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La squadra dell'ACTIVE del Giappone è tornata! Le barriere burocratiche che in passato la ostacolavano sono scomparse, ma il nuovo nemico è più potente e pericoloso che mai. Una ragazza viene ingannata e sta per farsi esplodere nella stazione di Tokyo: Sena sarà disposto a lasciare il suo nuovo lavoro come presidente di un'impresa di pulizie per andare a risolvere la situazione?

Un Willwear dotato di un'unità sperimentale sta commettendo crimini per attirare la polizia. L'Ottava Unità rintraccia il colpevole, un uomo che cova rancore nei confronti della polizia a causa di un vecchio caso di corruzione. Quando lo catturano, però, si rendono conto che si tratta di una persona completamente diversa! Il mistero si infittisce quando scoprono che è coinvolto un ex ricercatore dell'Accademia di Difesa.

L'Ottava Unità è stata sterminata dall'influenza, così tocca alla Nona Unità, guidata da Kazari, salvare la giornata quando un gruppo di cinefili indignati prende il possesso di uno studio di produzione. Ma l'iperattiva Kazari si trova in difficoltà quando i criminali riempiono le strade di bombe a sensore acustico e posizionano un Willwear cecchino sul tetto. Riuscirà a trovare il modo di riprendersi lo studio senza radere al suolo tutto il quartiere? E in caso contrario, chi pagherà i danni?

Kuroki vuole a tutti i costi riabilitare Mythos, il ragazzo tenuto in custodia dalla polizia dopo il Logos Incident. Quando una moto senza pilota inizia a comparire per le strade di Tokyo, Kuroki intravede la possibilità di permettere a Mythos di aiutare la società risolvendo il caso.

L'Ottava Unità si trova di fronte a una nuova minaccia: più Willwear che commettono piccoli reati tutti nello stesso momento. Dal distruggere le vetrine dei negozi al graffitare i muri, questi nuovi nemici non fanno nulla che metta in pericolo la città. Ma le loro continue apparizioni sono una minaccia per la reputazione dell'Ottava Unità, e i cittadini, sempre più frustrati, iniziano a perdere la pazienza.

Un mostro gigante cammina per le strade del Giappone! O meglio, così sembra, finché l'Ottava Unità non scopre che si tratta di un ologramma. Si pensa che dietro a questo crimine ci sia uno dei registi preferiti di Sena, e quest'ultimo coglie la palla al balzo per cercare di riscattare il nome del regista.

L'Ottava Unità riesce a sventare una serie di attacchi terroristici durante una conferenza in riva al mare, e ottengono una vacanza in spiaggia come premio. Ma la loro giornata spensierata termina quando Jirou rileva uno sciame di droni che vola intorno alle ragazze.

Un Willwear invisibile provoca danni ingenti in varie zone di Tokyo. L'Ottava Unità riconduce quel Willwear alla zona delle sabbie mobili, che è un ricettacolo di attività condotte da immigrati clandestini. Quell'area non è sotto alcuna legge, così Sena viene incaricato di infiltrarsi lì come operatore ecologico privato.

Kuroki vuole rendere più facile la vita del governatore Inagi arrestando una spia industriale chiamata Spider, che si sposta tra i palazzi agganciandosi con dei cavi. Ma all'Ottava Unità viene ordinato di stare in all'erta al municipio perché è in corso una manifestazione condotta da dei Willwear.

Gli agenti dell'Ottava Unità sono sempre più convinti che Inagi abbia qualcosa a che fare con Bird e il Logos Incident. Per fugare i loro sospetti si rivolgono a Madoka e alla sua agenzia investigativa, ma non sono soddisfatti della risposta che ottengono.

L'Ottava Unità raccoglie prove schiaccianti del coinvolgimento di Inagi in attività illegali, compreso l'omicidio di un ex membro della Dieta. Ma il Tokyo Summit è ormai prossimo, e il governo vuole che l'Ottava Unità concentri tutte le sue risorse nel proteggere il nuovo municipio. Ma, non appena riesce a recuperare un video che prova il crimine di Inagi, Mythos lo proietta nel bel mezzo del Summit!

Bird ha caricato degli esplosivi sulla base orbitale dell'ascensore spaziale e minaccia di farli cadere su Tokyo. Se ciò dovesse accadere, la città e parte del Giappone verrebbero distrutti. Per impedirlo, l'Ottava Unità e le Forze di Autodifesa Unificate escogitano un piano che prevede l'uso di Willwear nello spazio.