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Durante una passeggiata, Clain incontra la misteriosa Phryne, stava fuggendo da una banda di inseguitori. Clain e Phryne diventano presto amici, ma il giorno successivo lei scompare senza dire una parola, lasciando un oggetto misterioso dietro di sé.

Nell'esaminare la spilla lasciata dalla Phryne, Clain scopre che Nessa, un doppel in forma umana, era stato sigillato al suo interno. Dopo aver cercato di liberarsi di lei, finisce con l'accettare la compagnia di Nessa, appena prima di essere catturato dallo stesso trio che stava inseguendo Phyrne.

Clain e Nessa sono portati in un villaggio che è il quartier generale del "Lost Millennium", un'organizzazione che si ribella contro il sistema Fractale. Poco dopo, Clain è coinvolto in uno scontro feroce tra i ribelli e le sacerdotesse, dove incontra nuovamente Phryne.

I membri del Lost Millennium rapiscono Phryne e il tempio mette una taglia sulla loro testa. Clain decide di non farsi coinvolgere nel conflitto, e proprio quando sta per fuggire con Nessa, il villaggio viene attaccato dalle forze del tempio.

Il sistema della nave mostra dei malfunzionamenti, che Clain imputa a Nessa. Il doppel infatti gioca a nascondino creando delle interferenze con il controllo della nave. Però Phryne crede che Nessa non voglia mostrarsi a causa della sua presenza e quindi cerca di andarsene.

Il gruppo fa scalo in un luogo dove le onde radio del Fractale non giungono più. Qui Clain viene a sapere che all'interno Lost Millenium esistono varie fazioni. Conosce anche un uomo con la sua stessa passione, il quale ha un sogno da realizzare.

Clain e Nessa si ritrovano nella città di Xanadu, l'unica dove il Fractale funziona ancora completamente.Mentre i compagni li cercano, loro sono trattenuti da persone che vogliono la ricompensa promessa dal tempio per la loro cattura.

Clain e Phyrne sono prigionieri del tempio. Clain si risveglia e vede una ragazza che assomiglia a Nessa e che dice di essere Phryne, la quale lo condurrà in una stanza che contiene dei cloni che le somigliano. Nessa intanto compare nella base sotterrane e libera la vera Phryne; le due vanno alla ricerca del ragazzo. Intanto incomincia l'attacco alla base da parte del Lost Millenium.

Il Tempio orma è alle strette e il Lost Millenium decide di sferrare il colpo di grazia. Clain viene lasciato a terra con Nessa e Phryne con il compito di proteggerle, in quanto chiavi che permetterebbero il riavvio del sistema Fractale. Phryne però vuole chiudere la questione apertasi quando ha abbandonato il tempio e quindi se ne va ancora una volta.

Clain e Nessa vanno al tempio per salvare Phryne. Intanto Dias ordina di far uccidere la ragazza per impedire che la chiave possa riavviare il Fractale.

Barrot rivela la vera identità di Phryne, Nessa e del Dio del Fractale. Phryne decide di unirsi con Nessa per evitare che scompaia. Con Clain arriva al Santuario e scoprono che la Phryne originale era una ragazza comune e Nessa il suo coniglio di pezza. Il Fractale viene così riavviato un'ultima volta, e Clain torna a casa dove si prende cura di Phryne che è rimasta incosciente da quel momento.