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In un giorno piovoso, un Adapter attacca i passeggeri di un tram. Fortunatamente, Aoto, un altro Adapter che era sulla scena, lo ferma grazie ai suoi poteri. Akane e Midori ricevono l’ordine dall'Accademia di reclutare Aoto, nonostante le loro perplessità.

Per Akane, suo padre ha significato il mondo, quindi non può capire perché Aoto abbia ucciso i suoi genitori. I due diversi modi di vedere la vita, si scontreranno in seguito, quando un pilota di pattuglia improvvisamente inizia ad agire in modo strano.

Il suo ricordo e quello del suo amico è il motivo per cui Midori persegue la Divine Gate. Quando Arthur annuncia che la ricerca avrà presto inizio, Midori ha sensazioni contrastanti; vuole trovare la risposta alla sua domanda, ma prova anche una strana paura.

Preoccupato per i problemi emotivi di Aoto, Akane e Midori fanno un controllo sul server dell'Accademia, ma le sue informazioni sono state classificate. Determinati, i due rubano l'accesso di Undine e scoprono che Aoto è un sospettato del massacro del Blue Christmas.

Akane e il team vanno in una sezione abbandonata per una lezione speciale. Durante la seconda parte della loro formazione, incontrano un gruppo chiamato "The Defiers". Ibridi di esseri umani e animali, hanno una super forza e improvvisamente attaccano Akane e la squadra.

Arthur decide finalmente di partire alla ricerca del Divine Gate. Chiede ai Knights of Rounds e a pochi selezionati cadetti dell'Accademia di unirsi a lui in questa spedizione. Tuttavia, in risposta a tutto ciò, Loki e Oz organizzano una loro missione.

Guidati da Arthur, i Knights of Round e gli Adapters dell'Accademia si dirigono verso il Divine Gate. Arthur spiega che il suo desiderio è quello di distruggere il Portale e restituire il mondo al suo stato originale. Tuttavia, Loki e Oz hanno deciso di fermarli ad ogni costo.

Akane e la squadra sono riusciti a sfuggire al crollo del Divine Gate, ma Arthur è scomparso e il Consiglio Mondiale ha imposto la legge marziale per ritrovare tutti. Nel frattempo, Loki si unisce ai Geni del Divine Gate ma ha qualcosa di diverso in mente...

Akane, Midori e Aoto sono separati dai loro consiglieri e magicamente si ritrovano ad agire in un recita, orchestrata da Loki e Shakespeare. Mentre sono costretti a svolgere la loro parte, ognuno di loro incontra qualcuno che stava cercando da tempo…

Dopo essere sfuggiti dalle grinfie di Shakespeare, Akane, Midori e Aoto si trovano all'interno della Zona. Aoto possiede già la chiave per il Divine gate, ma sfortunatamente Akane e Midori no. Purtroppo, Loki lo ha scoperto, una grande tragedia incombe.

La "disperazione" è la chiave per il Divine Gate, e vista la tragica scomparsa per Akane e di Midori di una a loro cara; questo dà loro accesso al Portale. Tuttavia, Aoto dovrà gestire un ulteriore tormento, dovendo affrontare suo fratello gemello, Ariton.

Guidati dallo spirito della chiave, Akane, Midori e Aoto raggiungono il Portale. La chiave dà loro la possibilità di scegliere il proprio destino. Tuttavia, presto impareranno che il Divine Gate rappresenta molto di più di un qualcosa in grado di esaudire desideri...