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Alla vigilia del suo sedicesimo compleanno Aya Mikage, mentre rincorre uno scippatore, cade da un attraversamento pedonale sopraelevato. La ragazza non precipita al suolo, ma giunge sulla strada sottostante fluttuando; un misterioso ragazzo la salva da un'autovettura che stava per investirla.

Il nonno di Aya, dopo aver fatto uscire dal salone tutti i familiari, ordina al figlio di uccidere la ragazza perché la sua esistenza può portare alla distruzione della famiglia.

Suzumi, dopo aver narrato ad Aya la leggenda della Tennyo, spiega che sulla Terra esistono ancora delle discendenti della Dea celeste. Suzumi ha poteri di telecinesi, perché in lei i tratti della Tennyo sono molto labili; Aya, invece, è una discendente diretta della Dea e la forza del suo potere è molto superiore rispetto a quella di Suzumi.

Ceres spiega che lei non è una entità diversa da Aya: nella fanciulla convivono la Aya che conoscono tutti e la Tennyo, e prima di allora Ceres non era mai riuscita a manifestarsi apertamente.

Toya, dopo aver salvato Aki dai bulli, lo accompagna a casa Aogiri perché possa stare con Aya. I fratelli, dopo essersi ritrovati, dormono nella stessa camera; durante la notte Aya si trasforma in Ceres, la Dea tenta di uccidere Aki perché lo ritiene responsabile del furto dell'hagaromo.

Yuhi e Aya pedinano Toya nella speranza che li conduca dove è nascosto Aki. I due giungono alla sede dell'impresa gestita dalla famiglia Mikage; appena entrati Yuhi viene bloccato mentre Aya giunge nell'ufficio di Kagami.

Il progetto della famiglia Mikage è quello di riunire tutte le C-Genomer — le discendenti delle Tennyo — del Giappone; Aki è una delle guide elette — il discendente dell'uomo che rubò l'hagaromo — e il suo matrimonio con una delle C-Genomer darà prestigio e ricchezza alla famiglia.

Mentre Aya assiste Yuhi, ferito dopo gli eventi capitati a scuola, il padre e il fratello del ragazzo giungono a casa Aogiri. Aya vede che i familiari trattano Yuhi con molta freddezza e prende le difese del ragazzo.

Suzumi subisce un procedimento ipnotico che la porta a rivivere i momenti vissuti accanto al marito; Yuhi e Aya, intanto, giungono a casa Aogiri e tentano di liberare gli ostaggi.

A casa Aogiri giunge Chidori Kuruma, una ragazzina che chiede l'aiuto di Aya per il fratello Shota ricoverato nell'ospedale di Tochigi.

Ceres recupera Shota e riesce a fargli da scudo con il suo corpo mentre precipitano sul tetto dell'ospedale. Mentre la donna è esanime un'esplosione crea una voragine nel tetto; Shota cade al piano inferiore e rischia di precipitare ulteriormente.

Kagami rimprovera Toya per aver lasciato fuggire Chidori, ma non intende licenziarlo. Aya è triste perché si accorge di aver perduto la sua collana preferita, in argento con un pendente a croce; la ragazza ignora che Ceres l'aveva donata a Toya, invitandolo ad allontanarsi dai Mikage.

Toya, dopo aver consegnato ad Aya la lettera di Aki, vorrebbe tornare dai Mikage per portare il ragazzo con se; le sue condizioni sono gravi, e solo l'insistenza di Yuhi lo convince ad andare dagli Aogiri per riprendersi.

Toya, ancora debilitato, lascia casa Aogiri. Aya è preoccupata e inizia a cercarlo per la città insieme a Yuhi e Chidori, ma non sa che Suzumi ha un accordo con lui.

Aya, Yuhi e Kyu si trasferiscono a Miho; con loro c'è anche Toya, che continua ad avere ricordi confusi su quei luoghi. Aya fa amicizia con Miori Sahara, una compagna della nuova scuola che frequenta che le somiglia molto fisicamente.

Aya è depressa, rivive in continuazione lo scontro con Miori. Mentre entrambe avevano assunto le sembianze della Tennyo, Miori confida ad Aya di essere una sua lontana cugina.

Toya vaga per le località marine nel tentativo di recuperare la memoria; alcuni bambini lo trovano svenuto sulla spiaggia e contattano un medico. Toya racconta al medico di aver perso la memoria, le uniche cose che ricorda sono il suo nome, il fatto che alcune persone lo inseguano e Aya.

Toya e Aya scelgono, come base per le loro ricerche, la citta di Niigata: i due si trasferiscono in un appartamento, Toya collabora con il dottor Kurozuka, il medico che lo salvò, Aya ha trovato dei lavori part-time e vivono come una coppia di fidanzati.

A casa Aogiri è giunto anche Shota, in via di guarigione. Yuhi e Kyu accompagnano i fratelli Kuruma a casa, e nello stesso tempo Aya e Toya rientrano a Tokyo.

Aya torna nell'appartamento di Niigata, ed è preoccupata perché non ha notizie di Toya. Una sera va a trovare il dottor Kurozoka per dirgli della gravidanza; l'uomo, dopo averle fatto i complimenti, le racconta che nella zona circola una leggenda di un essere metà uomo e metà pesce legata alle vicende della Tennyo.

Aya riposa in una stanza del laboratorio dei Mikage; al risveglio assume le sembianze di Ceres e viene condotta dalle altre C-Genomer, che la riconoscono come la madre originaria e si dicono contente di collaborare al C-Project.

Molte delle C-Genomer al laboratorio dei Mikage sono in condizioni di salute critiche, diverse di loro sono già morte; Kagami subisce la pressione dei membri del Ragnarok, un gruppo di ricercatori che sostiene il C-Project, che minaccia di revocare i finanziamenti concessi.

Ceres, appena vede Toya, riassume le sembianze di Aya. Toya ha recuperato completamente la memoria e racconta la sua storia.

Yuhi, grazie alla fascia con il potere delle Tennyo che Suzumi e Chidori hanno preparato per lui, colpisce Mikagi che si allontana da Aya; Toya salva la ragazza e il figlio che attende donandole il mana che gli ha dato la vita.