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Nella prima parte uno dei protagonisti è il Duca Leto Atreides, interpretato da William Hurt. La casata Atreides si trasferisce dal pianeta Caladan per prendere possesso del pianeta Arrakis, ma in tal modo cade in una trappola ordita dall'imperatore stesso e dagli Harkonnen, i nemici giurati degli Atreides.

Nella seconda parte vediamo il protagonista Paul Atreides nei panni di Muad'dib, accolto assieme alla madre Lady Jessica dal misterioso e affascinante popolo dei Fremen, comandati da Stilgar, un forte e saggio guerriero che addestrerà il protagonista alla difficile e spietata vita del deserto. Nelle profonde caverne scopriamo assieme a Paul i segreti dei Fremen e del loro sogno planetario.

La terza parte è incentrata sulla bellicosa riconquista di Dune-Arrakis attraverso il jihād comandata da Paul Muad'dib, il quale, grazie alla pericolosa Spezia, ha nel frattempo sviluppato i suoi poteri latenti, diventando il Kwisatz Haderach, l'essere supremo, vertice di un programma genetico segreto della Sorellanza delle Bene Gesserit.