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Dina è fuori per un anno di studi all'estero e al suo posto arriva la cugina di Toby, Sacha. Elizabeth è ritornata un genio, mentre Toby è ancora una persona normale. Lei cercherà di farlo cadere in un tranello, ma al suo posto ne rimarranno vittime Russ e Sacha, diventando mosche. Per salvarli, Toby ritornerà un genio.

Elizabeth è arrabbiata con Sacha perché ha preso un voto più alto del suo, così cercherà di non farle esporre la sua ricerca facendole diventare realtà la sua più grande paura: le farà cadere i denti, ma tutto si risolverà per il meglio con l'aiuto di Toby.

Toby è innamorato di Nikki e per fare colpo su di lei cercherà di entrare nella squadra di nuoto inventando un particolare olio di foca che lo farà andare più veloce.

Elizabeth sta davvero male e questo la porta a comportarsi bene con gli altri. È in pessime condizioni e si farà teletrasportare da Verity nel laboratorio di Toby per farsi aiutare da lui. Toby avrà un colpo di genio che gli permetterà di salvare la vita a Elizabeth.

Toby rompe il modellino di scienze di Nikki e per questo lei non potrà andare al raduno di nuoto. La sua ultima invenzione sono state delle tute che fanno prendere l'aspetto di altre persone e in questo modo, Russ e Sacha lo aiuteranno a risolvere il guaio.

Russ crede di essere un fesso come tutti gli Skinner e così Toby inventa una macchina del tempo per fargli vedere che non è così. Il portale si aprirà in un secolo sbagliato e Russ verrà riportato nella preistoria.

Il professore di scienze deve andare nella torre della scuola per aggiustare l'orologio. Lì si trova il laboratorio di Elizabeth, che è costretta a portare via tutto per non far scoprire il suo segreto. Jack, che ha dei sospetti, per indagare finisce vittima dell'ultimo esperimento di Elizabeth.

Nikki sarà la rappresentante femminile della scuola dei ragazzi nella gara di nuoto. In questi ultimi tempi però, non nuota più come una volta, quindi Toby le costruisce un anello che, casualmente, finisce nelle mani di Verity.

Elizabeth ha fabbricato un meccanismo dove potrà stare nel west insieme a Toby. Nel frattempo Sacha rincontra il suo cavallo Misty che non vedeva più da quando si era trasferita.

Toby ha il suo primo appuntamento con Nikki e nel frattempo Jack si infila nell'abitazione del genio per rubargli una sua nuova invenzione. Nel frattempo Elizabeth inventa un modo per diventare invisibile e si mette a spiare l'appuntamento dei due ragazzi.

Jack prende il raggio riducente di Elizabeth e involontariamente fa diventare gigante un koala. Toby, con la sua nuova invenzione, riesce a rimettere tutto al proprio posto e a non svelare il suo segreto di genio.

Russel e Sacha si scambiano di corpo e devono mettersi alla prova su come si vive nei panni dell'amico. Russel, nel corpo di Sacha deve giocare una partita a hockey, mentre Sasha, nel corpo di Russel deve superare la gara di mangiatore di pizza.

Il ballo della scuola si svolgerà al caffè di Jack e Nikki. Toby invita quest'ultima al ballo con lui, ma Elizabeth, lo costringerà ad accompagnarla.

Jack si intrufola nel laboratorio di Toby e mette le mani sulla sua nuova, ma che possiamo ricordare, invenzione: torna alle prese con un dinosauro. E come era già successo nella prima edizione, questo animale preistorico si ingrandisce notevolmente, ma Toby riporterà tutto alla normalità.

Con lo scopo di passare più tempo con lui, Elizabeth modifica gli impulsi del cervello di Toby attraverso alcune scosse. Una di queste va a Sacha che riuscirà a parlare con gli animali.

Elizabeth sta raccogliendo dei fiori da una palude per portare a termine il suo nuovo esperimento. Verity si rovescia questo liquido addosso e si trasforma in un mostro.

Elizabeth vuole impedire a Sacha e Toby di conquistare il primo posto nella gara dove i vincitori rappresenteranno la scuola. Così crea un siero della verità per farsi dire da Russel quello che Sacha e Toby costruiranno. Jack scopre il laboratorio di Elizabeth, prenderà il siero e lo userà contro di lei per farsi dire come ha fatto a diventare un genio. Sacha però, farà esplodere il suo "capolavoro scientifico" per la gara e così Jack non otterrà quello che vuole.

Una ricca benefattrice arriva a scuola per fare una donazione. Il professore di scienze dovrà occuparsi del cane della signora, ma siccome disturba la lezione, manda Russel e Toby a fargli fare una passeggiata. Jack trova un altro modo per ricattare Toby: userà l'ultima invenzione del genio per metterlo nei guai e così Toby sarà costretto a dirgli il suo segreto.

Elizabeth è stufa della poca "professionalità" di Verity e Garth, così si costruisce un robot che però si rivelerà una fregatura. Nel frattempo Toby sta cercando un modo per farsi perdonare da Nikki, in quanto si è accorto che la trascura troppo.

Elizabeth intrappola Toby in un anello temporale, in questo modo gli fa rivivere sempre lo stesso giorno, però modificando i fatti come le pare e piace.

Elizabeth sta lavorando a una nuova invenzione, per la quale serve il veleno di un polpo. Garth, mentre cercava di intossicare Russel, quest'ultimo colpisce il professor Woots con una palla imbevuta del veleno. Elizabeth, mentre cerca di preparare l'antidoto viene morsa dal polpo e così toccherà a Toby a salvare la sua amica-nemica e il professore.

Alla scuola dei ragazzi arriva una delle più grandi star di Hollywood: Nadine Sterling, per passare un po' di giorni tranquillamente prima di riprendere le riprese di un film tratto da una storia vera. Su consiglio di Russel, tutta la scuola va a visitare il set, che sarebbe una casa di cui si dice sia il posto in cui una ragazza è stata gettata dal balcone dal marito, e su questa storia viene fatto il film. Nadine, con un effetto speciale, spaventa i ragazzi e soprattutto Elizabeth che, sentendosi presa in giro, decide di vendicarsi con l'aiuto di Verity e Garth

Arriva Rodnie, il cugino di Garth, che si mette a fare scherzi a tutti, perfino al professore di scienze. Garth, per tenerlo buono fino alla fine delle lezioni, lo porta all'interno del laboratorio di Elizabeth, dove verrà morso da un ragno modificato geneticamente dal genio. Questo lo porterà ad assumere le caratteristiche di un aracnide.

Toby incontra per la prima volta i genitori di Nikki. Garth, invitato a casa da Jack, con la nuova invenzione di Elizabeth, porta Toby ad avere gli atteggiamenti di una rana per fargli fare brutta figura.

Con la scusa di aiutare Elizabeth a far ingelosire Toby, Jack si mette con lei per scoprire il segreto del suo genio. Lei però si innamora davvero e non si rende conto dell'inganno.

Il koala ritorna un gigante e porta scompiglio nella scuola. Cattura Elizabeth e se la porta con sé. Toby riuscirà a salvarla, attraverso una sua nuova invenzione e alla fine tra i due ci sarà un bacio.