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Dopo essere stato scacciato dal suo orfanotrofio, Nakajima Atsushi vaga per le strade di Yokohama mezzo morto di fame. Convinto di voler fare di tutto per sopravvivere, l'incontro casuale con un uomo che sta affogando cambierà il suo destino.

Davanti all'offerta di entrare nell'Agenzia di Detective Armati, Nakajima è convinto che non sarebbe di alcuno aiuto per quella società. Proprio mentre sta per rifiutare la proposta, un attentatore prende in ostaggio un'impiegata e si insedia nell'agenzia...!

Dopo aver superato l'esame d'ingresso ed essere diventato un membro ufficiale dell'agenzia, ad Atsushi viene assegnato il suo primo caso di fianco a Tanizaki e Naomi. Nonostante sembri un incarico semplice, nasconde dell'altro...

Dopo essersi salvato dalla Port Mafia grazie all'intervento di Dazai, Atsushi si sente responsabile per aver portato dei problemi all'agenzia. Per evitare di causare un altro attacco, Atsushi decide di lasciare l'agenzia e fa una chiamata alla Port Mafia.

Dopo aver respinto con facilità la Lucertola Nera della Port Mafia, Atsushi viene incaricato di accompagnare Rampo a occuparsi di un caso. Scettico su questo presunto grande detective che sembra non avere buonsenso, Atsushi sta per vedere con i suoi occhi l'abilità di Rampo.

L'agenzia sta indagando su una serie di sparizioni a Yokohama. Kunikida chiede l'aiuto di un hacker, Taguchi Rokuzou, ma tutto quello che trovano sono delle foto delle vittime e un accenno a una misteriosa figura chiamata Messaggero Azzurro. Seguendo gli indizi arrivano in un ospedale abbandonato.

A seguito della minaccia della bomba da parte del Messaggero Azzurro, l'Agenzia di Detective Armati deve correre per impedire che muoiano centinaia di persone, fatto che macchierebbe per sempre il nome dell'agenzia.

Dazai scompare, ma i detective dell'agenzia pensano che sia tutto nella norma. Nel frattempo, Atsushi accompagna Yosano Akiko a fare shopping, ma i due finiscono nel bel mezzo di un attentato terroristico di un membro della Port Mafia.

Kyouka è stata trasformata in un'assassina da quelli che abusano del suo potere, e Atsushi non può fare a meno di provare compassione per lei. Incapace di consegnarla ai militari, il ragazzo finisce per portarla a un appuntamento.

Dazai si confronta con Chuuya, il suo ex compagno di squadra, mentre quest'ultimo cerca di scoprire il vero motivo per cui Dazai si è fatto catturare. Nel frattempo, Atsushi si scontra con l'intenso e inspiegabile odio che Akutagawa prova nei suoi confronti.

All'indomani del rapimento di Atsushi e Dazai, l'agenzia deve decidere cosa fare con Kyouka. Nel frattempo, anche la Port Mafia sta considerando il destino di Akutagawa, al momento in coma, mentre i suoi nemici vogliono vendetta...

Francis, il leader di un'organizzazione nordamericana di persone dotate di poteri chiamata Guild, è il responsabile dell'esistenza della taglia sulla testa di Atsushi. Quando Fukuzawa rifiuta di vendergli l'agenzia, i suoi agenti iniziano a scomparire.

In una notte di nebbia, Oda Sakunosuke, Dazai Osamu e Sakaguchi Ango si incontrano al solito bar. Per i tre membri della Port Mafia è una serata tra amici come tante, ma Ango scompare la notte stessa. Il boss della Port Mafia ordina a Oda di ritrovarlo, ma...

Il motivo per cui Odasaku va in un certo ristorante di cucina occidentale non è solo il curry. Il gestore, infatti, sta badando per lui a un gruppo di bambini rimasti orfani due anni prima durante un conflitto. Odasaku cerca di rintracciare Ango, e ripensa a quando si sono conosciuti.

I cinque maggiori dirigenti della Port Mafia si riuniscono e stabiliscono che la Mimic debba essere annientata. Nella battaglia che ne consegue, il destino fa incontrare Odasaku e Gide, il leader della Mimic, che pronuncia un'enigmatica profezia.

Mentre Ango media un incontro tra il leader della Port Mafia e quello della Divisione per l'uso dei poteri, Dazai è vicino a scoprire il vero significato del conflitto tra i tre gruppi.

Credendo nella prospettiva di una vita in cui non è obbligata a uccidere, Kyouka svolge il suo primo incarico per l'Agenzia di Detective Armati, ma combina un piccolo disastro.

Mori, il leader della Port Mafia, invia una lettera a Margaret M. e Nathaniel H., annunciando loro che distruggerà la nave che stanno proteggendo e le loro stesse vite.

John S. e Lovecraft scovano Naomi e Haruno mentre queste stanno scappando. Intanto Dazai, che le sta aspettando con Atsushi alla stazione, nota un'ombra che li sta spiando.

Atsushi viene portato sulla Moby Dick, mentre Lovecraft riesce a catturare Q. Francis F. e la Guild si preparano ad attuare quello che loro chiamano "piano d'emergenza".

I leader dell'agenzia e della Port Mafia negoziano un'alleanza. Quella stessa sera, Dazai e Chuuya si scontrano con Lovecraft.

Rampo riceve un invito a un gioco investigativo da nientemeno che E. A. Poe. All'inizio la cosa non sembra interessargli, ma poi Poe gli rivela la posta in gioco.

Atsushi è alla ricerca disperata del terminale di controllo con cui fermare la caduta della Moby Dick su Yokohama. Viene accolto da Akutagawa e Francis, i quali hanno entrambi altri piani in mente.

Atsushi e Akutagawa non riescono a bloccare la discesa della Moby Dick, così cercano disperatamente un altro modo per salvare Yokohama.

Mori Ogai incarica un giovane Osamu Dazai, appena quindicenne, di indagare su un individuo comparso nella zona di Yokohama.

Durante le indagini sull'esplosione causata anni prima da Arahabaki, Osamu Dazai e Chuuya Nakahara vengono attaccati da alcuni uomini della GSS.

Dazai e Chuuya portano alla luce la verità riguardo Arahabaki, Randou, il capo della Port Mafia e Chuuya stesso.

Ace, della Port Mafia, cattura Fyodor, responsabile della distruzione della Moby Dick. Tenerlo in catene, però, sarà una faccenda ben più complicata.

The Park attacca il café preferito dei membri dell'Agenzia, con l'obiettivo di appropriarsi di qualcosa che appartiene alla Guild.

L'Agenzia viene incaricata di trovare e consegnare un documento molto importante. Nel frattempo, Atsushi rimane sconvolto nello scoprire l'identità di un uomo investito da un camion.

Louisa si ricongiunge a Fitzgerald, che però non è più la persona di un tempo.

L'attacco di un assassino mascherato lascia i capi della Port Mafia e dell'Agenzia di Detective gravemente feriti.

La tensione fra l'Agenzia di Detective e la Port Mafia è alle stelle, entrambe le organizzazioni cercano di salvare i propri capi.

Il presidente dell'Agenzia è al sicuro, ma questo fatto da solo non basterà a evitare la guerra con la Port Mafia.

Mori Ougai e Fukuzawa Yukichi si affrontano in uno scontro mortale, nel disperato tentativo di impedire che l'organizzazione venga coinvolta in una guerra spaventosa.

Il responsabile del virus è in fuga, inseguito da Atsushi e Akutagawa. L'Agenzia, nel frattempo, ha circondato la base dei Topi, nel tentativo di catturare Fyodor Dostoevsky.

Un giovane Fukuzawa è impegnato nel risolvere un caso di omicidio, quando incontra un ragazzo che sembra aver già individuato il colpevole.

Ranpo e Fukuzawa assistono allo spettacolo teatrale per prevenire un possibile assassinio.

Il caso sembra ormai risolto, ma Ranpo capisce che l'agente di polizia nasconde qualcosa.

Ranpo, per poter scagionare Kunikida dalle sue accuse, si ritrova a lavorare a un caso di omicidio.

Ranpo rivela a Mushitaro la sua teoria dell'omicidio di uno scrittore di gialli.

Un gruppo chiamato Decadimento degli Angeli diffonde il terrore con diversi omicidi e all'agenzia viene commissionato il compito di fermare l'ondata di terrore.

I membri dell'agenzia investigativa sono stati incastrati e ora sono sospettati di un terribile crimine. Non sarà facile scappare, soprattutto quando la squadra dei Cani da Caccia li insegue.

I membri dell'Agenzia vengono salvati da Chuuya, che gli rivela che il presidente ha stretto un accordo con il boss della mafia.

Tanizaki, che non capisce l'atteggiamento di Yosano, le chiede di spiegare perché è così riluttante ad unirsi alla Port Mafia.

Yosano decide di portare a termine l'accordo con Francis, nonostante i sospetti degli altri. La fiducia nell'istinto di Atsushi è ciò che la rende così sicura.

Kyouka e Atsushi raggiungono Mushitaro per liberarlo, con l'obiettivo di dimostrare l'innocenza dell'agenzia investigativa.

I Cani da Caccia continuano la loro intensa ricerca dei membri dell'Agenzia. Questo li porta a uno strano casinò.

Tachihara e Teruko devono scappare dai clienti del casinò, mentre danno la caccia al direttore Sigma.

Kunikida si trova di fronte a una scelta terribile. Ango, Atsushi, Lucy e Kyoka scavano più a fondo nei segreti nascosti nei ricordi di Atsushi.

Ora che i membri dell'Agenzia si sono riuniti, Ranpo propone un piano per risolvere la situazione.

Atsushi si ritrova da solo davanti a Kamui, ma viene raggiunto da Akutagawa, che in precedenza aveva ricevuto un ordine da Dazai.

Atsushi riesce a sfuggire a Fukuchi grazie al sacrificio di Akutagawa. Ora che si è riunito con i suoi alleati è tempo di pianificare la prossima mossa.

L'agenzia investigativa si affretta per impedire a Fukuchi di ricevere lo One Order, una devastante arma di controllo mentale che renderà inarrestabili i suoi piani per il dominio del mondo.

I piani di Fukuchi e i tentativi dell'Agenzia di contrastarlo aumentano, e Aya si trova faccia a faccia con il Conte Bram. Nel frattempo, Nikolai e Sigma si muovono per salvare Dazai e Fëdor dalla prigione, ma Nikolai ha in mente qualcosa di più del semplice salvataggio...

Dazai e Fëdor hanno solo 30 minuti per fuggire dal carcere prima di morire avvelenati, ma Nikolai gli concede di scegliere un oggetto che li potrebbe aiutare.

Mentre all'areoporto i membri dell'Agenzia si scontrano con i Cani da Caccia, Dazai svela a Sigma il suo piano per fuggire dalla prigione.

Aya viene trovata da Akugatawa. Atsushi si risveglia legato ad un macchinario.

Dazai e Sigma riescono ad uscire dall'ascensore, mentre Aya cerca un modo per togliere la spada da Bram.

Fukuchi ha ottenuto la One Order e ormai sembra tutto perduto, ma Fukuzawa ha ancora un asso nella manica.