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È passato quasi un anno da quando l'organizzazione è fuggita e Gabriel e Padre Isaia sono stati inseriti nel Direttorio. Claudia intanto ha dato una svolta alla sua vita tormentata e cerca di dimenticare Gabriel, ma nonostante gli sforzi non ci riesce. Claudia, inoltre, scopre da Giulia che Gabriel ha smesso di insegnare nella scuola dove lavorava. Intanto avviene la prima riunione del Direttorio. Molti dei membri messi al corrente dei poteri di Gabriel temono il giovane e non si fidano più di lui. Gabriel chiede quindi aiuto a Padre Isaia, ma anche questo non può fare nulla. A quel punto Gabriel decide di tornare sulle tracce di Serventi e dell'organizzazione di cui a capo c'è sua madre, Clara Antinori. Gabriel è costretto ad interrompere le ricerche perché gli viene affidato un incarico: indagare su un misterioso guaritore di nome Yuri che sembra essere in grado di guarire qualsiasi male. Anche Claudia messa al corrente degli avvenimenti indaga e i due si ritrovano nello stesso luogo insieme ad Isaia che ha deciso di accompagnare Gabriel. Isaia dunque dopo aver visto le gesta di Yuri crede che siano opera del diavolo, ma Gabriel smentisce la teoria del collega. Gabriel viene anche a conoscenza della compagna di Yuri: Cristina. Intanto Claudia tornata a casa scopre che una sua amica di nome Nadia è stata trovata morta. Claudia dispiaciuta per la sua perdita si fa consolare da Gabriel. L'indomani Gabriel grazie a Rebecca Rosini e al suo amico Stefano che ha deciso di diventare sacerdote, scopre che tutte le malattie che Yuri guarisce finiscono in un altro corpo. Gabriel dice a Cristina di far smettere Yuri a curare la gente. Yuri alla fine accetta ma rivela a Gabriel e Claudia che lui dovrà usare lo stesso il suo dono su una persona ogni giorno: Cristina, gravemente malata che solo se lui cura ogni giorno può rimanere in vita. Gabriel allora inizia a comprendere Yuri ma quando il giorno dopo vanno dal guaritore e Cristina, trova i due morti proprio nello s

Il miracoloso ritorno alla vita di Gabriel lo lega ancora di più a Claudia, ma nella Congregazione c'è chi dubita di lui e c'è molta preoccupazione per i suoi poteri. Inoltre Gabriel deve risolvere il mistero dell'apparizione corporea di un ragazzo che si trova in stato di coma irreversibile. Gabriel e Isaia si trovano ad affrontare la più dura di tutte le battaglie: quella con il demonio incarnato. Un paese è stato infatti soggiogato dal male. L'unica speranza è l'aiuto di un famoso esorcista, che si troverà a regolare i conti con un antico nemico.

Gabriel indaga su delle presenze maligne in un antica villa, dove fantasmi mai placati del passato tornano a influenzare il presente, mettendo in pericolo la vita di Claudia e Gabriel. Due coniugi si sono trasferiti in un paesino nei pressi di Roma, acquistando una villa che sembra però essere infestata da spiriti maligni. All'interno di un carcere minorile, un ragazzo orfano che ormai sta per terminare di scontare la sua pena, manifesta poteri psicocinetici che gli permettono di scagliare lontano sia oggetti che persone. Il potere si manifesta ogni qual volta il ragazzo sente nella sua mente una voce femminile e vive i ricordi di una violenza sessuale.

Gabriel deve verificare un'apparizione della Madonna che avviene in una borgata di periferia. Gabriel si trova a dover mediare tra fanatismo religioso dei fedeli e rigidi dogmi delle alte sfere ecclesiastiche, ponendosi domande sul significato della fede. Una ragazza quasi completamente dissanguata, ma viva scatena la paura in un villaggio di campagna. Gabriel e Claudia dovranno affrontare una creatura leggendaria: un vampiro. Gabriel tormentato dai suoi poteri, deve decidere se lasciare la Chiesa.

Gabriel ha lasciato il sacerdozio per vivere insieme a Claudia, quando una sua paziente e vecchia amica, Francesca, riesce a dar vita ad un mostro demoniaco in grado di uscire dai sogni di una persona per poi uccidere nella realtà. L'incubo riesce ad interagire anche con Claudia, che ne rimane così vittima. Una giovane donna sente il pianto del figlio morto nelle profondità delle catacombe che si trovano vicino alla sua casa e gli stessi suoni vengono uditi prima da una medium e poi dal parroco del luogo. In famiglia tutti credono che sia una povera pazza, ma la ragazza non si rassegna e riesce così ad entrare in contatto con Padre Gabriel e Claudia.

Claudia viene presa in ostaggio dall'organizzazione di Bonifacio Serventi che sfrutta il momento per avviare un processo maligno all'interno del corpo di Claudia in modo che Gabriel, oltre ad utilizzare il suo potere oscuro nei confronti dello stesso Serventi. Per Gabriel è la resa dei conti definitiva: stretto tra Serventi che vuole che lui sia l'eletto e abbracci il suo potere oscuro e l'Ordine guerriero che vuole eliminarlo proprio per il suo potere. Gabriel è solo e rischia di perdere anche Claudia per sempre.

In un borgo della periferia romana, tre fratelli, a distanza di cinque mesi dalla morte della loro madre, assistono ad un'apparizione mariana che si manifesta all'interno di una piccola grotta del luogo. Il parroco e i fedeli credono che si tratti della Vergine Maria, ma Padre Isaia vuole approfondire la vicenda e manda sul luogo Gabriel. Anche Gabriel si dimostra scettico, ma la visione della stessa apparizione e le capacità intellettuali straordinarie dimostrate dai tre fratelli lo spingono ad aprire una pratica ufficiale in Vaticano con la supervisione della Congregazione. Claudia non è convinta della situazione, mentre Gabriel chiede ai suoi assistenti di cercare le apparizioni femminili demoniache nel corso dei secoli: si risale così alla figura di Lilith, che sembra coincidere con la descrizione dell'evento. Claudia, dall'altra parte, ha scoperto che si tratta di allucinazioni dovute alla presenza di micotossine all'interno della grotta: nonostante ciò, i fedeli continueranno a recarsi di fronte alla grotta e il parroco farà costruire un santuario. Rebecca inizia a mostrare segni di ripensamento sulla sua fedeltà verso Serventi e Gabriel è sempre più vicino ad abbandonare il sacerdozio. Intanto, Padre Alonso è riuscito a risalire al luogo degli incubi di Gabriel e così vi si reca insieme a lui e ad Isaia: qui Gabriel ricorda che da piccolo è stato sottoposto ad un rito maligno da parte di Serventi e della sua organizzazione e che quindi il suo incubo e la profezia sono reali.

In un paesino delle Marche, una ragazza, Anastasia, è riuscita misteriosamente a vivere per tre giorni intrappolata in una macchina in fondo ad un lago. Contemporaneamente, i contadini lamentano del massacro del bestiame e del ritrovamento di animali dissanguati. Visti i segni sul collo e le voci che girano in paese, Gabriel pensa si tratti di un caso di vampirismo e ne ha la conferma dopo che ritrova la ragazza intenta a succhiare dal collo di un cavallo il suo sangue. Anastasia viene quindi ricoverata in ospedale, quando il fattore della casa in cui abitava decide di ucciderla conficcandole un palo di ferro nel petto. Dopo la morte della ragazza e l'arresto dell'uomo, però, viene ritrovata uccisa in circostanze misteriose anche sua madre. Rimangono quindi in vita solo il suo giovane compagno e la figlia del fattore arrestato come potenziali artefici dei fatti: alla fine si scopre che quest'ultima è il vero vampiro e che non è affatto una ragazzina come può sembrare all'apparenza. Gabriel, intervenuto sul posto, riesce a salvare Claudia che stava per essere soggiogata, mentre il fattore, sfuggito dal posto di polizia, mette definitivamente la parola fine alla vita del vampiro. Sulla strada del ritorno verso casa, Gabriel decide di lasciare la Chiesa e confessa a Claudia i suoi sentimenti: i due possono finalmente amarsi e dare sfogo alla loro passione. Intanto Padre Isaia, dopo diverse indagini, è riuscito a risalire ad un ordine segreto all'interno del Vaticano di cui faceva parte Monsignor Castello, il membro del Direttorio ucciso da Serventi che voleva tenere sotto controllo Gabriel, è che ha appunto lo scopo di svelare il mistero dietro la sua identità e i suoi poteri.

Gabriel ha lasciato il sacerdozio per vivere insieme a Claudia, quando una sua paziente e vecchia amica, Francesca, riesce a dar vita ad un mostro demoniaco in grado di uscire dai sogni di una persona per poi uccidere nella realtà. L'incubo riesce ad interagire anche con Claudia, che ne rimane così vittima. Grazie a questa esperienza, Claudia riesce a rivivere una parte dell'infanzia della sua paziente e a riconoscere la vera fonte di tutti gli incubi di Francesca: un dispetto quasi letale fatto alla madre, che sempre la rinchiudeva nel capanno per punizione. Claudia, insieme a Gabriel, cerca di contattare Francesca prima che l'uomo nero riesca ad uccidere suo marito, che negli ultimi giorni aveva notato lo strano comportamento della moglie e stava per portare via sua figlia. Giunti sul posto, però, Francesca dichiara che è troppo tardi ed infatti il marito è riverso a terra nel garage. Claudia stende la mano a Gabriel, chiedendogli inconsciamente di intervenire e tentare di salvarlo ricorrendo ai suoi poteri: l'operazione, incredibilmente, riesce. Nel frattempo Serventi è seriamente preoccupato per il destino di Gabriel, visto che ora che è fuori dalla Chiesa la confraternita di Padre Vargas può agire indisturbata senza infrangere il voto fatto.

Una giovane donna, Miriam, sente il pianto del figlio morto nelle profondità delle catacombe che si trovano vicino alla sua casa e gli stessi suoni vengono uditi prima da una medium e poi dal parroco del luogo. In famiglia tutti credono che Miriam sia una povera pazza, ma dopo la misteriosa morte del parroco la ragazza non si rassegna e riesce così ad entrare in contatto con Padre Gabriel e Claudia Munari. Questi, intervenuti sul posto, pensano si tratti di semplici suoni riprodotti dal vento, ma ad una seconda ispezione, con l'aiuto di una crepa sulla parete, riescono finalmente a vedere che nel lato inesplorato delle catacombe si riunisce una setta satanica. Grazie alle indagini di Gabriel, ma anche alla scoperta fatta da Miriam stessa, il mistero è presto svelato: è la famiglia intera ad essere coinvolta in questo culto satanista ed i riti si ripeterebbero da più di quattro generazioni. La setta viene sgominata prima che riesca a sacrificare a Satana il figlio di Miriam, Angelo, e la ragazza può così fuggire via con lui e ricostruirsi una nuova vita. Nel frattempo Alonso, con la collaborazione di Rebecca, è riuscito a risalire ad un luogo dell'organizzazione di Serventi in cui si troverebbero degli importanti documenti. Padre Isaia, convinto da Vargas, vuole mettere a tacere Alonso prima che racconti tutto a Gabriel e così si avvale dell'aiuto della confraternita di cui ormai fa parte per ucciderlo. Il tentativo riesce a metà, perché nonostante la pugnalata Padre Alonso riesce a sopravvivere e ad indicare a Gabriel il luogo che aveva scoperto. Gabriel vi si reca insieme ad Isaia, trovando dei libri che testimoniano lo scontro tra Serventi e un Ordine segreto all'interno del Vaticano fin dal 1600: per un momento Isaia medita di farlo fuori con una pietra, ma vi rinuncia. Intanto Claudia viene portata con l'inganno da Rebecca nel covo di Serventi.

Claudia viene presa in ostaggio dall'organizzazione di Bonifacio Serventi che sfrutta il momento per avviare un processo maligno all'interno del corpo di Claudia in modo che Gabriel, oltre ad utilizzare il suo potere oscuro nei confronti dello stesso Serventi e passare definitivamente dalla sua parte, la perda una volta per tutte. Intanto le indagini di Isaia portano alla scoperta della vera identità di Rebecca e Gabriel riesce così a prelevarla da casa e a portarla alla Congregazione, scoprendo il rapimento di Claudia. Intanto Jacopo è arrivato nel Direttorio dove cerca di soffocarne tutti i membri e fa rivivere a Gabriel le sue più profonde paure; il tentativo di Isaia di fermarlo fallisce e Jacopo riesce a fuggire con Rebecca, non prima che questa riesca a svelare il luogo dove Claudia viene tenuta prigionieria. Gabriel si reca sul posto e qui manifesta il suo potere oscuro proprio come Serventi sperava; Rebecca decide di disobbedire al piano e libera Claudia che così ferma Gabriel prima che riesca a soggiogare Bonifacio: lo shock di Claudia nel vedere Gabriel in quello stato è troppo grande e decide così di troncare la relazione. Serventi viene rinchiuso nelle prigioni vaticane, mentre Jacopo fugge insieme a Rebecca.

Alonso ha concentrato le ricerche sull'Ordine dei Templari e sulle attività di Monsignor Castello che ne faceva parte, scoprendo che ha mantenuto attiva la sua parrocchia nonostante le regole della Congregazione lo vietassero. Padre Vargas, intanto, ha dato l'ordine di uccidere Jacopo e Rebecca, ma questi sono arrivati nella parrocchia tenuta da Castello dove incontrano proprio il loro assassino: Jacopo tenta così di ucciderlo con i suoi poteri, ma lui riesce a liberarsi e a trafiggere Rebecca. Gabriel arriva sul posto ed assiste alla scena dello strangolamento dell'assassino da parte di Jacopo, mentre per Rebecca ormai è troppo tardi: Jacopo, disperato per la perdita della sua amata, si suicida. Proseguendo le loro ricerche, Gabriel e Alonso arrivano a scoprire che le attività dell'Ordine si nascondono dietro i servizi forniti dall'Opera Missionaria della Luce di Cristo e che sono loro i responsabili di tutti gli omicidi marchiati con la croce catara. Una volta sul posto, però, la sede è stata abbandonata in fretta e furia: infatti Vargas e Isaia si stanno preparando ad attirare Gabriel in una trappola, in modo da mettere fine alla sua vita. Intanto Claudia, mentre sta per abbandonare Roma, accusa un malore e una volta in ospedale gli accertamenti diagnosticano una malattia estremamente degenerativa e la gravidanza: la sua amica di sempre le sta vicino, ma Claudia non vuole che Gabriel venga a conoscenza di tutto questo. Quest'ultimo torna alla cripta, riuscendo a rivivere completamente i suoi ricordi: quand'era piccolo non si trovava lì per un rito di Serventi, ma era stato condannato a morte dai Templari che però non riuscirono nel loro intento in quanto sconfitti dai suoi poteri. Serventi decise però di mantenere in vita uno di loro, Vargas per l'appunto, con il preciso compito di fargli riferire agli altri suoi membri guerrieri che la guerra era stata vinta dall'organizzazione di Bonifacio e che Gabriel era l'Eletto. Tornato alla realtà, di fronte agl