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Shuji e Chise hanno iniziato da poco a frequentarsi, ma Shuji é un po' dubbioso sulla sua decisione. I due riescono a parlarsi e danno un'altra chance alla loro relazione. Quando Shuji va a Sapporo con i suoi amici, la città viene bombardata da degli aerei militari.

Shuji cerca di comportarsi come se nulla fosse successo dopo aver scoperto che Chise è l'Arma Finale. Quando Chise dice che sta continuando a diventare più forte, i due decidono di scappare in bici.

Shuji e Chise decidono di prendere il treno e di lasciare la città per sempre, ma Chise non si presenta perché viene chiamata dai militari.

Shuji e Chise vanno al loro primo appuntamento, ma alla fine della giornata viene raggiunta dall'esercito, perché deve partire per una missione. Poco dopo Shuji torna a casa di Fuyumi per prendere il portafoglio, ma deve resistere alle sue avance.

Tetsu non spara a Chise, dopo aver sentito che lei vuole continuare a vivere. A scuola, Chise sente l'arrivo di un terremoto e Shuji cerca di portarla fuori, per evitare che si trasformi davanti a tutti.

Chise decide che é meglio se lei e Shuji tornino ad essere solo compagni di classe. Atsushi rivela che vuole arruolarsi per proteggere la ragazza che gli piace, Akemi.

Chise lascia un biglietto nell'armadietto di Shuji e non torna mai più a scuola. Atsushi, arruolatosi nell'esercito, cerca di capire cos'è l'arma chiamata "Chise" di cui si parla.

Tetsu incontra Chise e decide di accompagnarla a fare shopping, per farla sentire trattata come una persona normale. Shuji scopre che Yukari e altri studenti hanno intenzione di cercare un soldato manico nascosto nelle montagne.

Chise non ha fatto manutenzione per due giorni e le sue condizioni fisiche sono peggiorate. Dopo il terremoto, Shuji incontra Satomi, che gli chiede di andare da Akemi.

Chise resta vicina a Tetsu mentre lui muore. Gli studenti vogliono organizzare una festa per dire addio alla scuola, ma i soldati hanno intenzione di occuparla il giorno stesso.

Shuji e Chise lasciano la città e iniziano una nuova vita. Entrambi trovano un lavoro e un posto in cui vivere e le cose sembrano essere finalmente tranquille. Un giorno però Kawahara li raggiunge e cerca di riportare Chise alla base.

Chise ha perso l'abilità di parlare, e le sue condizioni fisiche e mentali sono peggiorate ulteriormente. Shuji chiama Kawahara per salvarla, ma lui gli dice che Chise non sarà più la stessa di prima.

Chise rivela a Shuji che il mondo sta per essere distrutto, ma vuole che lui stia vicino a lei fino alla fine.