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Ganta è l'unico sopravvissuto della strage della sua classe perpetrata da un misterioso Uomo Rosso. Per questo motivo viene arrestato, condannato a morte e condotto a Deadman Wonderland. Qui incontrerà una ragazza, Shiro, che afferma di essere sua amica.

Il collare di ogni detenuto rilascia nel corpo di ciascuno un veleno che deve essere neutralizzato mangiando una caramella-antidoto ogni tre giorni. Ganta, avendo perso quella che gli era stata fornita al suo arrivo, decide di iscriversi con Shiro al Dog Race Show per poter guadagnare i cast point necessari ad acquistarne una.

Ganta è oggetto di un nuovo attacco da parte dell'Uomo Rosso. Venendo a sapere che esiste un settore segreto, il settore G, dove probabilmente è tenuto rinchiuso, Ganta, Shiro e Yoh cercano di raggiungerlo inseguiti da un enorme robot.

Credendo si tratti dell'Uomo Rosso, Ganta attacca lo sconosciuto noto come Senji "il Corvo" Kiyomasa; viene sconfitto da questo ma non prima di avergli inflitto una pesante ferita. Questo è il preludio dello scontro che avverrà fra i due durante il "Carnival Corpse".

Ganta affronta il Corvo durante il Carnival Corpse, uno scontro all'ultimo sangue nel quale ci si affronta facendo uso del potere del Ramo del Peccato. Ganta è solo un novellino, come finirà contro un esperto come il suo avversario?

Yo sfrutta Shiro per potersi introdurre nuovamente nel Sttore G, alla ricerca della sorella Minatsuki. La ragazza altri non è che "il Colibrì" e dovrà affrontare Ganta nel Carnival Corpse successivo.

Durante il diversivo messo in atto da Shiro per permettere a Yo di introdursi nel settore G viene staccata l'alimentazione e la ragazza dà sfogo a tutto il proprio potere, dimostrando di essere anch'essa in possesso del Ramo del Peccato. Intanto Ganta viene avvicinato da alcuni detenuti che ha organizzato un gruppo di resistenza all'interno del Deadman Wonderland.

I ribelli, in occasione della visita annuale delle autorità alla prigione, decidono di organizzare la fuga e Shiro e Ganta si uniscono a loro. Ma fra di essi si rivela esserci un traditore.

Durante la fuga il gruppo di ribelli a cui Ganta si è unito viene decimato e a lui viene affidato il data chip contenente le informazioni sul Deadman Wonderland. Però il gruppo viene tradito e il piano fallisce.

Il chip distrutto da Shiro era in realtà una bomba in miniatura, Ganta si pente quindi di avere colpito l'amica e chiede al Corvo di aiutarlo a diventare più forte.

Ganta, terminato l'allenamento con il Corvo, corre a salvare Shiro e Karako. Ma lì scopre che Nagi è stato manipolato ed è diventato a sua volta un Undertaker.

Per proteggere Shiro, Ganta affronta un Nagi impazzito, ma altri scontri sanguinosi si scatenano.