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Hank Galliston è l'editore in capo del Modern Skeptic e ha trascorso la sua vita a smascherare leggende metropolitane e finte cospirazioni. Adesso Hank si ritrova al centro di una massiccia e intricata rete di misteri in seguito al rapimento di sua moglie Laila per mano di un terrorista internazionale noto come White Vincent. Ad aiutarlo nelle ricerche ci sono l'Agente dell'FBI Rebecca Riley e i redattori del Modern Skeptic, Arron e Rachel.

Hank e Beck si trovano faccia a faccia con White Vincent nella tundra Canadese e Hank si trova con più domande che risposte, non soltanto in merito a sua moglie ma anche alla sua stessa esistenza, la sua ricerca del prossimo orologio. Determinati a decifrare il prossimo indizio, Hank e Beck si recano in India dove Hank viene messo di fronte a una verità scioccante. Rachel e Arron intanto stanno lavorando su un'altra pista che li porterà a scoprire la fine del misterioso Comandante.

Hank torna dall'India ancora più determinato a trovare sua moglie. Laila invece, in ostaggio di Vincent, è incaricata di riparare il prossimo orologio, ma sapendo che Hank è sulle sue tracce gli lascia una scia di indizi da seguire. Hank, Arron e Rachel riescono a scoprire chi possiede la chiave del prossimo orologio grazie all'intervento dell'FBI. Intanto i genitori di Hank stanno nascondendo un segreto.

White Vincent, ferito e ancora in fuga con Laila, propone a Hank uno scambio: il suo aiuto per trovare il prossimo orologio in cambio della libertà della moglie. Nel frattempo emergono nuove verità su Laila e sulla morte del marito di Beck.

Hank fatica a fidarsi di Laila e segue con Beck una nuova pista fino ad Asunción. White Vincent gli rivela informazioni sorprendenti sul loro passato comune, mentre Arron e Rachel incontrano Melanie Lynch.

Hank affronta i genitori per scoprire la verità sulla propria nascita e cerca notizie sul suo sosia, il comandante Korbin Sturm. Intanto Beck e gli altri inseguono Laila e il prossimo orologio fino a Istanbul.

Laila cerca di riconquistare la fiducia di Hank e i due collaborano nella ricerca della Vera Croce. Anche i Pastori vogliono il suo aiuto, mentre White Vincent trova una pista che lo avvicina allo stesso obiettivo.

Hank e Laila fuggono a Strasburgo cercando di precedere i Pyrates nella corsa alla Vera Croce. Molars, prigioniero con White Vincent, condivide informazioni tratte dal diario del proprio sosia.

La ricerca della Vera Croce conduce Hank, Beck e Laila alle Isole Faroe. Beck riaccende la speranza di ritrovare vivo Molars, mentre i genitori di Hank decidono che è arrivato il momento di raccontargli la verità sulla sua infanzia.

Alle Isole Faroe Hank, Beck e Laila finiscono nelle mani dei Pyrates. Rachel porta nuove informazioni sul 41 Trust e la madre di Hank gli rivela un doloroso segreto che indica suo padre come una parte decisiva del mistero.

Dopo un incidente, Hank si risveglia a Plum Island prigioniero di Melanie Lynch e del 41 Trust. Suo padre accetta di collaborare con Lynch per salvarlo, mentre Beck organizza il soccorso e Laila agisce da sola.

La ricerca di Rachel sembra essersi fermata, ma un sogno di Hank potrebbe indicare dove si trova. Il gruppo prova così a raggiungerla e a fermare il piano di Lynch per la sua Nuova Gerusalemme.

Hank, Beck, Arron e i Pastori raggiungono l'ingresso della Nuova Gerusalemme per salvare Rachel e fermare Lynch. Con il tempo ormai agli sgoccioli, Hank deve impedire che il suo piano metta in pericolo il mondo intero.