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Le vere intenzioni di Connor diventano chiare e Mike, Owen e Amanda si rendono conto di aver sottovalutato quanto sia pericoloso.

Amanda comincia a provare qualcosa per Flint Forster, un ladro che sostiene di redistribuire la ricchezza. Nel tentativo di tenere segreta la cotta, si comporta in modo così strano che Owen pensa che si sia innamorata di Mike.

Owen è entusiasta della notorietà ottenuta da una foto virale che lo mostra in costume da ninja, ma prima che possa farsi avanti un impostore chiamato Shadow Master si attribuisce il merito dell’immagine e gli ruba il momento di fama.

Martin sorprende Mike mentre esce di nascosto e lo mette in punizione. Mike deve trovare un modo per aiutare comunque gli altri ninja a impedire al Nonno Malvagio e agli Ishina di usare un dispositivo di mappatura per trovare il dojo.

Alla fiera della scienza Amanda e Mike fanno coppia, mentre Owen si ritrova con Quinton. Quinton svolge il lavoro, ma il progetto viene rubato dall’assistente di uno scienziato malvagio.

Una vecchia rivale di Amanda, appena uscita dal riformatorio, conserva un forte rancore. Temendo che stia preparando qualcosa, Mike e Owen si travestono da cheerleader per coglierla sul fatto.

Mike dimentica il compleanno di Martin e organizza una festa all’ultimo minuto. Quando gli Ishina irrompono, deve riuscire a far uscire il padre di casa continuando a fingere che si tratti soltanto della festa.

I ninja chiamano Kid Q per riparare il dojo distrutto e riportare in funzione il Nonno Ologramma. Kid Q però si trattiene più del previsto e, per errore, fa evadere il loro vecchio nemico Two Ton Harley.

Flint Forster scopre la vera identità di Amanda e vede da vicino la sua vita da ninja. Quando uno studente falsario prende in ostaggio Amanda e Flint, Mike deve salvare sia l’amica sia il proprio rivale.

Owen cerca di conquistare Paloma Peru ma viene catturato da una ragazza innamorata di lui. Nel frattempo Mike e Amanda si avvicinano mentre registrano un provino per un game show.

I ninja indagano su una star dei social media che usa flash mob per seminare il caos, mentre Paloma comincia a sospettare dell’attività segreta del gruppo.

Mike perde l’occasione di invitare Amanda al ballo e lei decide di andarci con Flint. Quando Flint rivela che Amanda dovrebbe passare l’estate a Parigi con lui, la situazione si complica; alla fine Amanda sceglie di restare e scopre che Mike prova ancora dei sentimenti per lei.

Connor torna come spia e scopre che il Kata è la chiave per trovare la Spada Fluttuante. Mike lo sconfigge e prende la spada, mentre Quinton riesce a riparare il nonno. Poco dopo Kagema cattura Mike, lasciando il gruppo davanti a una nuova minaccia.