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Siletti ha una relazione extraconiugale. In macchina, di ritorno dalla sua festa di compleanno, litiga con la moglie Cassie e, per questo, hanno un grave incidente che porta alla morte Graciella Ramirez. Siletti rifiuta l'alcool test ma, una volta in Centrale, e' obbligato a sottoporsi agli esami che rivelano un tasso al di sotto del limite. Siletti decide allora di rappresentare se stesso in Aula, ma scopre che la sua amante Melissa sara' l'avvocato dell'Accusa.

Burnside, dopo l'autopsia su Normandy, sospetta che l'atleta abusasse di sostanze dopanti e rivela che aveva un grave aneurisma al cuore. In centrale si presenta Alicia Barnes, parla con Hildy e Terry e rivela che Daphne, la "quasi ex moglie" di Normandy, ha una relazione con Billy James, ancora ricercato per l'omicidio di Normandy.

Terry e' indagato da una commissione interna per aver ucciso Calvin Jackson che era disarmato, ma poi la pistola di Jackson viene ritrovata e Terry viene scagionato. In seguito alla soffiata di una senzatetto, Billy James viene trovato e arrestato, ma non ci sono prove sufficienti per trattenerlo.

Alicia in un tentativo di suicidio viene salvata da Lippman che la fa ricoverare in ospedale dove accorre anche il padre. Billy, liberato per mancanza di prove, va ad un appuntamento in un parco e muore in seguito ad un agguato. Siletti si scontra con il suo sostituto, sul quale alla fine ha la meglio. Koto affronta Terry con un ultimatum: o la storia tra Terry e Hildy termina subito, o uno dei due verrà trasferito.

Si indaga sulla Sourdoug Subs, di cui Normandy era testimonial. Doug, un broker, fornisce il nome dell'intestatario del conto: Otto Brooks. Terry e Hildy scoprono che i soldi pero' non si fermano sul conto di Otto ma vengono trasferiti sul conto di Nick Rosenthal.

Mentre Sam viene beccato al casino' di Reno dove ha avuto un infarto, c'è una svolta nelle indagini sull'omicidio di Normandy Parker: la pistola che l'ha ucciso viene trovata sotto il letto di Alicia e risulta appartenere a Andrew Lippman il suo avvocato, agente ed ex amante che viene arrestato.

Mentre il giudice del processo Siletti esorta le parti a trovare un accordo, a Lippman, accusato di essere il mandante dell'omicidio di Normandy, viene negata la libertà su cauzione e chiesta la pena di morte. ma Lippman insinua un dubbio nella mente degli investigatori.

Barnes potrebbe aver assoldato Billy per uccidere Normandy, ma non ci sono prove certe. Hildy, si reca a casa di Kat, che rivela il rapporto incestuoso tra Barnes e Alicia. Hildy incontra Alicia che rivela quanto lei e Paul fossero coinvolti in una relazione consensuale. Terry interroga dunque Paul, il quale nega tutto. Nel frattempo continua il processo a Siletti.

Mentre Siletti, risorto dalle sue ceneri si da' da fare per regolare i conti con i suoi "nemici" e assicurarsi un futuro tranquillo, la nonna di Billy consegna a Terry e Hildy una chiave che apre una nuova pista nelle indagini sull'omicidio del ragazzo, una pista che porta dritto ad Alicia Barnes.

In questo finale della terza ed ultima stagione: Alicia sblocca il cellulare di Billy, ci sono le voci registrate di Paul Barnes e Billy James che organizzano l'omicidio di Normandy ma prima che possa essere emesso un mandato di arresto, Kat si reca a casa di Alicia e spara a bruciapelo all'ex marito. Kat viene accompagnata in carcere da Terry e Hildy e quest'ultima fa sentire la registrazione ad Alicia che chiede di poter riabbracciare dopo tanti anni la sua mamma.