin ha ancora qualche asso nella manica.

Kalin convoca Infernity Doom Dragon, mentre Yusei convoca il Stardust Dragon. Utilizzando un mostro di equipaggiamento, Yusei riesce a sconfiggere Kalin. Tuttavia, Barbara tradisce Yusei, attaccandolo mentre Kalin viene portato via. Appare allora il capobranco della famiglia Malcolm, Lawton, che duella con il Radley, battendosi con lui prima ancora che arrivi il suo turno. Barbara e la famiglia Malcolm hanno usato Yusei per allontanare Kalin dal gruppo del Radley, in modo da essere una facile preda. Yusei, insieme a Kalin e Radley, vengono portati nelle miniere e gli vengono dati collari shock. Yusei trova un mezzo per fuggire, ma Kalin si rifiuta ancora di essere aiutato. Nel frattempo, Nico e West sgattaiolano via con il Duel Runner di Yusei.

Yusei mette Kalin al tappeto, in modo che possano scappare, imbattendosi in un cimitero di duellanti perduti. Poi incontrano Nico e West che hanno il Duel Runner di Yusei, e scoprono che il loro padre è ancora dentro le miniere. Lawton li trova, così mentre Kalin e i ragazzi cercano il padre, Yusei lo distrae con un Turbo Duel.

Mentre Kalin fugge con i bambini e il loro padre, Sergio, gli inseguitori iniziano ad attivare il collare shock del padre, ma Kalin riesce a fermarlo anche se nel frattempo cade quasi dal kart.

Barbara inizia a costringere i membri della famiglia Malcolm a duellare per fornire nuovi lavoratori alle miniere. Yusei e Kalin arrivano e sfidano Lawton a duello per la libertà di Nico e West e per liberare la città.

Barbara minaccia di danneggiare Nico e West se Yusei e Kalin non si arrendono, ma la famiglia Malcolm le si oppone. Lawton prova a sparare con la sua Shock Gun contro Kalin, ma viene fermato dall'arrivo di Crow and Jack, che aveva portato con sé Sector Security per liberare tutti i minatori. Lawton fa esplodere alcune esplosioni per fuggire, ma Kalin lo raggiunge per finire il duello. Lawton fa una supposizione sulle carte di Kalin, ma viene sconfitto, grazie agli effetti dei mostri di Kalin. Lawton e Barbara vengono arrestati da Sector Security, Crash Town viene ricostruita come Satisfaction Town, e Kalin rimane indietro per occuparsi di Nico e West.