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Lion-O lotta con il suo destino per diventare il prossimo re di Thundera, scelto dal Sword of Omens. Nel frattempo, si tengono festeggiamenti per celebrare il ritorno generale Grune al Regno Cat.

Un tradimento imprevisto da un ex compagno porta distruzione sul Regno Gatto. Mentre il re Claudus conduce la lotta contro il generale e il suo esercito Slithe lucertola, il malvagio stregone Mumm-Ra tenta di rubare la spada di Omens..

Dopo essere fuggiti dalla loro città distrutta con la Spada di Omens, la squadra incontra la Fishmen, che navigano il mare delle sabbie mobili alla ricerca di una creatura marina gigantesca. La ricerca ThunderCats è quello di trovare il Libro di Presagi ... ma Lion-O è più interessato a vendicarsi di Mumm-Ra.

Durante il viaggio attraverso i boschi, i ThunderCats si imbattono in un gruppo di Petalars - piccole piante come creature la cui durata di vita è un solo giorno. Lion-O fa amicizia con il giovane Emrick lui e gli altri cercano di trovare un modo per uscire dal bosco e di riportare i Petalars a casa loro. Nel frattempo, Slithe e il suo esercito lucertola sono sulle tracce dei ThunderCats per eliminarli.

I ThunderCats accompagnano Panthro a Mine Cloud Peak per cercare Thundrilium per la Thundertank. Lungo la strada, il passato Panthro e Grune è esplorato, dal loro primo incontro alla ragione che sta dietro il tradimento di Grune.

I ThunderCats continuano la loro ricerca del libro di Omens, che li porta alla Torre leggendaria di Omens. Tuttavia, essi dovranno prima superare una serie di trappole mortali, al fine di raggiungerlo. Nel frattempo, Mumm-Ra si stanca di aspettare e obbliga Jaga a rivelare la posizione del libro, e ha in mente di andare lì da solo a prenderlo a tutti i costi

Anima di Lion-O viene trasportato nel libro di Omens e vede come era la vita agli occhi dei suoi antenati in cui iniziano una ribellione contro Mumm-Ra e scopre le origini della Sword of Omens e Warstone, che assume il forma familiare della Eye of Thundera durante il corso degli eventi Lion-O è fatto per vivere nel corpo del suo antenato. Lion-O impara anche da Jaga che, per sconfiggere il Mumm-Ra, deve prima trovare i rimanenti tre Warstones che sono scathered sulla Terza Terra e unificare il resto degli animali per creare un esercito.

Come Tygra e Panthro lavorare sul ThunderTank, Lion-O è alla ricerca di forniture e incontra un misterioso vagabondo che aiuta insegnerà alcune lezioni importanti. Dopo la mostra The Sword of Omens in città, Lion-O è sfidato da un uomo conosciuto come The Duelist e deve superare se stesso per vincere.

I ThunderCats incontrano gli esseri misteriosi che lo aveva aiutato durante la notte e si rivelano essere i Berbils, o Ro-Bears. I Berbils trattare i ThunderCats con grande ospitalità fino a quando il villaggio viene attaccato e alcuni dei Berbils vengono catturati. Le ThunderCats aiutare i loro nuovi amici e una battaglia per la libertà deriva.

I ThunderCats tracciano la posizione della prima pietra mistica nel Villaggio degli Elefanti, ma Lion-O non riesce a trovare la posizione specifica e gli elefanti smemorati non ricordo più dove si trova.

Nella foresta di Magi Remo, i ThunderCats inviano WilyKat e Snarf e per la ricerca di legna da ardere. Dopo il loro ritorno accendono il fuoco e si sdraiano per riposarsi. Lion-O poi getta un pezzo speciale di legna da ardere che rilascia molti spiriti maligni apparentemente intorno a loro. Dopo Lion-O e il resto dei ThunderCats non possono sconfiggerli, i ThunderCats incontrano cosi i forgiatori del legno che hanno un talento per usare la magia della carta in combattimento.

Tygra ribolle di gelosia arrivando ad uno scontro con Lion-O.

Mentre Lion-O e Tygra sono nel Piano Astrale ad affrontare i loro problemi che sono stati ingigantiti dai poteri del Mumm-Ra che vuole che loro si distruggano a vicenda, gli altri Thundercats proteggono il villaggio da Slithe, Grune e l'esercito lucertola. Gli elefanti prendono una decisione a sorpresa dopo aver meditato e Lion-O si rende conto della verità di essere tradito da Tygra. Panthro ha alcune interessanti flashback che racconta aWily Kit Kat e Wily di come Grune perso il dente, e alla fine Panthro fa un sacrificio per sconfiggere il suo nemico.

The ThunderCats go on the offensive, but Mumm-Ra won't see his lizard army crushed so easily. He tasks Slithe with recruiting two new and vicious Generals.

During an ambush, Lion-O falls to his death, but he is given a second chance at life - if he can pass a series of trials that pit him against each of his teammates.

Pleading for a chance to save his friends, Jaga grants Lion-O life until sunrise to try and save his friends ... and stop Mumm-Ra.

While traveling through snowy mountains in search of safe passage, Tygra and Lion-O come upon a lost tiger village and in it they find Tygra's real father. Tygra learns why his father sent him away as a baby — to save his life. But all is not as it seems in this village as the brothers learn these tigers are cursed and Tygra may be the answer to saving them — but at the cost of his own life.

While Lion-O and Tygra were off with the tiger clan adventure, the rest of the crew is keeping an eye on the Thundertank. The twins are looking for some stashed food, but it appears Snarf beat them to the goodies. Panthro and Cheetara decide to use this as an opportunity to teach these two how to survive on their own.

The Thundercats discover a cat refugee, Pumyra, being forced to fight as a gladiator in a city of Dogs.

Arriving at Mount Plun-Darr, the ThunderCats and Pumyra discover that the Thunderian slaves are being forced to excavate the Sword of Plun-Darr for Ratar-O and his Rats.

Mumm-Ra arrives at Mount Plun-Darr and battles the Thundercats in an attempt to regain the Sword of Plun-Darr.

Seduced by the fun-loving lifestyle of Tookit and the orphans they meet, WilyKit and WilyKat are tricked by Tookit into becoming thieves again.

The Thundercats require the assistance of a snake oil salesman named Ponzie to defeat Mumm-ra’s latest monstrous form.

While trying to uncover the location of the next stone, the ThunderCats cross paths with a mad man, Soul Sever, who is trying to insert the souls of his long-lost family into machines.

The ThunderCats' search for the Tech Stone leads them high above Thundera to the floating bird city of Avista, where the stone is the power source for their city.

In the season finale, Mumm-Ra's forces find the ThunderCats and the Tech Stone in Avista City. An incredible battle ensues for the stone as Lion-O finds himself betrayed by a trusted ally.