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U.C.0096. Sono passati 3 anni dall'ultimo conflitto tra Neo Zeon e la Federazione Terrestre, ma i focolai di ribellione tra gli spazianoidi non si sono ancora spenti. I nuovi ribelli, conosciuti con il nomignolo di "Maniche" stanno per mettere le mani sullo "Scrigno di Laplace", oggetto misterioso che permetterà ai ribelli di liberarsi una volta per tutte dalle catene imposte dalla Federazione.

Uscito con il Gundam sul campo di battaglia, Banagher quasi involontariamente respinge gli attacchi delle truppe di Neo Zeon, salvando così la Nahel Argama da un disastro annunciato. Dopo aver perso i sensi, il giovane viene recuperato dalla stessa nave della Federazione Terrestre insieme al Gundam, e si ritrova a bordo con Audrey, prigioniera delle truppe federali.

Con il rientro di Banagher e del Gundam sulla Nahel Argama e la cattura dell'umano potenziato Marida, le situazioni si sono invertite e ora sono le truppe di Neo Zeon che pianificano un nuovo attacco per recuperare la prigioniera. Sulla nave si discute su come sbloccare il programma LA+, e per fare questo Daguza cerca di convincere Banagher a partecipare alla missione esplorativa.

Dopo la distruzione del relitto di Laplace, Banagher e il Gundam precipitano nel deserto nei pressi di Dakar. Di fatto il giovane pilota del Mobile Suit è prigioniero di Zinnerman e del suo equipaggio, ma verrà presto convinto a collaborare con loro per sbloccare il sigillo del programma LA+, che darebbe accesso allo Scrigno. Nel mentre, le truppe di Neo Zeon portano un feroce attacco a Dakar.

Il Gundam Unicorn e Banagher sono ora nelle mani delle truppe della Federazione, grazie anche all'intervento dello Unicorn nero pilotato da Marida Cruz. Quest'ultima, in seguito al lavaggio del cervello, obbedisce direttamente ad Alberto Vist. L'accordo tra la Federazione e la Fondazione prevede la consegna del Gundam e del suo pilota alla famiglia Vist.

Lo stratagemma ideato da Bright per far fuggire il Gundam e i due ostaggi dal trasporto organizzato dalla Fondazione Vist funziona fin troppo bene. L'intervento inaspettato della nave federale General Revi e l'entrata in scena di Full Frontal, però, fanno precipitare la situazione. La General Revi viene messa in fuga, ma la Nahel Argama cade ufficialmente ostaggio delle truppe di Neo Zeon.

L'ubicazione dello Scrigno di Laplace, che ha il potere di rovesciare la Federazione Terrestre, è stata finalmente rivelata. Il luogo è Magallanica a Industrial 7, dove avvenne l'incidente. Marta Vist Carbine, in capo alla Fondazione Vist, è determinata a proteggere gli interessi della Federazione.